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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41172 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of cardiac amyloid fibril from a variant ATTR I84S amyloidosis patient-3, variant-type morphology | ||||||||||||
マップデータ | this map was used for model building | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | ATTR / amyloidosis (アミロイドーシス) / cardiac fibril / I84S / PROTEIN FIBRIL | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / purine nucleobase metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / purine nucleobase metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Nguyen BA / Singh V / Saelices L | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural polymorphism of amyloid fibrils in ATTR amyloidosis revealed by cryo-electron microscopy. 著者: Binh An Nguyen / Virender Singh / Shumaila Afrin / Anna Yakubovska / Lanie Wang / Yasmin Ahmed / Rose Pedretti / Maria Del Carmen Fernandez-Ramirez / Preeti Singh / Maja Pękała / Luis O ...著者: Binh An Nguyen / Virender Singh / Shumaila Afrin / Anna Yakubovska / Lanie Wang / Yasmin Ahmed / Rose Pedretti / Maria Del Carmen Fernandez-Ramirez / Preeti Singh / Maja Pękała / Luis O Cabrera Hernandez / Siddharth Kumar / Andrew Lemoff / Roman Gonzalez-Prieto / Michael R Sawaya / David S Eisenberg / Merrill Douglas Benson / Lorena Saelices / 要旨: ATTR amyloidosis is caused by the deposition of transthyretin in the form of amyloid fibrils in virtually every organ of the body, including the heart. This systemic deposition leads to a phenotypic ...ATTR amyloidosis is caused by the deposition of transthyretin in the form of amyloid fibrils in virtually every organ of the body, including the heart. This systemic deposition leads to a phenotypic variability that has not been molecularly explained yet. In brain amyloid conditions, previous studies suggest an association between clinical phenotype and the molecular structures of their amyloid fibrils. Here we investigate whether there is such an association in ATTRv amyloidosis patients carrying the mutation I84S. Using cryo-electron microscopy, we determined the structures of cardiac fibrils extracted from three ATTR amyloidosis patients carrying the ATTRv-I84S mutation, associated with a consistent clinical phenotype. We found that in each ATTRv-I84S patient, the cardiac fibrils exhibited different local conformations, and these variations can co-exist within the same fibril. Our finding suggests that one amyloid disease may associate with multiple fibril structures in systemic amyloidoses, calling for further studies. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41172.map.gz | 38.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41172-v30.xml emd-41172.xml | 19.9 KB 19.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41172_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41172.png | 63.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41172.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_41172_additional_1.map.gz emd_41172_additional_2.map.gz emd_41172_half_map_1.map.gz emd_41172_half_map_2.map.gz | 4.3 MB 49.3 MB 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41172 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41172 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41172.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | this map was used for model building | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Relion processed map
ファイル | emd_41172_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion processed map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: reconstructed map from Relion
ファイル | emd_41172_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | reconstructed map from Relion | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map 1
ファイル | emd_41172_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map 2
ファイル | emd_41172_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Transthyretin fibrils extracted from patient heart.
全体 | 名称: Transthyretin fibrils extracted from patient heart. |
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要素 |
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-超分子 #1: Transthyretin fibrils extracted from patient heart.
超分子 | 名称: Transthyretin fibrils extracted from patient heart. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Transthyretin
分子 | 名称: Transthyretin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 15.878902 KDa |
配列 | 文字列: MASHRLLLLC LAGLVFVSEA GPTGTGESKC PLMVKVLDAV RGSPAINVAV HVFRKAADDT WEPFASGKTS ESGELHGLTT EEEFVEGIY KVEIDTKSYW KALGSSPFHE HAEVVFTAND SGPRRYTIAA LLSPYSYSTT AVVTNPKE UniProtKB: トランスサイレチン |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: water containing 5-10 mM EDTA |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 5.4 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |