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- EMDB-41189: Baseplate of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena the... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41189
タイトルBaseplate of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila
マップデータThe baseplate domain of N-DRC on doublet microtubule in Tetrahymena thermophila cilia
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Baseplate of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila
    • タンパク質・ペプチド: DUF4201 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar associated protein
    • タンパク質・ペプチド: Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil protein, putativeコイルドコイル
    • タンパク質・ペプチド: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 91
    • タンパク質・ペプチド: Flagella associated protein
    • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil protein, putativeコイルドコイル
    • タンパク質・ペプチド: CFAP20
キーワードcomplex / Cilia (繊毛) / axoneme / nexin-dynein regulatory complex / PROTEIN BINDING (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cilium movement / axonemal dynein complex assembly / inner dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / cilium movement / axoneme assembly / axonemal dynein complex / flagellated sperm motility / 繊毛 ...regulation of cilium movement / axonemal dynein complex assembly / inner dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / cilium movement / axoneme assembly / axonemal dynein complex / flagellated sperm motility / 繊毛 / positive regulation of cell motility / axoneme / cilium assembly / ciliary basal body / cell projection / 運動性 / small GTPase binding / microtubule binding / 微小管 / 細胞骨格 / ゴルジ体 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF4201 / Cilia- and flagella-associated protein 91 / CFAP91 domain / Coiled-coil domain-containing protein 39 / Coiled-coil domain-containing protein 40 / Domain of unknown function (DUF4201) / Cilia- and flagella-associated protein 91 / Growth arrest-specific protein 8 domain / Growth arrest-specific protein 8 / Dynein regulatory complex protein 1/2, N-terminal ...Domain of unknown function DUF4201 / Cilia- and flagella-associated protein 91 / CFAP91 domain / Coiled-coil domain-containing protein 39 / Coiled-coil domain-containing protein 40 / Domain of unknown function (DUF4201) / Cilia- and flagella-associated protein 91 / Growth arrest-specific protein 8 domain / Growth arrest-specific protein 8 / Dynein regulatory complex protein 1/2, N-terminal / Dynein regulatory complex protein / Growth-arrest specific micro-tubule binding / 精子 / BRE1 E3 ubiquitin ligase / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / CAP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth-arrest-specific microtubule-binding protein / Cilia- and flagella-associated protein 91 / Cilia- and flagella-associated protein 184 / Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein / Cilia- and flagella-associated protein 263 / Cilia- and flagella-associated protein 20 / Coiled-coil protein, putative / Flagella associated protein / Growth-arrest-specific microtubule-binding protein / Dynein regulatory complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Ghanaeian AG / Black CS / Yang SK / Bui KH
資金援助 カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-156354 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2022-04774 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Integrated modeling of the Nexin-dynein regulatory complex reveals its regulatory mechanism.
著者: Avrin Ghanaeian / Sumita Majhi / Caitlyn L McCafferty / Babak Nami / Corbin S Black / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Ophelia Papoulas / Martyna Janowska / Melissa Valente-Paterno / Edward M ...著者: Avrin Ghanaeian / Sumita Majhi / Caitlyn L McCafferty / Babak Nami / Corbin S Black / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Ophelia Papoulas / Martyna Janowska / Melissa Valente-Paterno / Edward M Marcotte / Dorota Wloga / Khanh Huy Bui /
要旨: Cilia are hairlike protrusions that project from the surface of eukaryotic cells and play key roles in cell signaling and motility. Ciliary motility is regulated by the conserved nexin-dynein ...Cilia are hairlike protrusions that project from the surface of eukaryotic cells and play key roles in cell signaling and motility. Ciliary motility is regulated by the conserved nexin-dynein regulatory complex (N-DRC), which links adjacent doublet microtubules and regulates and coordinates the activity of outer doublet complexes. Despite its critical role in cilia motility, the assembly and molecular basis of the regulatory mechanism are poorly understood. Here, using cryo-electron microscopy in conjunction with biochemical cross-linking and integrative modeling, we localize 12 DRC subunits in the N-DRC structure of Tetrahymena thermophila. We also find that the CCDC96/113 complex is in close contact with the DRC9/10 in the linker region. In addition, we reveal that the N-DRC is associated with a network of coiled-coil proteins that most likely mediates N-DRC regulatory activity.
履歴
登録2023年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月20日-
マップ公開2023年9月20日-
更新2023年9月27日-
現状2023年9月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41189.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41189.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The baseplate domain of N-DRC on doublet microtubule in Tetrahymena thermophila cilia
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.016
最小 - 最大-0.04395528 - 0.08868455
平均 (標準偏差)-0.0005772059 (±0.0052444194)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 701.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41189_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The half map of baseplate domain of N-DRC...

ファイルemd_41189_half_map_1.map
注釈The half map of baseplate domain of N-DRC on doublet microtubule in Tetrahymena thermophila cilia
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The half map of baseplate domain of N-DRC...

ファイルemd_41189_half_map_2.map
注釈The half map of baseplate domain of N-DRC on doublet microtubule in Tetrahymena thermophila cilia
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Baseplate of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena the...

全体名称: Baseplate of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Baseplate of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila
    • タンパク質・ペプチド: DUF4201 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar associated protein
    • タンパク質・ペプチド: Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil protein, putativeコイルドコイル
    • タンパク質・ペプチド: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 91
    • タンパク質・ペプチド: Flagella associated protein
    • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil protein, putativeコイルドコイル
    • タンパク質・ペプチド: CFAP20

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超分子 #1: Baseplate of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena the...

超分子名称: Baseplate of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #8-#9, #1-#7, #10
詳細: Single Particle Analysis of baseplate domain of Nexin-Dynein regulatory complex of Tetrahymena thermophila
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

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分子 #1: Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containin...

分子名称: Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: The baseplate domain of the DRC1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 98.840125 KDa
配列文字列: MNPSQTQKGK IQIQVSRGSI DLLVRTMYED INNIKLKNER FQKKKRAEDE RRRRERYAEI QQEAIASGKK NAALEMKWAE LKELDECEE LNREMQDQQQ TFQQIIEGKE NLRKEFEEEL KRKDDEYVKM LKEQSNDIKD MISKMRSQFY KIRDANMQEL E DIERHFEQ ...文字列:
MNPSQTQKGK IQIQVSRGSI DLLVRTMYED INNIKLKNER FQKKKRAEDE RRRRERYAEI QQEAIASGKK NAALEMKWAE LKELDECEE LNREMQDQQQ TFQQIIEGKE NLRKEFEEEL KRKDDEYVKM LKEQSNDIKD MISKMRSQFY KIRDANMQEL E DIERHFEQ ERSNLLNEFK AKIQATFKKH LDLEEQYVKE HAKTEEEQTK NIEDLRIKGA KHYAELKITM ETEIQDLEKC FE DMKALYQ LITEKLDYSL KVLQEKFHEN NSMCDELKRK ENNFKNRLKQ LTKDYKQYDK KFKLENKNLT QEYKRIIRQF KEL QKKFKH FEKADLDKYS EIQKMNEAEV KELKDKIIKC NITIHIQQLG MQWIPPQSEE EILAQQKLQL EQGGKAEEEE EREF EFCIS EIKIGEICNI ILEEADFLID DKLREELEGS AEPEQIFQRL DCIKKCLYID SEDEMNLFFR ELITKCRVKS AEEIE EEAR KQLLLLGLIK EAEENENPEG EEVQQQEGAQ QKKKEEGNKK DDPKGKEGAK DSKENANPQG QNKSNQDERK KKKDGQ DDH AGQGQGQYDS NQGGMGENQE EGENAEGQEN LEGEIEKEID LENTQINLNE VVKFLQNWQA NKDKRKEKLE KESSKKA VK QETEREKKER IAREGKKYWE KLTQVLPERT FRIWNVNFFK FSFEKQILLN QINKLRFWTD LCPNIMNFFW TDKNQSKK P VNCITKMKNQ RIFQINTYKL IMNLLSALQD SLIQIKDKDD FIQTKISTNL FTFHNFQILL QIFIVNQSFL FIRLCQSYS KKIILLIKNI NQKLFNLSNF KNQFSF

UniProtKB: Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein

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分子 #2: Coiled-coil protein, putative

分子名称: Coiled-coil protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: The baseplate domain of the DRC2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 60.596348 KDa
配列文字列: MALLGKTLKG RSTRPGGIPQ KRNIKWRQLA KNQEEFDQLK QLAKMKREGL KARIKDEQKV VTFNKKKLIT YWRKIMRIAK TEQLKNEID IYSQNNQREL DSKEAFIQML DKNLDEAEDQ FQIALRNHLI HIENLMQLQE ARMRGLAEEF NRDVNILETE F DLEREEMV ...文字列:
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UniProtKB: Dynein regulatory complex subunit 2

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分子 #3: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein

分子名称: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 56.190844 KDa
配列文字列: MSKAAKAKKN VPVVSKLEAD ARKAAEGVND NESEEFKKAM RKEARALVEQ FNEEKKLLAF YQQERQKINY NWIIAKKELE DKKSELINK EREIQDLQEN HFMTLNVYKQ KIKHLLFQNQ DQQSELKKDV EVTLKQLEDQ HRIKSRELKT DVRSLKVTKK E QEISQQDY ...文字列:
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UniProtKB: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein

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分子 #4: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein

分子名称: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 55.393203 KDa
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MPPKKAKGKK KKEEEPDDEY KSMTGADLTQ TLEKLKERVN EMRTNRNYIQ MDRDMVENFY HNTLKEISEV KTKISNKETE AEEKESKHR IDVKVFLQKV KHLEYEQEKS NLNIEDDGKK AKEKEDAYFE DITKNMKQLK TQLKSEYLEK EKANIQQVQE E KKDHQSLL KIQQKKFDEL INNLIIKYEE RLAKLKEDLE LKLKVEIHEL EERKNLHINE LMNNHEKAFA ELKKYYNDIT AE NLNLIKA HKEKIAQIYA NIQLNTKNVA DNQAKNEQLK EPLAKHREIR NKLKEDLKQF AKHKMSLQNL KSKAITLKDK ITK LERDGK DLDEKYEKVV REKQELEKKF EDITQEVKKN ADLNNNVLSN RLQILLKEYN NKEEELRTII DNAGLDHNLH EQLK QRVQQ SIEAKNTLIK NLKYSIHHAT KAYNDAIRVY EAKLVEFGIP IEELGFQPLE TITSSMPAGL VSS

UniProtKB: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein

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分子 #5: Cilia- and flagella-associated protein 91

分子名称: Cilia- and flagella-associated protein 91 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 76.154328 KDa
配列文字列: MATTTNILHD VVRDQSMVNY VSNRDRPLYF KRPLVPQMTD IPLHISRPPV DQQVDYQTMQ MQQNATIVEA PTKDAFVQTD YRESETQTD PYTPKCFVRD GDHPEVMELK DYKYGKGLPA SIEELEQIEL NREKVWFENS LPPISDEASF NLRRKLMEEQ E LREWSKKE ...文字列:
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UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 91

+
分子 #6: Flagella associated protein

分子名称: Flagella associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 114.163266 KDa
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MDQGEFIQDD NDQDYDQQEG DDENNDYMED PQQDNNYNQN GDNLDDQGQD DDGGQNNLQQ PSVPPEDDED DDDDFPEYAN EQNKRLNEI IKKKRKLIKD ISAKIEEKSD RTKVLQEHLK NVEQELLHTQ ALIDAKNKEI ETEDHMKQIA ERQSGRIQSE L KILEKRSI EQQEKLNDVQ NQIFRGNEKM DQYKLEMNWN QEELEQWALA ARQKEEDNLT LEKYKRADEV KIKELNLAIE KL TAEVGRK QNELEKEITE TQAAQIELDK TAEEFKRQHE ERHKLFLQWQ EVTEIISKRD LAIREEGENF ARIKIEIKSN KDA LEERKR ILKEAKEENK RIQMANELME RQNIQQISDN KHIEEQLAEK KADVEILKNQ VSAFASDLSS KKNRIAILSQ ELLA KKQRL NAAQKKYQAH QVKLKNEEIM AKQYENDRSY AEEKYRKNEK EKKELEKEIR TQKENLFKHT QELFKHRERE ANLYG EIQG NMAACRNLQS HITKLNQEFQ RQQELLYNAE YQIQLMERRV ARAKGERTLE EKKDLENEIM NAERELGGVT GQNKEL IES LKNLDDEIRT VKKKLAYVEE ENTKYSSLIE ELILENDMTY QDLNKIIKQK EEVLVQHDTM KLEIKKINES LNGATEK VF NLENQIYQLE MSMQEREKEI EVHKDVLMTE HKAAEEERHK IAVELAERKN KVKNLKIKYE SLVQKNKASN GEVESVHE H SQAYYVIKAA QEREELQRKG DELNAKILKN EKELKALDNT LNHLKNRNSN YRDKFLNKGV TTQHREEAEG LEEQCRAAS QNLFKKRDEL QKLQKEQEED TRRYTEIKNK LERLYEQHQS LDQEISKYQK DIDQQGDKLQ RAQNSLQRNY QLAVNKNQNF INPKNPHMI QVKLDNQNNL YKTLLQGLYS LQQDIPELSS VVDEILKEQR IQNNKAPSSI DINSKRSSQS GRSQRSQRSN I SNQ

UniProtKB: Flagella associated protein

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分子 #7: Coiled-coil protein, putative

分子名称: Coiled-coil protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 105.196055 KDa
配列文字列: MSNQQGPEDN NLEDDMAYLP ADHPLLAKLQ IDLTKQLTDE HERVDQKLIE IDANLKKLEK TKEDIGVRLY SVQQQLAENQ MNFEQAHEN YNWVQKLRIE AEQKLKTESE VYDAKKKELE ELRKKYLKAQ DELSKLTRTL YQINEFNQQM KGQIINTKTN T YRAEENVV ...文字列:
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UniProtKB: Coiled-coil protein, putative

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分子 #8: DUF4201 domain-containing protein

分子名称: DUF4201 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 94.540883 KDa
配列文字列: MASEDGEMPS QFEGIDPEQL TESQMQQYMM EMQRQGLLDS NMEGGQYEEG YEEGQEGEGY GEEYGDQDYD GNQNEYDSQQ DSQQQGHDQ VNEMHQDRYD RRVNSEISGN YEADDETLRK IRRDLLDNIN LERRHRDLQP VYIDLTTNNI SQYYSEYLVN N EHNQDFYE ...文字列:
MASEDGEMPS QFEGIDPEQL TESQMQQYMM EMQRQGLLDS NMEGGQYEEG YEEGQEGEGY GEEYGDQDYD GNQNEYDSQQ DSQQQGHDQ VNEMHQDRYD RRVNSEISGN YEADDETLRK IRRDLLDNIN LERRHRDLQP VYIDLTTNNI SQYYSEYLVN N EHNQDFYE NAKVRYNNLG ECELCHITAK FEPDADITKE YIYDYFMEIG YLFLESEEEK RIILNPANNH IGIGVFFDEI QI VVVLILS EKVLCIQKIS QPEQNKIEIR GKMLDENFGI YAIRIMNVDD QKKDIKGVGP EFIEYTRSTQ EWMASFELEL YNQ DRMAIE YYTRVSPDSI PYKKKQSKNE KLTYKHLQLR LRTPFQIYPD PKYAAEDEKE RIRKEQEILA HEEQERKERE ENDA KRLKQ SRKDYGDGQY DDDEHGQDDF NSQSDISDKD KHHDSMHAEQ EQNQQAAQQQ QDTISNKEIR QELEMAITEA QRQHD EFML QNHKLQEEIK LLKNKNDGFV DRSNETAMNE HKYLNTLAHV HQIRLDLKQT QTRYNQMSQE LQKKLEQKQK KCNEIK YAF LELKREVAKK AANSRTDKPI PEQQINEWEK AELQKSKELQ ELRLQILRLR NAYVKNQKIL KKKEELAEGL HLIDFEQ LK IENQTLNEKI EERNEELHKL KKKNTTTIQI LTHTREKLGF VQGENGELNS QNVRKDQELD DMRKQLTQQK KTKDKLRS V NLTLKQQTGI VNSEELGQDY RDLRTRVSKL EEEKKRLEQK LRSMHEAIKT ANQISTQNMQ SQNNSLKKPY QPY

UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 184

+
分子 #9: Flagellar associated protein

分子名称: Flagellar associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 42.931082 KDa
配列文字列: MNQDKHPEIT DEEQELITVE ELSQKLELLY KDMEQIRREN LLFEAYLARN RKEIAKEDEV SEDKKGKGKK KDKNVDKKSL LLTNEEKFE IAQQEQDALK KQIDDGRIKS DQILETLRAI LEETDMAITE IRKDAFDFQR EILVGGENSR TGKIEAEKII K FFEEKERQ ...文字列:
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UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 263

+
分子 #10: CFAP20

分子名称: CFAP20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 22.976535 KDa
配列文字列: MFKNTFQSGF LSILYSIGSK PLQIWDKSIR NGHIKRITDQ DILSSVLEIM GTNVSTNYIT APADPKETLG IKLPFLVMII KNLKKYYTF EVQVLDDKNV RRRFRASNYQ STTRVKPFIC TMPMRLDEGW NQIQFNLSDF TRRAYATNYI ETLRVQIHAN C RIRRIYFS ...文字列:
MFKNTFQSGF LSILYSIGSK PLQIWDKSIR NGHIKRITDQ DILSSVLEIM GTNVSTNYIT APADPKETLG IKLPFLVMII KNLKKYYTF EVQVLDDKNV RRRFRASNYQ STTRVKPFIC TMPMRLDEGW NQIQFNLSDF TRRAYATNYI ETLRVQIHAN C RIRRIYFS DRLYSEEELP PEFKLFLPIQ GQNKTNV

UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 20

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8537

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 211502
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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