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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4096 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Yvh1 pre-60S particle | |||||||||
マップデータ | Yvh1 pre-60S particle | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Sarkar A / Pech M / Thoms M / Beckmann R / Hurt E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016 タイトル: Ribosome-stalk biogenesis is coupled with recruitment of nuclear-export factor to the nascent 60S subunit. 著者: Anshuk Sarkar / Markus Pech / Matthias Thoms / Roland Beckmann / Ed Hurt / 要旨: Nuclear export of preribosomal subunits is a key step during eukaryotic ribosome formation. To efficiently pass through the FG-repeat meshwork of the nuclear pore complex, the large pre-60S subunit ...Nuclear export of preribosomal subunits is a key step during eukaryotic ribosome formation. To efficiently pass through the FG-repeat meshwork of the nuclear pore complex, the large pre-60S subunit requires several export factors. Here we describe the mechanism of recruitment of the Saccharomyces cerevisiae RNA-export receptor Mex67-Mtr2 to the pre-60S subunit at the proper time. Mex67-Mtr2 binds at the premature ribosomal-stalk region, which later during translation serves as a binding platform for translational GTPases on the mature ribosome. The assembly factor Mrt4, a structural homolog of cytoplasmic-stalk protein P0, masks this site, thus preventing untimely recruitment of Mex67-Mtr2 to nuclear pre-60S particles. Subsequently, Yvh1 triggers Mrt4 release in the nucleus, thereby creating a narrow time window for Mex67-Mtr2 association at this site and facilitating nuclear export of the large subunit. Thus, a spatiotemporal mark on the ribosomal stalk controls the recruitment of an RNA-export receptor to the nascent 60S subunit. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4096.map.gz | 264.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4096-v30.xml emd-4096.xml | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4096.png | 54 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4096 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4096 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4096_validation.pdf.gz | 292.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4096_full_validation.pdf.gz | 291.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4096_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4096 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4096 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4096.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Yvh1 pre-60S particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.062 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yvh1 pre-60S particle
全体 | 名称: Yvh1 pre-60S particle |
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要素 |
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-超分子 #1: Yvh1 pre-60S particle
超分子 | 名称: Yvh1 pre-60S particle / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Method Blot for 3 seconds before plunging. | ||||||||||||
詳細 | The freshly prepared pre-60S sample was applied to 2 nm pre-coated Quantifoil holey carbon supparted grids an vitrified |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 3226 / 平均電子線量: 4.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.66 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.06 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |