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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of NINJ1 Filament at 2.75 Angstrom Resolution | |||||||||
![]() | Cryo-EM Map of NINJ1 Filament | |||||||||
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![]() | NINJ1 Filament / Plasma Membrane Rupture Protein / Cholesterol Binding Protein / Lipid Binding Protein / Membrane Protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cell adhesion mediator activity / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / membrane destabilizing activity / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / tissue regeneration / muscle cell differentiation / programmed cell death / heterotypic cell-cell adhesion / pyroptotic inflammatory response / synaptic membrane ...cell adhesion mediator activity / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / membrane destabilizing activity / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / tissue regeneration / muscle cell differentiation / programmed cell death / heterotypic cell-cell adhesion / pyroptotic inflammatory response / synaptic membrane / lipopolysaccharide binding / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / nervous system development / angiogenesis / killing of cells of another organism / cell adhesion / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å | |||||||||
![]() | Sahoo B / Dai X | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: How NINJ1 mediates plasma membrane rupture and why NINJ2 cannot 著者: Sahoo B / Mou Z / Liu W / Dubyak G / Dai X | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 168 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 96.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 165.4 MB 165.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 950.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 950.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8szaMC ![]() 8szbC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM Map of NINJ1 Filament | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.66 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Cryo-EM Half Map A of NINJ1 Filament
ファイル | emd_40905_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM Half Map A of NINJ1 Filament | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM Half Map B of NINJ1 Filament
ファイル | emd_40905_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM Half Map B of NINJ1 Filament | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ninjurin-1 in complex with Cholesterol
全体 | 名称: Ninjurin-1 in complex with Cholesterol |
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要素 |
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-超分子 #1: Ninjurin-1 in complex with Cholesterol
超分子 | 名称: Ninjurin-1 in complex with Cholesterol / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Ninjurin-1
分子 | 名称: Ninjurin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 19.276896 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKGSGDSGT EEYELNGGLP PGTPGSPDAS PARWGWRHGP INVNHYASKK SAAESMLDIA LLMANASQL KAVVEQGPSF AFYVPLVVLI SISLVLQIGV GVLLIFLVKY DLNNPAKHAK LDFLNNLATG LVFIIVVVNI F ITAFGVQK PLMDMAPQQ UniProtKB: Ninjurin-1 |
-分子 #2: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |