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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41452 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of monomeric alpha-Klotho | |||||||||
マップデータ | full map | |||||||||
試料 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 norepinephrine biosynthetic process / beta-glucuronidase / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / beta-glucuronidase activity / fibroblast growth factor receptor binding / vitamin D binding / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / energy reserve metabolic process ...norepinephrine biosynthetic process / beta-glucuronidase / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / beta-glucuronidase activity / fibroblast growth factor receptor binding / vitamin D binding / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / energy reserve metabolic process / response to vitamin D / negative regulation of systemic arterial blood pressure / response to angiotensin / beta-glucosidase activity / fibroblast growth factor binding / PI-3K cascade:FGFR1 / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / calcium ion homeostasis / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR1 signaling / determination of adult lifespan / response to activity / Negative regulation of FGFR1 signaling / hormone activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / carbohydrate metabolic process / apical plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å | |||||||||
データ登録者 | Schnicker NJ / Xu Z / Mohammad A / Gakhar L / Huang CL | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Exploring the a-Klotho conformational landscape 著者: Schnicker NJ / Xu Z / Mohammad A / Gakhar L / Huang CL | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41452.map.gz | 132.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41452-v30.xml emd-41452.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41452_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41452.png | 91.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41452.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_41452_half_map_1.map.gz emd_41452_half_map_2.map.gz | 139.2 MB 139.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41452 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41452 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41452_validation.pdf.gz | 723.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41452_full_validation.pdf.gz | 723.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41452_validation.xml.gz | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41452_validation.cif.gz | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41452 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41452 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tohMC 8uf8C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41452.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | full map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.6507 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_41452_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_41452_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human aKlotho
全体 | 名称: Human aKlotho |
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要素 |
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-超分子 #1: Human aKlotho
超分子 | 名称: Human aKlotho / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 130 KDa |
-分子 #1: Klotho
分子 | 名称: Klotho / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 109.993688 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: EPGDGAQTWA RFSRPPAPEA AGLFQGTFPD GFLWAVGSAA YQTEGGWQQH GKGASIWDTF THHPLAPPGD SRNASLPLGA PSPLQPATG DVASDSYNNV FRDTEALREL GVTHYRFSIS WARVLPNGSA GVPNREGLRY YRRLLERLRE LGVQPVVTLY H WDLPQRLQ ...文字列: EPGDGAQTWA RFSRPPAPEA AGLFQGTFPD GFLWAVGSAA YQTEGGWQQH GKGASIWDTF THHPLAPPGD SRNASLPLGA PSPLQPATG DVASDSYNNV FRDTEALREL GVTHYRFSIS WARVLPNGSA GVPNREGLRY YRRLLERLRE LGVQPVVTLY H WDLPQRLQ DAYGGWANRA LADHFRDYAE LCFRHFGGQV KYWITIDNPY VVAWHGYATG RLAPGIRGSP RLGYLVAHNL LL AHAKVWH LYNTSFRPTQ GGQVSIALSS HWINPRRMTD HSIKECQKSL DFVLGWFAKP VFIDGDYPES MKNNLSSILP DFT ESEKKF IKGTADFFAL CFGPTLSFQL LDPHMKFRQL ESPNLRQLLS WIDLEFNHPQ IFIVENGWFV SGTTKRDDAK YMYY LKKFI METLKAIKLD GVDVIGYTAW SLMDGFEWHR GYSIRRGLFY VDFLSQDKML LPKSSALFYQ KLIEKNGFPP LPENQ PLEG TFPCDFAWGV VDNYIQVDTT LSQFTDLNVY LWDVHHSKRL IKVDGVVTKK RKSYCVDFAA IQPQIALLQE MHVTHF RFS LDWALILPLG NQSQVNHTIL QYYRCMASEL VRVNITPVVA LWQPMAPNQG LPRLLARQGA WENPYTALAF AEYARLC FQ ELGHHVKLWI TMNEPYTRNM TYSAGHNLLK AHALAWHVYN EKFRHAQNGK ISIALQADWI EPACPFSQKD KEVAERVL E FDIGWLAEPI FGSGDYPWVM RDWLNQRNNF LLPYFTEDEK KLIQGTFDFL ALSHYTTILV DSEKEDPIKY NDYLEVQEM TDITWLNSPS QVAVVPWGLR KVLNWLKFKY GDLPMYIISN GIDDGLHAED DQLRVYYMQN YINEALKAHI LDGINLCGYF AYSFNDRTA PRFGLYRYAA DQFEPKASMK HYRKIIDSNG FPGPETLERF CPEEFTVCTE CSFFHTRKSH HHHHH UniProtKB: Klotho |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8676 / 平均露光時間: 1.099 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |