+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40942 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM of the GDP-bound human dynamin (full-length) polymer assembled on the membrane in the super constricted state | ||||||||||||
マップデータ | GDP-bound human dynamin (full-length) polymer assembled on the membrane in the super constricted state | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | dynamin / membrane / fission / lipid / tubule / scission / endocytosis / HYDROLASE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin coat assembly involved in endocytosis / vesicle scission / synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane / presynaptic endocytic zone membrane / dynamin GTPase / chromaffin granule / regulation of vesicle size / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Retrograde neurotrophin signalling / endosome organization ...clathrin coat assembly involved in endocytosis / vesicle scission / synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane / presynaptic endocytic zone membrane / dynamin GTPase / chromaffin granule / regulation of vesicle size / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Retrograde neurotrophin signalling / endosome organization / Formation of annular gap junctions / photoreceptor ribbon synapse / Gap junction degradation / membrane coat / Recycling pathway of L1 / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / endocytic vesicle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / clathrin-coated pit / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / MHC class II antigen presentation / photoreceptor inner segment / receptor-mediated endocytosis / cell projection / modulation of chemical synaptic transmission / protein homooligomerization / receptor internalization / endocytosis / GDP binding / Clathrin-mediated endocytosis / presynapse / microtubule binding / protein homotetramerization / microtubule / GTPase activity / glutamatergic synapse / synapse / GTP binding / protein kinase binding / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Jimah JR / Canagarajah BJ / Hinshaw JE | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Dev Cell / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures of membrane-bound dynamin in a post-hydrolysis state primed for membrane fission. 著者: John R Jimah / Nidhi Kundu / Abigail E Stanton / Kem A Sochacki / Bertram Canagarajah / Lieza Chan / Marie-Paule Strub / Huaibin Wang / Justin W Taraska / Jenny E Hinshaw / 要旨: Dynamin assembles as a helical polymer at the neck of budding endocytic vesicles, constricting the underlying membrane as it progresses through the GTPase cycle to sever vesicles from the ...Dynamin assembles as a helical polymer at the neck of budding endocytic vesicles, constricting the underlying membrane as it progresses through the GTPase cycle to sever vesicles from the plasma membrane. Although atomic models of the dynamin helical polymer bound to guanosine triphosphate (GTP) analogs define earlier stages of membrane constriction, there are no atomic models of the assembled state post-GTP hydrolysis. Here, we used cryo-EM methods to determine atomic structures of the dynamin helical polymer assembled on lipid tubules, akin to necks of budding endocytic vesicles, in a guanosine diphosphate (GDP)-bound, super-constricted state. In this state, dynamin is assembled as a 2-start helix with an inner lumen of 3.4 nm, primed for spontaneous fission. Additionally, by cryo-electron tomography, we trapped dynamin helical assemblies within HeLa cells using the GTPase-defective dynamin K44A mutant and observed diverse dynamin helices, demonstrating that dynamin can accommodate a range of assembled complexes in cells that likely precede membrane fission. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40942.map.gz | 20.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-40942-v30.xml emd-40942.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40942_fsc.xml | 18.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40942.png | 77.9 KB | ||
マスクデータ | emd_40942_msk_1.map | 476.8 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-40942.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_40942_half_map_1.map.gz emd_40942_half_map_2.map.gz | 441.9 MB 441.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40942 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40942 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40942_validation.pdf.gz | 1006.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_40942_full_validation.pdf.gz | 1005.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40942_validation.xml.gz | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40942_validation.cif.gz | 34.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40942 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40942 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t0kMC 8tymMC 8sxzC 8sz4C 8sz7C 8sz8C 8t0rC 8tynC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40942.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | GDP-bound human dynamin (full-length) polymer assembled on the membrane in the super constricted state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.289 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_40942_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_40942_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_40942_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GDP-bound human dynamin (full-length) helical polymer assembled o...
全体 | 名称: GDP-bound human dynamin (full-length) helical polymer assembled on the membrane |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: GDP-bound human dynamin (full-length) helical polymer assembled o...
超分子 | 名称: GDP-bound human dynamin (full-length) helical polymer assembled on the membrane タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 98.7 kDa/nm |
-分子 #1: Dynamin-1
分子 | 名称: Dynamin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dynamin GTPase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 98.825742 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAHHHHHHTG MGNRGMEDLI PLVNRLQDAF SAIGQNADLD LPQIAVVGGQ SAGASSVLEN FVGRDFLPRG SGIVTRRPLV LQLVNATTE YAEFLHCKGK KFTDFEEVRL EIEAETDRVT GTNKGISPVP INLRVYSPHV LNLTLVDLPG MTKVPVGDQP P DIEFQIRD ...文字列: MAHHHHHHTG MGNRGMEDLI PLVNRLQDAF SAIGQNADLD LPQIAVVGGQ SAGASSVLEN FVGRDFLPRG SGIVTRRPLV LQLVNATTE YAEFLHCKGK KFTDFEEVRL EIEAETDRVT GTNKGISPVP INLRVYSPHV LNLTLVDLPG MTKVPVGDQP P DIEFQIRD MLMQFVTKEN CLILAVSPAN SDLANSDALK VAKEVDPQGQ RTIGVITKLD LMDEGTDARD VLENKLLPLR RG YIGVVNR SQKDIDGKKD ITAALAAERK FFLSHPSYRH LADRMGTPYL QKVLNQQLTN HIRDTLPGLR NKLQSQLLSI EKE VEEYKN FRPDDPARKT KALLQMVQQF AVDFEKRIEG SGDQIDTYEL SGGARINRIF HERFPFELVK MEFDEKELRR EISY AIKNI HGIRTGLFTP DMAFETIVKK QVKKIREPCL KCVDMVISEL ISTVRQCTKK LQQYPRLREE MERIVTTHIR EREGR TKEQ VMLLIDIELA YMNTNHEDFI GFANAQQRSN QMNKKKTSGN QDEILVIRKG WLTINNIGIM KGGSKEYWFV LTAENL SWY KDDEEKEKKY MLSVDNLKLR DVEKGFMSSK HIFALFNTEQ RNVYKDYRQL ELACETQEEV DSWKASFLRA GVYPERV GD KEKASETEEN GSDSFMHSMD PQLERQVETI RNLVDSYMAI VNKTVRDLMP KTIMHLMINN TKEFIFSELL ANLYSCGD Q NTLMEESAEQ AQRRDEMLRM YHALKEALSI IGNINTTTVS TPMPPPVDDS WLQVQSVPAG RRSPTSSPTP QRRAPAVPP ARPGSRGPAP GPPPAGSALG GAPPVPSRPG ASPDPFGPPP QVPSRPNRAP PGVPSRSGQA SPSRPESPRP PFDLGT UniProtKB: Dynamin-1 |
-分子 #2: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: GDP |
---|---|
分子量 | 理論値: 443.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-GDP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |