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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41806 | |||||||||
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タイトル | C-terminal LRRK2 bound to E11 DARPin | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Kinase / complex / DARPins / PROTEIN BINDING | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peroxidase inhibitor activity / caveola neck / negative regulation of thioredoxin peroxidase activity by peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Wnt signalosome assembly / regulation of branching morphogenesis of a nerve / beta-catenin destruction complex binding / regulation of kidney size / regulation of neuron maturation / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb ...peroxidase inhibitor activity / caveola neck / negative regulation of thioredoxin peroxidase activity by peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Wnt signalosome assembly / regulation of branching morphogenesis of a nerve / beta-catenin destruction complex binding / regulation of kidney size / regulation of neuron maturation / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / GTP-dependent protein kinase activity / regulation of neuroblast proliferation / regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of late endosome to lysosome transport / regulation of mitochondrial depolarization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / regulation of synaptic vesicle transport / regulation of lysosomal lumen pH / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / amphisome / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / co-receptor binding / mitochondrion localization / regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of autophagosome assembly / positive regulation of microglial cell activation / neuron projection arborization / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / JUN kinase kinase kinase activity / olfactory bulb development / regulation of protein kinase A signaling / regulation of dendritic spine morphogenesis / striatum development / multivesicular body, internal vesicle / protein localization to mitochondrion / cellular response to dopamine / endoplasmic reticulum organization / positive regulation of protein autoubiquitination / presynaptic cytosol / positive regulation of programmed cell death / GTP metabolic process / Wnt signalosome / regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein processing / negative regulation of GTPase activity / syntaxin-1 binding / regulation of reactive oxygen species metabolic process / exploration behavior / protein kinase A binding / regulation of locomotion / regulation of synaptic vesicle exocytosis / PTK6 promotes HIF1A stabilization / clathrin binding / Golgi-associated vesicle / negative regulation of macroautophagy / neuromuscular junction development / lysosome organization / regulation of mitochondrial fission / intracellular distribution of mitochondria / autolysosome / Golgi organization / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / locomotory exploration behavior / endoplasmic reticulum exit site / microvillus / Rho protein signal transduction / MAP kinase kinase kinase activity / positive regulation of protein kinase activity / canonical Wnt signaling pathway / cellular response to manganese ion / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of autophagy / JNK cascade / phosphorylation / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / dendrite cytoplasm / GTPase activator activity / tubulin binding / cellular response to starvation / neuron projection morphogenesis / SNARE binding / regulation of membrane potential / excitatory postsynaptic potential / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of protein ubiquitination / mitochondrion organization / negative regulation of protein binding / regulation of autophagy / determination of adult lifespan / mitochondrial membrane / peptidyl-threonine phosphorylation / calcium-mediated signaling / positive regulation of MAP kinase activity / trans-Golgi network / regulation of protein stability / terminal bouton 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Sanz-Murillo M / Mathea S / Dederer V / Knapp S / Leschziner A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Development and characterization of DARPins that bind to LRRK2 WD40 domain 著者: Mathea S / Dederer V / Sanz-Murillo M / Leschziner A / Knapp S | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41806.map.gz | 84.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41806-v30.xml emd-41806.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41806_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41806.png | 40.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41806.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_41806_half_map_1.map.gz emd_41806_half_map_2.map.gz | 84.7 MB 84.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41806 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41806 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41806_validation.pdf.gz | 832.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41806_full_validation.pdf.gz | 832.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41806_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41806_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41806 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41806 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8u1bMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41806.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : C-terminal LRRK2 bound to E11 DARPin
全体 | 名称: C-terminal LRRK2 bound to E11 DARPin |
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要素 |
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-超分子 #1: C-terminal LRRK2 bound to E11 DARPin
超分子 | 名称: C-terminal LRRK2 bound to E11 DARPin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 156 KDa |
-分子 #1: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2
分子 | 名称: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 136.060656 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: RMKLMIVGNT GSGKTTLLQQ LMKTKKSDLG MQSATVGIDV KDWPIQIRDK RKRDLVLNVW DFAGREEFYS THPHFMTQRA LYLAVYDLS KGQAEVDAMK PWLFNIKARA SSSPVILVGT HLDVSDEKQR KACMSKITKE LLNKRGFPAI RDYHFVNATE E SDALAKLR ...文字列: RMKLMIVGNT GSGKTTLLQQ LMKTKKSDLG MQSATVGIDV KDWPIQIRDK RKRDLVLNVW DFAGREEFYS THPHFMTQRA LYLAVYDLS KGQAEVDAMK PWLFNIKARA SSSPVILVGT HLDVSDEKQR KACMSKITKE LLNKRGFPAI RDYHFVNATE E SDALAKLR KTIINESLNF KIRDQLVVGQ LIPDCYVELE KIILSERKNV PIEFPVIDRK RLLQLVRENQ LQLDENELPH AV HFLNESG VLLHFQDPAL QLSDLYFVEP KWLCKIMAQI LTVKVEGCPK HPKGIISRRD VEKFLSKKRK FPKNYMSQYF KLL EKFQIA LPIGEEYLLV PSSLSDHRPV IELPHCENSE IIIRLYEMPY FPMGFWSRLI NRLLEISPYM LSGRERALRP NRMY WRQGI YLNWSPEAYC LVGSEVLDNH PESFLKITVP SCRKGCILLG QVVDHIDSLM EEWFPGLLEI DICGEGETLL KKWAL YSFN DGEEHQKILL DDLMKKAEEG DLLVNPDQPR LTIPISQIAP DLILADLPRN IMLNNDELEF EQAPEFLLGD GSFGSV YRA AYEGEEVAVK IFNKHTSLRL LRQELVVLCH LHHPSLISLL AAGIRPRMLV MELASKGSLD RLLQQDKASL TRTLQHR IA LHVADGLRYL HSAMIIYRDL KPHNVLLFTL YPNAAIIAKI ADYGIAQYCC RMGIKTSEGT PGFRAPEVAR GNVIYNQQ A DVYSFGLLLY DILTTGGRIV EGLKFPNEFD ELEIQGKLPD PVKEYGCAPW PMVEKLIKQC LKENPQERPT SAQVFDILN SAELVCLTRR ILLPKNVIVE CMVATHHNSR NASIWLGCGH TDRGQLSFLD LNTEGYTSEE VADSRILCLA LVHLPVEKES WIVSGTQSG TLLVINTEDG KKRHTLEKMT DSVTCLYCNS FSKQSKQKNF LLVGTADGKL AIFEDKTVKL KGAAPLKILN I GNVSTPLM CLSESTNSTE RNVMWGGCGT KIFSFSNDFT IQKLIETRTS QLFSYAAFSD SNIITVVVDT ALYIAKQNSP VV EVWDKKT EKLCGLIDCV HFLREVMVKE NKESKHKMSY SGRVKTLCLQ KNTALWIGTG GGHILLLDLS TRRLIRVIYN FCN SVRVMM TAQLGSLKNV MLVLGYNRKN TEGTQKQKEI QSCLTVWDIN LPHEVQNLEK HIEVRKELAE KMRRTSVE UniProtKB: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2 |
-分子 #2: E11 DARPin
分子 | 名称: E11 DARPin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Nterminal corresponds to HisTag. Some amino acids are not modeled due to the lack of density コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 19.766912 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRGSHHHHHH HHGSDLGKKL LEAARAGQDD EVRILMANGA DVNATDEAGV TPLHLAADSG HLEIVEVLLK TGADVNAWDH YGFTPLHLA AHVGHLEIVE VLLKAGADVN AQDHAGWTPL HLAALYGHLE IVEVLLKHGA DVNAQDMWGE TPFDLAIDNG N EDIAEVLQ KAAKLNDYKD DDDK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.68 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2468 / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |