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万見
- EMDB-40714: particulate methane monooxygenase crosslinked with 2,2,2-trifluor... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40714
タイトルparticulate methane monooxygenase crosslinked with 2,2,2-trifluoroethanol bound
マップデータ
試料
  • 複合体: particulate methane monooxygenase
    • タンパク質・ペプチド: Particulate methane monooxygenase alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: Particulate methane monooxygenase beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein
  • リガンド: DECANE
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
  • リガンド: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
  • リガンド: TRIFLUOROETHANOL
  • リガンド: water
キーワードMetalloenzyme / Inhibitor / Membrane Protein / Nanodiscs / Active Site / Oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


methane monooxygenase (particulate) / methane monooxygenase (soluble) / : / : / monooxygenase activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit A / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit C / Ammonia/methane monooxygenase, subunit B, hairpin domain superfamily / Ammonia/methane monooxygenase, subunit B, C-terminal / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit C domain superfamily / Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A superfamily / Ammonia monooxygenase / Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit B / Ammonia/methane monooxygenase, subunitB, N-terminal / Monooxygenase subunit B protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Particulate methane monooxygenase alpha subunit / Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein / Particulate methane monooxygenase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) / Methylococcus capsulatus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Tucci FJ / Rosenzweig AC
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118035 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM111097 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM105538 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008382 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)T32GM008382 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1908587 米国
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023
タイトル: Product analog binding identifies the copper active site of particulate methane monooxygenase.
著者: Frank J Tucci / Richard J Jodts / Brian M Hoffman / Amy C Rosenzweig /
要旨: Nature's primary methane-oxidizing enzyme, the membrane-bound particulate methane monooxygenase (pMMO), catalyzes the oxidation of methane to methanol. pMMO activity requires copper, and decades of ...Nature's primary methane-oxidizing enzyme, the membrane-bound particulate methane monooxygenase (pMMO), catalyzes the oxidation of methane to methanol. pMMO activity requires copper, and decades of structural and spectroscopic studies have sought to identify the active site among three candidates: the Cu, Cu, and Cu sites. Challenges associated with the isolation of active pMMO have hindered progress toward locating its catalytic center. However, reconstituting pMMO into native lipid nanodiscs stabilizes its structure and recovers its activity. Here, these active samples were incubated with 2,2,2,-trifluoroethanol (TFE), a product analog that serves as a readily visualized active-site probe. Interactions of TFE with the Cu site were observed by both pulsed ENDOR spectroscopy and cryoEM, implicating Cu and the surrounding hydrophobic pocket as the likely site of methane oxidation. Use of these orthogonal techniques on parallel samples is a powerful approach that can circumvent difficulties in interpreting metalloenzyme cryoEM maps.
履歴
登録2023年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2024年1月24日-
現状2024年1月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40714.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40714.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.53 Å/pix.
x 512 pix.
= 270.899 Å		0.53 Å/pix.
x 512 pix.
= 270.899 Å		0.53 Å/pix.
x 512 pix.
= 270.899 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5291 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0342
最小 - 最大-0.11005447 - 0.22570628
平均 (標準偏差)0.00052594114 (±0.0056739957)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 270.8992 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40714_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_40714_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : particulate methane monooxygenase

全体名称: particulate methane monooxygenase
要素
  • 複合体: particulate methane monooxygenase
    • タンパク質・ペプチド: Particulate methane monooxygenase alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: Particulate methane monooxygenase beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein
  • リガンド: DECANE
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
  • リガンド: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
  • リガンド: TRIFLUOROETHANOL
  • リガンド: water

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超分子 #1: particulate methane monooxygenase

超分子名称: particulate methane monooxygenase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア)
分子量理論値: 337.11 KDa

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分子 #1: Particulate methane monooxygenase alpha subunit

分子名称: Particulate methane monooxygenase alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methylococcus capsulatus (バクテリア) / 株: Bath
分子量理論値: 42.832887 KDa
配列文字列: HGEKSQAAFM RMRTIHWYDL SWSKEKVKIN ETVEIKGKFH VFEGWPETVD EPDVAFLNVG MPGPVFIRKE SYIGGQLVPR SVRLEIGKT YDFRVVLKAR RPGDWHVHTM MNVQGGGPII GPGKWITVEG SMSEFRNPVT TLTGQTVDLE NYNEGNTYFW H AFWFAIGV ...文字列:
HGEKSQAAFM RMRTIHWYDL SWSKEKVKIN ETVEIKGKFH VFEGWPETVD EPDVAFLNVG MPGPVFIRKE SYIGGQLVPR SVRLEIGKT YDFRVVLKAR RPGDWHVHTM MNVQGGGPII GPGKWITVEG SMSEFRNPVT TLTGQTVDLE NYNEGNTYFW H AFWFAIGV AWIGYWSRRP IFIPRLLMVD AGRADELVSA TDRKVAMGFL AATILIVVMA MSSANSKYPI TIPLQAGTMR GM KPLELPA PTVSVKVEDA TYRVPGRAMR MKLTITNHGN SPIRLGEFYT ASVRFLDSDV YKDTTGYPED LLAEDGLSVS DNS PLAPGE TRTVDVTASD AAWEVYRLSD IIYDPDSRFA GLLFFFDATG NRQVVQIDAP LIPSFM

UniProtKB: Particulate methane monooxygenase alpha subunit

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分子 #2: Particulate methane monooxygenase beta subunit

分子名称: Particulate methane monooxygenase beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methylococcus capsulatus (バクテリア) / 株: Bath
分子量理論値: 27.869459 KDa
配列文字列: AVRSHAEAVQ VSRTIDWMAL FVVFFVIVGS YHIHAMLTMG DWDFWSDWKD RRLWVTVTPI VLVTFPAAVQ SYLWERYRLP WGATVCVLG LLLGEWINRY FNFWGWTYFP INFVFPASLV PGAIILDTVL MLSGSYLFTA IVGAMGWGLI FYPGNWPIIA P LHVPVEYN ...文字列:
AVRSHAEAVQ VSRTIDWMAL FVVFFVIVGS YHIHAMLTMG DWDFWSDWKD RRLWVTVTPI VLVTFPAAVQ SYLWERYRLP WGATVCVLG LLLGEWINRY FNFWGWTYFP INFVFPASLV PGAIILDTVL MLSGSYLFTA IVGAMGWGLI FYPGNWPIIA P LHVPVEYN GMLMSIADIQ GYNYVRTGTP EYIRMVEKGT LRTFGKDVAP VSAFFSAFMS ILIYFMWHFI GRWFSNERFL QS T

UniProtKB: Particulate methane monooxygenase beta subunit

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分子 #3: Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein

分子名称: Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methylococcus capsulatus (バクテリア) / 株: Bath
分子量理論値: 27.65684 KDa
配列文字列: LLDKKWLTFA LAIYTVFYLW VRWYEGVYGW SAGLDSFAPE FETYWMNFLY TEIVLEIVTA SILWGYLWKT RDRNLAALTP REELRRNFT HLVWLVAYAW AIYWGASYFT EQDGTWHQTI VRDTDFTPSH IIEFYLSYPI YIITGFAAFI YAKTRLPFFA K GISLPYLV ...文字列:
LLDKKWLTFA LAIYTVFYLW VRWYEGVYGW SAGLDSFAPE FETYWMNFLY TEIVLEIVTA SILWGYLWKT RDRNLAALTP REELRRNFT HLVWLVAYAW AIYWGASYFT EQDGTWHQTI VRDTDFTPSH IIEFYLSYPI YIITGFAAFI YAKTRLPFFA K GISLPYLV LVVGPFMILP NVGLNEWGHT FWFMEELFVA PLHYGFVIFG WLALAVMGTL TQTFYSFAQG GLGQSLCE

UniProtKB: Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein

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分子 #4: DECANE

分子名称: DECANE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 18 / 式: D10
分子量理論値: 142.282 Da
Chemical component information

ChemComp-D10:
DECANE / デカン

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分子 #5: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

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分子 #6: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

分子名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 18 / 式: PLC
分子量理論値: 622.834 Da
Chemical component information

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

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分子 #7: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 12 / 式: P1O
分子量理論値: 566.728 Da
Chemical component information

ChemComp-P1O:
1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジデカノイルホスファチジルコリン / DDPC, リン脂質*YM

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分子 #8: 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

分子名称: 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 6 / 式: HXG
分子量理論値: 454.515 Da
Chemical component information

ChemComp-HXG:
1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / O-(1-O,2-O-ジヘキサノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン

+
分子 #9: TRIFLUOROETHANOL

分子名称: TRIFLUOROETHANOL / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: ETF
分子量理論値: 100.04 Da
Chemical component information

ChemComp-ETF:
TRIFLUOROETHANOL / 2,2,2-トリフルオロエタノ-ル

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分子 #10: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 353 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7s4j

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 500000
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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