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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Ghanaian virus fusion glycoprotein (GhV F) | |||||||||
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![]() | GhV F / Glycoprotein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Inhibitor / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() lyase activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Park YJ / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler D | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and design of Langya virus glycoprotein antigens. 著者: Zhaoqian Wang / Matthew McCallum / Lianying Yan / Cecily A Gibson / William Sharkey / Young-Jun Park / Ha V Dang / Moushimi Amaya / Ashley Person / Christopher C Broder / David Veesler / ![]() 要旨: Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which ...Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which are the main targets of neutralizing antibodies. We show here that the LayV F and G glycoproteins promote membrane fusion with human, mouse, and hamster target cells using a different, yet unknown, receptor than Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) and that NiV- and HeV-elicited monoclonal and polyclonal antibodies do not cross-react with LayV F and G. We determined cryoelectron microscopy structures of LayV F, in the prefusion and postfusion states, and of LayV G, revealing their conformational landscape and distinct antigenicity relative to NiV and HeV. We computationally designed stabilized LayV G constructs and demonstrate the generalizability of an HNV F prefusion-stabilization strategy. Our data will support the development of vaccines and therapeutics against LayV and closely related HNVs. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 63.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 87.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 33.8 MB 62.2 MB 62.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 907.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 907.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8tvbMC ![]() 8tveC ![]() 8tvfC ![]() 8tvgC ![]() 8tvhC ![]() 8tviC ![]() 8vwpC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_41636_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41636_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41636_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Prefusion Ghanian henipavirus F fused to the I53-50A trimer via a...
全体 | 名称: Prefusion Ghanian henipavirus F fused to the I53-50A trimer via an intervening 16 GS linker |
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要素 |
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-超分子 #1: Prefusion Ghanian henipavirus F fused to the I53-50A trimer via a...
超分子 | 名称: Prefusion Ghanian henipavirus F fused to the I53-50A trimer via an intervening 16 GS linker タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F0,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase...
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 96.991531 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKKKTDNPTI SKRGHNHSRG IKSRALLRET DNYSNGLIVE NLVRNCHHPS KNNLNYTKTQ KRDSTIPYRV EERKGHYPKI KHLIDKSYK HIKRGKRRNG HNGNIITIIL LLILILKTQM SEGAIHYETL SKIGLIKGIT REYKVKGTPS SKDIVIKLIP N VTGLNKCT ...文字列: MKKKTDNPTI SKRGHNHSRG IKSRALLRET DNYSNGLIVE NLVRNCHHPS KNNLNYTKTQ KRDSTIPYRV EERKGHYPKI KHLIDKSYK HIKRGKRRNG HNGNIITIIL LLILILKTQM SEGAIHYETL SKIGLIKGIT REYKVKGTPS SKDIVIKLIP N VTGLNKCT NISMENYKEQ LDKILIPINN IIELYANSTK SAPGNARFAG VIIAGVALGV AAAAQITAGI ALHEARQNAE RI NLLKDSI SATNNAVAEL QEATGGIVNV ITGMQDYINT NLVPQIDKLQ CSQIKTALDI SLSQYYSEIL TVFGPNLQNP VTT SMSIQA ISQSFGGNID LLLNLLGYTA NDLLDLLESK SITGQITYIN LEHYFMVIRV YYPIMTTISN AYVQELIKIS FNVD GSEWV SLVPSYILIR NSYLSNIDIS ECLITKNSVI CRHDFAMPMS YTLKECLTGD TEKCPREAVV TSYVPRFAIS GGVIY ANCL STTCQCYQTG KVIAQDGSQT LMMIDNQTCS IVRIEEILIS TGKYLGSQEY NTMHVSVGNP VFTDKLDITS QISNIN QSI EQSKFYLDKS KAILDKINLN LIGMKQIEDK IEEILSKIYH IENEIARIKK LIGEAPGGIE GRGGSGSGGS GGSGSEK AA KAEEAARKME ELFKKHKIVA VLRANSVEEA IEKAVAVFAG GVHLIEITFT VPDADTVIKA LSVLKEKGAI IGAGTVTS V EQARKAVESG AEFIVSPHLD EEISQFAKEK GVFYMPGVMT PTELVKAMKL GHTILKLFPG EVVGPQFVKA MKGPFPNVK FVPTGGVNLD NVAEWFKAGV LAVGVGSALV KGTPDEVREK AKAFVEKIRG ATEGGSGGSH HHHHHGSGGG SGLNDIFEAQ KIEWHE UniProtKB: Fusion glycoprotein F0, 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 63.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 60207 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |