+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA with 13 bp R-loop | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | SpRY-Cas9 / CRISPR / Cas9 / IMMUNE SYSTEM / R-loop | |||||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | |||||||||
![]() | Hibshman GN / Bravo JPK / Taylor DW | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Unraveling the mechanisms of PAMless DNA interrogation by SpRY-Cas9. 著者: Grace N Hibshman / Jack P K Bravo / Matthew M Hooper / Tyler L Dangerfield / Hongshan Zhang / Ilya J Finkelstein / Kenneth A Johnson / David W Taylor / ![]() ![]() 要旨: CRISPR-Cas9 is a powerful tool for genome editing, but the strict requirement for an NGG protospacer-adjacent motif (PAM) sequence immediately next to the DNA target limits the number of editable ...CRISPR-Cas9 is a powerful tool for genome editing, but the strict requirement for an NGG protospacer-adjacent motif (PAM) sequence immediately next to the DNA target limits the number of editable genes. Recently developed Cas9 variants have been engineered with relaxed PAM requirements, including SpG-Cas9 (SpG) and the nearly PAM-less SpRY-Cas9 (SpRY). However, the molecular mechanisms of how SpRY recognizes all potential PAM sequences remains unclear. Here, we combine structural and biochemical approaches to determine how SpRY interrogates DNA and recognizes target sites. Divergent PAM sequences can be accommodated through conformational flexibility within the PAM-interacting region, which facilitates tight binding to off-target DNA sequences. Nuclease activation occurs ~1000-fold slower than for Streptococcus pyogenes Cas9, enabling us to directly visualize multiple on-pathway intermediate states. Experiments with SpG position it as an intermediate enzyme between Cas9 and SpRY. Our findings shed light on the molecular mechanisms of PAMless genome editing. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 108.2 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 80.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8t6tMC ![]() 8spqC ![]() 8sqhC ![]() 8srsC ![]() 8t6oC ![]() 8t6pC ![]() 8t6sC ![]() 8t6xC ![]() 8t6yC ![]() 8t76C ![]() 8t77C ![]() 8t78C ![]() 8t79C ![]() 8t7sC ![]() 8tzzC ![]() 8u3yC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8332 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41080_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41080_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of SpRY-Cas9 with gRNA and NAC PAM DNA after one ...
全体 | 名称: Ternary complex of SpRY-Cas9 with gRNA and NAC PAM DNA after one minute of DNA incubation with 13 bp R-loop |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Ternary complex of SpRY-Cas9 with gRNA and NAC PAM DNA after one ...
超分子 | 名称: Ternary complex of SpRY-Cas9 with gRNA and NAC PAM DNA after one minute of DNA incubation with 13 bp R-loop タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 211.54 KDa |
-分子 #1: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
分子 | 名称: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 159.020297 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GDKKYSIGLD IGTNSVGWAV ITDEYKVPSK KFKVLGNTDR HSIKKNLIGA LLFDSGETAE RTRLKRTARR RYTRRKNRIC YLQEIFSNE MAKVDDSFFH RLEESFLVEE DKKHERHPIF GNIVDEVAYH EKYPTIYHLR KKLVDSTDKA DLRLIYLALA H MIKFRGHF ...文字列: GDKKYSIGLD IGTNSVGWAV ITDEYKVPSK KFKVLGNTDR HSIKKNLIGA LLFDSGETAE RTRLKRTARR RYTRRKNRIC YLQEIFSNE MAKVDDSFFH RLEESFLVEE DKKHERHPIF GNIVDEVAYH EKYPTIYHLR KKLVDSTDKA DLRLIYLALA H MIKFRGHF LIEGDLNPDN SDVDKLFIQL VQTYNQLFEE NPINASGVDA KAILSARLSK SRRLENLIAQ LPGEKKNGLF GN LIALSLG LTPNFKSNFD LAEDAKLQLS KDTYDDDLDN LLAQIGDQYA DLFLAAKNLS DAILLSDILR VNTEITKAPL SAS MIKRYD EHHQDLTLLK ALVRQQLPEK YKEIFFDQSK NGYAGYIDGG ASQEEFYKFI KPILEKMDGT EELLVKLNRE DLLR KQRTF DNGSIPHQIH LGELHAILRR QEDFYPFLKD NREKIEKILT FRIPYYVGPL ARGNSRFAWM TRKSEETITP WNFEE VVDK GASAQSFIER MTNFDKNLPN EKVLPKHSLL YEYFTVYNEL TKVKYVTEGM RKPAFLSGEQ KKAIVDLLFK TNRKVT VKQ LKEDYFKKIE CFDSVEISGV EDRFNASLGT YHDLLKIIKD KDFLDNEENE DILEDIVLTL TLFEDREMIE ERLKTYA HL FDDKVMKQLK RRRYTGWGRL SRKLINGIRD KQSGKTILDF LKSDGFANRN FMQLIHDDSL TFKEDIQKAQ VSGQGDSL H EHIANLAGSP AIKKGILQTV KVVDELVKVM GRHKPENIVI EMARENQTTQ KGQKNSRERM KRIEEGIKEL GSQILKEHP VENTQLQNEK LYLYYLQNGR DMYVDQELDI NRLSDYDVDH IVPQSFLKDD SIDNKVLTRS DKNRGKSDNV PSEEVVKKMK NYWRQLLNA KLITQRKFDN LTKAERGGLS ELDKAGFIKR QLVETRQITK HVAQILDSRM NTKYDENDKL IREVKVITLK S KLVSDFRK DFQFYKVREI NNYHHAHDAY LNAVVGTALI KKYPKLESEF VYGDYKVYDV RKMIAKSEQE IGKATAKYFF YS NIMNFFK TEITLANGEI RKRPLIETNG ETGEIVWDKG RDFATVRKVL SMPQVNIVKK TEVQTGGFSK ESIRPKRNSD KLI ARKKDW DPKKYGGFLW PTVAYSVLVV AKVEKGKSKK LKSVKELLGI TIMERSSFEK NPIDFLEAKG YKEVKKDLII KLPK YSLFE LENGRKRMLA SAKQLQKGNE LALPSKYVNF LYLASHYEKL KGSPEDNEQK QLFVEQHKHY LDEIIEQISE FSKRV ILAD ANLDKVLSAY NKHRDKPIRE QAENIIHLFT LTRLGAPRAF KYFDTTIDPK QYRSTKEVLD ATLIHQSITG LYETRI DLS QLGGD UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1 |
-分子 #2: gRNA
分子 | 名称: gRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 30.723311 KDa |
配列 | 文字列: GCAUAAAGAU GAGACGCGUU UUAGAGCUAG AAAUAGCAAG UUAAAAUAAG GCUAGUCCGU UAUCAACUUG AAAAAGUGGC ACCGAGUCG GUGCUU |
-分子 #3: TS
分子 | 名称: TS / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.316722 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA) (DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC) (DT)(DT)(DT)(DA) |
-分子 #4: NTS
分子 | 名称: NTS / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 6.802445 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC) (DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC) (DA)(DA) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100084 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |