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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of octamer assembly of Shedu nuclease domain from Bacillus cereus | |||||||||
![]() | CryoEM structure of Shedu from Bacillus cereus | |||||||||
![]() |
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![]() | Shedu / DUF4263 / Bacterial defense systems / Nuclease / Anti-plasmid defense system / PD-(D/E)XK nuclease / Whirly domain / Two-component signaling / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF4263 / : / Shedu protein SduA, C-terminal / Shedu protein SduA, N-terminal / nuclease activity / defense response to virus / Shedu protein SduA![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | |||||||||
![]() | Gu Y / Corbett K | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Shedu anti-phage nucleases share a common enzymatic core regulated by diverse sensor domains 著者: Gu Y / Corbett K | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 89.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22 KB 22 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 94.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 89.6 MB 165.1 MB 165.1 MB 165.4 MB 165.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 946.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 945.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM structure of Shedu from Bacillus cereus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.935 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: focused local refinement, main map
ファイル | emd_41282_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | focused local refinement, main map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: focused local refinement, half A map
ファイル | emd_41282_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | focused local refinement, half A map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: focused local refinement, half B map
ファイル | emd_41282_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | focused local refinement, half B map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_41282_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_41282_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Bacillus cereus Shedu delta_NL octamer
全体 | 名称: Bacillus cereus Shedu delta_NL octamer |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacillus cereus Shedu delta_NL octamer
超分子 | 名称: Bacillus cereus Shedu delta_NL octamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Octamer assembly of Bacillus cereus Shedu nuclease domain, which truncates the N-terminal and linker region. Glutamic acid 264 is mutated to Alanine. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 216 KDa |
-分子 #1: Shedu protein SduA
分子 | 名称: Shedu protein SduA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 26.23676 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAK EQDLDQLNTL IGIANLKKVL SVWESNKLTN TSEKFWQSVL KENTWILSQI FSNPTVLIND EAYVGGKTV KNDSGKLVDF LYANPFSKDA VLIAIKTPST PLITPTEYRT GVYSAHKDLT GAVTQVLTYK TTLQREYQNI D YNNYRQGI ...文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAK EQDLDQLNTL IGIANLKKVL SVWESNKLTN TSEKFWQSVL KENTWILSQI FSNPTVLIND EAYVGGKTV KNDSGKLVDF LYANPFSKDA VLIAIKTPST PLITPTEYRT GVYSAHKDLT GAVTQVLTYK TTLQREYQNI D YNNYRQGI KTDFDIITPC CVVIAGMFDT LTDTAHRHSF ELYRKELKNV TVITFDELFE RVKGLIKLLE G UniProtKB: Shedu protein SduA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Prepared using deionized water and filtered strelized. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | Freshly collected from size-exclusion column |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | ![]() PDB-8ti9: ![]() PDB-8tia: |