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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41506 | |||||||||
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タイトル | Human parainfluenza virus type 3 prefusion F trimer in complex with rPIV3-18 Fab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Immune system / viral neutralization / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Human respirovirus 3 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Otrelo-Cardoso AR / Jardetzky TS | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Functional and structural characteristics of human monoclonal antibodies that potently neutralize human parainfluenza virus type 3 著者: Suryadevara N / Otrelo-Cardoso AR / Kose N / Hu YX / Binshtein E / Wolters R / Drew-Bear J / Handal LS / Carnahan RH / Moscona A / Jardetzky TS / Crowe Jr JE | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41506.map.gz | 62.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41506-v30.xml emd-41506.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41506_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41506.png | 430.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41506.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_41506_half_map_1.map.gz emd_41506_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41506 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41506 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41506_validation.pdf.gz | 906.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41506_full_validation.pdf.gz | 905.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41506_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41506_validation.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41506 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41506 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tqkMC 8tqiC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41506.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41506_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41506_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HPIV3 prefusion F trimer in complex with rPIV3-18 Fab
全体 | 名称: HPIV3 prefusion F trimer in complex with rPIV3-18 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: HPIV3 prefusion F trimer in complex with rPIV3-18 Fab
超分子 | 名称: HPIV3 prefusion F trimer in complex with rPIV3-18 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス) |
-超分子 #2: Fusion glycoprotein F0
超分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス) |
-超分子 #3: rPIV3-18 light chain
超分子 | 名称: rPIV3-18 light chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #4: rPIV3-18 heavy chain
超分子 | 名称: rPIV3-18 heavy chain / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Heavy chain Fab rPIV3-18
分子 | 名称: Heavy chain Fab rPIV3-18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.959973 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: EVQLLESGGG LVRPGGSLRL SCAASGFTFS KYVMAWVRQA PGKGLEWVSS ITSGERTFYA DSVKGRFTVS RDNSKYTLDL EMSRLRAED TAVYYCAKMF KWDYDTSDFG VWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列: EVQLLESGGG LVRPGGSLRL SCAASGFTFS KYVMAWVRQA PGKGLEWVSS ITSGERTFYA DSVKGRFTVS RDNSKYTLDL EMSRLRAED TAVYYCAKMF KWDYDTSDFG VWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSC |
-分子 #2: Light chain Fab rPIV3-28
分子 | 名称: Light chain Fab rPIV3-28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.671273 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: DFQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSVG NWLTWYQHKP GKAPKILIYK ASTLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ QFNTYSWTFG QGTRVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DFQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSVG NWLTWYQHKP GKAPKILIYK ASTLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ QFNTYSWTFG QGTRVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLRSPVTKS FNRGEC |
-分子 #3: Fusion glycoprotein F0
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 57.360102 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QIDITKLQHV GVLVNSPKGM KISQNFETRY LILSLIPKIE DSNSCGDQQI KQYKRLLDRL IIPLYDGLKL QKDVIVTNQE SNENTDPRT ERFFGGVIGT IALGVATSAQ ITAAVALVEA KQAKSDIEKL KEAIRDTNKA VQSVCSSVGN CIVAIKSVQD Y VNKEIVPS ...文字列: QIDITKLQHV GVLVNSPKGM KISQNFETRY LILSLIPKIE DSNSCGDQQI KQYKRLLDRL IIPLYDGLKL QKDVIVTNQE SNENTDPRT ERFFGGVIGT IALGVATSAQ ITAAVALVEA KQAKSDIEKL KEAIRDTNKA VQSVCSSVGN CIVAIKSVQD Y VNKEIVPS IARLGCEAAG LQLGIALTQH YSELTNCFGD NIGSLQEKGI KLQCIASLYR TNITEIFTTS TVDKYDIYDL LF TESIKVR VIDVDLNDYS ITLQVRLPLL TRLLNTQIYK VDSISYNIQN REWYIPLPSH IMTKGAFLGG ADVKECIEAF SSY ICPSDP GFVLNHEMES CLSGNISQCP RTTVTSDIVP RYAFVNGGVV ANCITTTCTC NGIGNRINQP PDQGVKIITH KECN TIGIN GMLFNTNKEG TLAFYTPDDI TLNNSVALDP IDISIELNKV KSDLEESKEW YRRSNQKLSA IEDKIEEILS KIYHI ENEI ARIKKLIGEA PGSENLYFQG GSGSHHHHHH HH UniProtKB: Fusion glycoprotein F0 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |