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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42055 | |||||||||
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タイトル | Structure of eastern equine encephalitis virus VLP unliganded quasi-threefold spike protein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Eastern Equine Encephalitis Virus / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Abraham J / Yang P / Li W / Fan X / Pan J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis for VLDLR recognition by eastern equine encephalitis virus. 著者: Pan Yang / Wanyu Li / Xiaoyi Fan / Junhua Pan / Colin J Mann / Haley Varnum / Lars E Clark / Sarah A Clark / Adrian Coscia / Himanish Basu / Katherine Nabel Smith / Vesna Brusic / Jonathan Abraham / 要旨: Eastern equine encephalitis virus (EEEV) is the most virulent alphavirus that infects humans, and many survivors develop neurological sequelae, including paralysis and intellectual disability. ...Eastern equine encephalitis virus (EEEV) is the most virulent alphavirus that infects humans, and many survivors develop neurological sequelae, including paralysis and intellectual disability. Alphavirus spike proteins comprise trimers of heterodimers of glycoproteins E2 and E1 that mediate binding to cellular receptors and fusion of virus and host cell membranes during entry. We recently identified very-low density lipoprotein receptor (VLDLR) and apolipoprotein E receptor 2 (ApoER2) as cellular receptors for EEEV and a distantly related alphavirus, Semliki Forest virus (SFV). Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine structures of the EEEV and SFV spike glycoproteins bound to the VLDLR ligand-binding domain and found that EEEV and SFV interact with the same cellular receptor through divergent binding modes. Our studies suggest that the ability of LDLR-related proteins to interact with viral spike proteins through very small footprints with flexible binding modes results in a low evolutionary barrier to the acquisition of LDLR-related proteins as cellular receptors for diverse sets of viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42055.map.gz | 104.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42055-v30.xml emd-42055.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42055_fsc.xml | 11.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42055.png | 62.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42055.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_42055_half_map_1.map.gz emd_42055_half_map_2.map.gz | 90.6 MB 90.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42055 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42055 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42055_validation.pdf.gz | 966.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42055_full_validation.pdf.gz | 965.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42055_validation.xml.gz | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42055_validation.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42055 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42055 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42055.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42055_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42055_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Eastern equine encephalitis virus
全体 | 名称: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Eastern equine encephalitis virus
超分子 | 名称: Eastern equine encephalitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #4 / NCBI-ID: 11021 / 生物種: Eastern equine encephalitis virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Envelope glycoprotein E1
分子 | 名称: Envelope glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Spike glycoprotein E1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 47.984246 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: YEHTAVMPNK VGIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCTS KPHPDYQCQV FSGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE RSEECSIDHA KAYKVHTGTV QAMVNITYGS VSWRSADVYV NGETPAKIGD A KLIIGPLS ...文字列: YEHTAVMPNK VGIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCTS KPHPDYQCQV FSGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE RSEECSIDHA KAYKVHTGTV QAMVNITYGS VSWRSADVYV NGETPAKIGD A KLIIGPLS SAWSPFDNKV VVYGHEVYNY DFPEYGTGKA GSFGDLQSRT STSNDLYANT NLKLQRPQAG IVHTPFTQVP SG FERWKKD KGAPLNDVAP FGCSIALEPL RAENCAVGSI PISIDIPDAA FTRISETPTV SDLECKITEC TYAFDFGGIA TVA YKSSKA GNCPIHSPSG VAVIKENDVT LAESGSFTFH FSTANIHPAF KLQVCTSAVT CKGDCKPPKD HIVDYPAQHT ESFT SAISA TAWSWIKVLV GGTSAFIVLG LIATAVVALV LFFHRH UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #2: Structural polyprotein
分子 | 名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 46.818742 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DLDTHFTQYK LARPYIADCP NCGHSRCDSP IAIEEVRGDA HAGVIRIQTS AMFGLKTDGV DLAYMSFMNG KTQKSIKIDN LHVRTSAPC SLVSHHGYYI LAQCPPGDTV TVGFHDGPNR HTCTVAHKVE FRPVGREKYR HPPEHGVELP CNRYTHKRAD Q GHYVEMHQ ...文字列: DLDTHFTQYK LARPYIADCP NCGHSRCDSP IAIEEVRGDA HAGVIRIQTS AMFGLKTDGV DLAYMSFMNG KTQKSIKIDN LHVRTSAPC SLVSHHGYYI LAQCPPGDTV TVGFHDGPNR HTCTVAHKVE FRPVGREKYR HPPEHGVELP CNRYTHKRAD Q GHYVEMHQ PGLVADHSLL SIHSAKVKIT VPSGAQVKYY CKCPDVRKGI TSSDHTTTCT DVKQCRAYLI DNKKWVYNSG RL PRGEGDT FKGKLHVPFV PVKAKCIATL APEPLVEHKH RTLILHLHPD HPTLLTTRSL GSDANPTRQW IERPTTVNFT VTG EGLEYT WGNHPPKRVW AQESGEGNPH GWPHEVVVYY YNRYPLTTII GLCTCVAIIM VSCVTSVWLL CRTRNLCITP YKLA PNAQV PILLALLCCI KPT UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #3: Structural polyprotein
分子 | 名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 6.147061 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TVMCVLANIT FPCDQPPCMP CCYEKNPHET LTMLEQNYDS RAYDQLLDAA VKCN UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #4: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 29.21293 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFPYPTLNYP PMAPINPMAY RDPNPPRRRW RPFRPPLAAQ IEDLRRSIAN LTLKQRAPNP PAGPPAKRKK PAPSLSLRRK KKRPPPPAK KQKRKPKPGK RQRMCMKLES DKTFPIMLNG QVNGYACVVG GRVFKPLHVE GRIDNEQLAA IKLKKASIYD L EYGDVPQC ...文字列: MFPYPTLNYP PMAPINPMAY RDPNPPRRRW RPFRPPLAAQ IEDLRRSIAN LTLKQRAPNP PAGPPAKRKK PAPSLSLRRK KKRPPPPAK KQKRKPKPGK RQRMCMKLES DKTFPIMLNG QVNGYACVVG GRVFKPLHVE GRIDNEQLAA IKLKKASIYD L EYGDVPQC MKSDTLQYTS DKPPGFYNWH HGAVQYENNR FTVPRGVGGK GDSGRPILDN KGRVVAIVLG GVNEGSRTAL SV VTWNQKG VTVKDTPEGS EPW UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |