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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41874 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA in complex with 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 | |||||||||
マップデータ | CryoEM map of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA in complex with 3C10 mAb | |||||||||
試料 |
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キーワード | Influenza virus / hemagglutinin / H1 / monoclonal antibody / virus / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | |||||||||
データ登録者 | Moore N / Han J / Ward AB / Wilson IA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Persistence of germinal center B cell responses after influenza virus vaccination in humans 著者: McIntire KM / Meng H / Lin TH / Kim W / Moore NE / Han J / McMahon M / Wang M / Malladi SK / Mohammed BM / Zhou JQ / Schmitz AJ / Hoehn K / Suessen T / Middleton WD / Teefey SA / Presti RM / ...著者: McIntire KM / Meng H / Lin TH / Kim W / Moore NE / Han J / McMahon M / Wang M / Malladi SK / Mohammed BM / Zhou JQ / Schmitz AJ / Hoehn K / Suessen T / Middleton WD / Teefey SA / Presti RM / Krammer F / Turner JS / Ward AB / Wilson IA / Kleinstein SH / Ellebedy AH | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41874.map.gz | 86.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41874-v30.xml emd-41874.xml | 21.2 KB 21.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41874_fsc.xml | 9.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41874.png | 88.1 KB | ||
マスクデータ | emd_41874_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-41874.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_41874_half_map_1.map.gz emd_41874_half_map_2.map.gz | 84.6 MB 84.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41874 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41874 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41874_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41874_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41874_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41874_validation.cif.gz | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41874 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41874 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8u44MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41874.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA in complex with 3C10 mAb | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_41874_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM half map A of A/Solomon Islands/3/2006 H1...
ファイル | emd_41874_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM half map A of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA in complex with 3C10 mAb | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM half map B of A/Solomon Islands/3/2006 H1...
ファイル | emd_41874_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM half map B of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA in complex with 3C10 mAb | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Immune complex of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA with Fab 3C10
全体 | 名称: Immune complex of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA with Fab 3C10 |
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要素 |
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-超分子 #1: Immune complex of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA with Fab 3C10
超分子 | 名称: Immune complex of A/Solomon Islands/3/2006 H1 HA with Fab 3C10 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#4, #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Fab
超分子 | 名称: Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: HA
超分子 | 名称: HA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Heavy chain
分子 | 名称: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.771057 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DEVQLVQSGA EVKKPGSSVR VSCKASGGTF SAISWVRQAP GQGLEWMGGI IPVFGTANYA QKFQGRVTI TADDSTSTAY MEVSSLRSDD TAVYYCAREE TWKGATIGVM GIWGQGTMVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG ...文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DEVQLVQSGA EVKKPGSSVR VSCKASGGTF SAISWVRQAP GQGLEWMGGI IPVFGTANYA QKFQGRVTI TADDSTSTAY MEVSSLRSDD TAVYYCAREE TWKGATIGVM GIWGQGTMVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RV EPKSC |
-分子 #2: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Light chain
分子 | 名称: 05.GC.w2.3C10-H1_SI06 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.706625 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSI SSYLNWYQHK PGKAPKLLIF TASNLQSGVP SRFSGGGSG TDFTLTISSL QPEDFATYYC QQSYTSPRTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ ...文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSI SSYLNWYQHK PGKAPKLLIF TASNLQSGVP SRFSGGGSG TDFTLTISSL QPEDFATYYC QQSYTSPRTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #3: Hemagglutinin HA1 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 40.835902 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MVLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAAD PGDTICIGYH ANNSTDTVDT VLEKNVTVTH SVNLLEDSHN GKLCRLKGI APLQLGNCSV AGWILGNPEC ELLISRESWS YIVEKPNPEN GTCYPGHFAD YEELREQLSS VSSFERFEIF P KESSWPNH ...文字列: MVLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAAD PGDTICIGYH ANNSTDTVDT VLEKNVTVTH SVNLLEDSHN GKLCRLKGI APLQLGNCSV AGWILGNPEC ELLISRESWS YIVEKPNPEN GTCYPGHFAD YEELREQLSS VSSFERFEIF P KESSWPNH TTTGVSASCS HNGESSFYKN LLWLTGKNGL YPNLSKSYAN NKEKEVLVLW GVHHPPNIGD QRALYHKENA YV SVVSSHY SRKFTPEIAK RPKVRDQEGR INYYWTLLEP GDTIIFEANG NLIAPRYAFA LSRGFGSGII NSNAPMDECD AKC QTPQGA INSSLPFQNV HPVTIGECPK YVRSAKLRMV TGLRNIPSIQ SR UniProtKB: Hemagglutinin |
-分子 #4: Hemagglutinin HA2 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.988895 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINGITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFI DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNDECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL ...文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINGITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFI DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNDECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL NREKIDSGGG GLNDIFEAQK IEWHERLVPR GSPGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGHHHHHH UniProtKB: Hemagglutinin |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: Tris-buffered saline |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 25 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |