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万見
- EMDB-42163: ssRNA phage PhiCb5 virion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42163
タイトルssRNA phage PhiCb5 virion
マップデータmap
試料
  • 複合体: A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
    • タンパク質・ペプチド: Maturation protein
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードssRNA phage / VIRUS
機能・相同性Phage phiCb5, coat protein / Assembly protein / Phage maturation protein / virion attachment to host cell pilus / virion component / viral capsid / Maturation protein / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア) / Caulobacter phage phiCb5 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang Y / Zhang J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1R01GM141659 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structural mechanisms of Tad pilus assembly and its interaction with an RNA virus.
著者: Yuhang Wang / Matthew Theodore / Zhongliang Xing / Utkarsh Narsaria / Zihao Yu / Lanying Zeng / Junjie Zhang /
要旨: Tad (tight adherence) pili, part of the type IV pili family, are crucial for mechanosensing, surface adherence, bacteriophage (phage) adsorption, and cell-cycle regulation. Unlike other type IV ... Tad (tight adherence) pili, part of the type IV pili family, are crucial for mechanosensing, surface adherence, bacteriophage (phage) adsorption, and cell-cycle regulation. Unlike other type IV pilins, Tad pilins lack the typical globular β sheet domain responsible for pilus assembly and phage binding. The mechanisms of Tad pilus assembly and its interaction with phage ΦCb5 have been elusive. Using cryo-electron microscopy, we unveiled the Tad pilus assembly mechanism, featuring a unique network of hydrogen bonds at its core. We then identified the Tad pilus binding to the ΦCb5 maturation protein (Mat) through its β region. Notably, the amino terminus of ΦCb5 Mat is exposed outside the capsid and phage/pilus interface, enabling the attachment of fluorescent and affinity tags. These engineered ΦCb5 virions can be efficiently assembled and purified in , maintaining infectivity against , which presents promising applications, including RNA delivery and phage display.
履歴
登録2023年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42163.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42163.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 512 pix.
= 440.32 Å		0.86 Å/pix.
x 512 pix.
= 440.32 Å		0.86 Å/pix.
x 512 pix.
= 440.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0334
最小 - 最大-0.0049704043 - 1.7943912
平均 (標準偏差)0.006223467 (±0.056497477)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 440.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half

ファイルemd_42163_half_map_1.map
注釈half
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half

ファイルemd_42163_half_map_2.map
注釈half
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell

全体名称: A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell
要素
  • 複合体: A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
    • タンパク質・ペプチド: Maturation protein
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell

超分子名称: A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア)
分子量理論値: 2.1 MDa

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分子 #1: Coat protein

分子名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 178 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caulobacter phage phiCb5 (ファージ)
分子量理論値: 13.498981 KDa
配列文字列:
ALGDTLTITL GGSGGTAKVL RKINQDGYTS EYYLPETSSS FRAKVRHTKE SVKPNQVQYE RHNVEFTETV YASGSTPEFV RQAYVVIRH KVGDVSATVS DLGEALSFYL NEALYGKLIG WES

UniProtKB: Coat protein

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分子 #2: Maturation protein

分子名称: Maturation protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caulobacter phage phiCb5 (ファージ)
分子量理論値: 40.725336 KDa
配列文字列: MARIRNRSSI ASSGMSTFYL FGTPIVNEEI IVRNTEWCSD VIGNPGDNPL DIHKQEWTIK PLSGQIIFGS GTYRSLQCPP EYCRGASLS HLSLPSQSGL GTTALARTNP SRPAFNLPAF IGELRDLPRM FKIAGDTMLR KGANAFLSYQ FGWKPLISDI S KALDFSAT ...文字列:
MARIRNRSSI ASSGMSTFYL FGTPIVNEEI IVRNTEWCSD VIGNPGDNPL DIHKQEWTIK PLSGQIIFGS GTYRSLQCPP EYCRGASLS HLSLPSQSGL GTTALARTNP SRPAFNLPAF IGELRDLPRM FKIAGDTMLR KGANAFLSYQ FGWKPLISDI S KALDFSAT VRTRSDEWHR LYSNGGLKRR INLGVDIEQK KENDVVLHSS NGFVVASHTV ITVRKTWATV RWRPDAGSLP PI TKSSSEK HARALLGLGV GGLIEGAWQL MPWSWMVDWF GNVGTFLQAS NNTIGASPGL VNIMTTTTTN HQFSVKRDLS DGW IKGGDC SATVTSKARS QSSGPTITAS IPNLSGRQLS ILGALGIQRV PRHLLR

UniProtKB: Maturation protein

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 236 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris
3.0 mMCaCl2Calcium chloride

詳細: 20mM tris, 2mM MgCl2, 3mM CaCl2
グリッドモデル: C-flat-2/1
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 25.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 272204
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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