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万見
- EMDB-41161: gH base local refinement for HCMV Trimer in complex with CS2it1p2... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41161
タイトルgH base local refinement for HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab
マップデータgH base local refinement map for HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab
試料
  • 複合体: HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab
    • 複合体: HCMV Trimer
    • 複合体: CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab
キーワードVirus / glycoprotein / antibody / VIRAL PROTEIN
生物種Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Goldsmith JA / McLellan JS
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: Single-cell analysis of memory B cells from top neutralizers reveals multiple sites of vulnerability within HCMV Trimer and Pentamer.
著者: Matthias Zehner / Mira Alt / Artem Ashurov / Jory A Goldsmith / Rebecca Spies / Nina Weiler / Justin Lerma / Lutz Gieselmann / Dagmar Stöhr / Henning Gruell / Eric P Schultz / Christoph ...著者: Matthias Zehner / Mira Alt / Artem Ashurov / Jory A Goldsmith / Rebecca Spies / Nina Weiler / Justin Lerma / Lutz Gieselmann / Dagmar Stöhr / Henning Gruell / Eric P Schultz / Christoph Kreer / Linda Schlachter / Hanna Janicki / Kerstin Laib Sampaio / Cora Stegmann / Michelle D Nemetchek / Sabrina Dähling / Leon Ullrich / Ulf Dittmer / Oliver Witzke / Manuel Koch / Brent J Ryckman / Ramin Lotfi / Jason S McLellan / Adalbert Krawczyk / Christian Sinzger / Florian Klein /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) can cause severe diseases in fetuses, newborns, and immunocompromised individuals. Currently, no vaccines are approved, and treatment options are limited. Here, we ...Human cytomegalovirus (HCMV) can cause severe diseases in fetuses, newborns, and immunocompromised individuals. Currently, no vaccines are approved, and treatment options are limited. Here, we analyzed the human B cell response of four HCMV top neutralizers from a cohort of 9,000 individuals. By single-cell analyses of memory B cells targeting the pentameric and trimeric HCMV surface complexes, we identified vulnerable sites on the shared gH/gL subunits as well as complex-specific subunits UL and gO. Using high-resolution cryogenic electron microscopy, we revealed the structural basis of the neutralization mechanisms of antibodies targeting various binding sites. Moreover, we identified highly potent antibodies that neutralized a broad spectrum of HCMV strains, including primary clinical isolates, that outperform known antibodies used in clinical trials. Our study provides a deep understanding of the mechanisms of HCMV neutralization and identifies promising antibody candidates to prevent and treat HCMV infection.
履歴
登録2023年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2024年8月21日-
現状2024年8月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41161.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41161.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈gH base local refinement map for HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 360 pix.
= 338.4 Å		0.94 Å/pix.
x 360 pix.
= 338.4 Å		0.94 Å/pix.
x 360 pix.
= 338.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.49960446 - 0.90181166
平均 (標準偏差)-0.00022949222 (±0.009163654)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 338.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: gH base local refinement sharpened map for HCMV...

ファイルemd_41161_additional_1.map
注釈gH base local refinement sharpened map for HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: gH base local refinement half map A for...

ファイルemd_41161_half_map_1.map
注釈gH base local refinement half map A for HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: gH base local refinement half map B for...

ファイルemd_41161_half_map_2.map
注釈gH base local refinement half map B for HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab

全体名称: HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab
要素
  • 複合体: HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab
    • 複合体: HCMV Trimer
    • 複合体: CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab

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超分子 #1: HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab

超分子名称: HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: HCMV Trimer

超分子名称: HCMV Trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)

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超分子 #3: CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab

超分子名称: CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7lbe

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 376687
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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