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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4116 | |||||||||
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タイトル | RELION-2.0 reconstruction for beta-galactosidase data in EMPIAR-10061 | |||||||||
マップデータ | RELION postprocessed map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kimanius D / Forsberg BO / Scheres SHW / Lindahl E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Accelerated cryo-EM structure determination with parallelisation using GPUs in RELION-2. 著者: Dari Kimanius / Björn O Forsberg / Sjors Hw Scheres / Erik Lindahl / 要旨: By reaching near-atomic resolution for a wide range of specimens, single-particle cryo-EM structure determination is transforming structural biology. However, the necessary calculations come at large ...By reaching near-atomic resolution for a wide range of specimens, single-particle cryo-EM structure determination is transforming structural biology. However, the necessary calculations come at large computational costs, which has introduced a bottleneck that is currently limiting throughput and the development of new methods. Here, we present an implementation of the RELION image processing software that uses graphics processors (GPUs) to address the most computationally intensive steps of its cryo-EM structure determination workflow. Both image classification and high-resolution refinement have been accelerated more than an order-of-magnitude, and template-based particle selection has been accelerated well over two orders-of-magnitude on desktop hardware. Memory requirements on GPUs have been reduced to fit widely available hardware, and we show that the use of single precision arithmetic does not adversely affect results. This enables high-resolution cryo-EM structure determination in a matter of days on a single workstation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4116.map.gz | 202.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4116-v30.xml emd-4116.xml | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4116_fsc.xml | 13.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4116.png | 63.9 KB | ||
マスクデータ | emd_4116_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_4116_half_map_1.map.gz emd_4116_half_map_2.map.gz | 169.9 MB 169.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4116 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4116 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4116_validation.pdf.gz | 499.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4116_full_validation.pdf.gz | 498.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4116_validation.xml.gz | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4116 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4116 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4116.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | RELION postprocessed map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.637 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_4116_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1 from gold-standard refinement procedure in RELION
ファイル | emd_4116_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 from gold-standard refinement procedure in RELION | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2 from gold-standard refinement procedure in RELION
ファイル | emd_4116_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 from gold-standard refinement procedure in RELION | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : PETG-bound beta-galactosidase
全体 | 名称: PETG-bound beta-galactosidase |
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要素 |
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-超分子 #1: PETG-bound beta-galactosidase
超分子 | 名称: PETG-bound beta-galactosidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: B-factor corrected reconstruction of PETG-bound beta-galactosidase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 450 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: 25 mM Tris, pH 8.0, 50 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 1.0 mM TCEP |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 詳細: Blot for 2 seconds before plunging.. |
詳細 | 200 mesh Quantifoil R2/2 grids, plasma cleaned |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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詳細 | Parallel beam illumination |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |