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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of CXCL12-bound CXCR4/Gi complex | |||||||||
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![]() | GPCR / chemokine receptor / chemokine / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / neuron recognition / response to ultrasound / response to tacrolimus ...C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / neuron recognition / response to ultrasound / response to tacrolimus / telencephalon cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / C-X-C chemokine receptor activity / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / chemokine receptor binding / myosin light chain binding / myelin maintenance / positive regulation of vasculature development / regulation of programmed cell death / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / endothelial tube morphogenesis / positive regulation of dopamine secretion / endothelial cell differentiation / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis / : / positive regulation of dendrite extension / Formation of definitive endoderm / positive regulation of chemotaxis / induction of positive chemotaxis / integrin activation / C-C chemokine receptor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / cellular response to chemokine / C-C chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotaxis / blood circulation / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / anchoring junction / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of calcium ion import / epithelial cell development / cell leading edge / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of calcium ion transport / positive regulation of cell adhesion / small molecule binding / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of T cell migration / positive regulation of protein localization to cell cortex / Binding and entry of HIV virion / regulation of cAMP-mediated signaling / animal organ regeneration / regulation of cell adhesion / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / coreceptor activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cardiac muscle contraction / Nuclear signaling by ERBB4 / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / adult locomotory behavior / neurogenesis / cell chemotaxis / response to activity / ubiquitin binding / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / axon guidance / growth factor activity / neuron migration / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / response to virus / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / brain development / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å | |||||||||
![]() | Saotome K / McGoldrick LL / Franklin MC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into CXCR4 modulation and oligomerization 著者: Saotome K / McGoldrick LL / Ho J / Ramlall T / Shah S / Moore MJ / Kim JH / Leidich R / Olson WC / Franklin MC | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 97.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.8 KB 19.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 99.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 95.6 MB 95.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8u4oMC ![]() 8u4nC ![]() 8u4pC ![]() 8u4qC ![]() 8u4rC ![]() 8u4sC ![]() 8u4tC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41889_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41889_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : CXCL12-bound CXCR4/Gi complex
全体 | 名称: CXCL12-bound CXCR4/Gi complex |
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要素 |
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-超分子 #1: CXCL12-bound CXCR4/Gi complex
超分子 | 名称: CXCL12-bound CXCR4/Gi complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: C-X-C chemokine receptor type 4
分子 | 名称: C-X-C chemokine receptor type 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 71.063609 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFAGAPE GISIYTSDNY TEEMGSGDYD SMKEPCFREE NANFNKIFLP TIYSIIFLTG IVGNGLVILV MGYQKKLRS MTDKYRLHLS VADLLFVITL PFWAVDAVAN WYFGNFLCKA VHVIYTVSLY SSVLILAFIS LDRYLAIVHA T NSQRPRKL ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFAGAPE GISIYTSDNY TEEMGSGDYD SMKEPCFREE NANFNKIFLP TIYSIIFLTG IVGNGLVILV MGYQKKLRS MTDKYRLHLS VADLLFVITL PFWAVDAVAN WYFGNFLCKA VHVIYTVSLY SSVLILAFIS LDRYLAIVHA T NSQRPRKL LAEKVVYVGV WIPALLLTIP DFIFANVSEA DDRYICDRFY PNDLWVVVFQ FQHIMVGLIL PGIVILSCYC II ISKLSHS KGHQKRKALK TTVILILAFF ACWLPYYIGI SIDSFILLEI IKQGCEFENT VHKWISITEA LAFFHCCLNP ILY AFLGAK FKTSAQHALT SVSRGSSLKI LSKGKRGGHS SVSTESESSS FHSSGRPLEV LFQGPGGGGS VSKGEELFTG VVPI LVELD GDVNGHKFSV SGEGEGDATY GKLTLKFICT TGKLPVPWPT LVTTLTYGVQ CFSRYPDHMK QHDFFKSAMP EGYVQ ERTI FFKDDGNYKT RAEVKFEGDT LVNRIELKGI DFKEDGNILG HKLEYNYNSH NVYIMADKQK NGIKVNFKIR HNIEDG SVQ LADHYQQNTP IGDGPVLLPD NHYLSTQSKL SKDPNEKRDH MVLLEFVTAA GITLGMDELY KDYKDDDDK UniProtKB: C-X-C chemokine receptor type 4 |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 41.591312 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHGGG GSGCTLSAED KAAVERSKMI DRNLREDGEK AAREVKLLLL GAGESGKCTI VKQMKIIHEA GYSEEECKQY KAVVYSNTI QSIIAIIRAM GRLKIDFGDS ARADDARQLF VLAGAAEEGF MTAELAGVIK RLWKDSGVQA CFNRSREYQL N DSAAYYLN ...文字列: MHHHHHHGGG GSGCTLSAED KAAVERSKMI DRNLREDGEK AAREVKLLLL GAGESGKCTI VKQMKIIHEA GYSEEECKQY KAVVYSNTI QSIIAIIRAM GRLKIDFGDS ARADDARQLF VLAGAAEEGF MTAELAGVIK RLWKDSGVQA CFNRSREYQL N DSAAYYLN DLDRIAQPNY IPTQQDVLRT RVKTTGIVET HFTFKDLHFK MFDVTAQRSE RKKWIHCFEG VTAIIFCVAL SD YDLVLAE DEEMNRMHAS MKLFDSICNN KWFTDTSIIL FLNKKDLFEE KIKKSPLTIC YPEYAGSNTY EEAAAYIQCQ FED LNKRKD TKEIYTHFTC STDTKNVQFV FDAVTDVIIK NNLKDCGLF UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 38.534062 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV ...文字列: MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV TSSGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD IN AICFFPN GNAFATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAG HDNRVS CLGVTDDGMA VATGSWDSFL KIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #5: Stromal cell-derived factor 1
分子 | 名称: Stromal cell-derived factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.97846 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: KPVSLSYRCP CRFFESHVAR ANVKHLKILN TPNCALQIVA RLKNNNRQVC IDPKLKWIQE YLEKALNK UniProtKB: Stromal cell-derived factor 1 |
-分子 #6: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 87963 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |