+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40581 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the rat TRPM5 channel in 2mM calcium, high-4 | |||||||||
マップデータ | map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | ion channel / Transient Receptor Potential / TRP / Transient Receptor Potential Melastatin 5 / TRPM5 / MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ligand-gated calcium channel activity / calcium-activated cation channel activity / sodium channel activity / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / calcium ion transmembrane transport / monoatomic ion transmembrane transport / neuronal cell body / dendrite / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Karuppan S / Schrag LG / Jara-Oseguera A / Zubcevic L | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Structural dynamics at cytosolic interprotomer interfaces control gating of a mammalian TRPM5 channel. 著者: Sebastian Karuppan / Lynn Goss Schrag / Caroline M Pastrano / Andrés Jara-Oseguera / Lejla Zubcevic / 要旨: The transient receptor potential melastatin (TRPM) tetrameric cation channels are involved in a wide range of biological functions, from temperature sensing and taste transduction to regulation of ...The transient receptor potential melastatin (TRPM) tetrameric cation channels are involved in a wide range of biological functions, from temperature sensing and taste transduction to regulation of cardiac function, inflammatory pain, and insulin secretion. The structurally conserved TRPM cytoplasmic domains make up >70 % of the total protein. To investigate the mechanism by which the TRPM cytoplasmic domains contribute to gating, we employed electrophysiology and cryo-EM to study TRPM5-a channel that primarily relies on activation via intracellular Ca. Here, we show that activation of mammalian TRPM5 channels is strongly altered by Ca-dependent desensitization. Structures of rat TRPM5 identify a series of conformational transitions triggered by Ca binding, whereby formation and dissolution of cytoplasmic interprotomer interfaces appear to control activation and desensitization of the channel. This study shows the importance of the cytoplasmic assembly in TRPM5 channel function and sets the stage for future investigations of other members of the TRPM family. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40581.map.gz | 168 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-40581-v30.xml emd-40581.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40581_fsc.xml | 16.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40581.png | 84 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40581.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_40581_half_map_1.map.gz emd_40581_half_map_2.map.gz | 164.9 MB 164.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40581 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40581 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40581_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_40581_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40581_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40581_validation.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40581 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40581 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8slwMC 8sl6C 8sl8C 8slaC 8sleC 8sliC 8slpC 8slqC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40581.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: half B
ファイル | emd_40581_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half A
ファイル | emd_40581_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Transient Receptor Potential Melastatin 5 (TRPM5)
全体 | 名称: Transient Receptor Potential Melastatin 5 (TRPM5) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Transient Receptor Potential Melastatin 5 (TRPM5)
超分子 | 名称: Transient Receptor Potential Melastatin 5 (TRPM5) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 520 KDa |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 132.351719 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKL EMPMAQSSCP GSPPDTGDGW EPVLCKGEVN FGGSGKKRSK FVKVPSNVAP SMLFELLLTE WHLPAPNLVV SLVGEERLF AMKSWLRDVL RKGLVKAAQS TGAWILTSAL HVGLARHVGQ AVRDHSLAST STKVRVVAIG MASLDRILHR Q LLDGVQAQ ...文字列: MDYKDDDDKL EMPMAQSSCP GSPPDTGDGW EPVLCKGEVN FGGSGKKRSK FVKVPSNVAP SMLFELLLTE WHLPAPNLVV SLVGEERLF AMKSWLRDVL RKGLVKAAQS TGAWILTSAL HVGLARHVGQ AVRDHSLAST STKVRVVAIG MASLDRILHR Q LLDGVQAQ EDTPIHYPAD EGSTQGPLCP LDSNLSHFIL VEPGTLGSGN DGLAELQLSL EKHISQQRTG YGGTSSIQIP VL CLLVNGD PSTLERMSRA VEQAAPWLIL AGSGGIADVL AALVGQPHLL VPQVTEKQFR EKFPSECFSW EAIVHWTELL QNI AAHPHL LTVYDFEQEG SEDLDTVILK ALVKACKSHS RDAQDYLDEL KLAVAWDRVD IAKSEIFNGD VEWKSCDLEE VMTD ALVSN KPDFVRLFVD SGADMAEFLT YGRLQQLYHS VSPKSLLFEL LERKHEEGRL TLAGLGAQQT RELPVGLPAF SLHEV SRVL KDFLHDACRG FYQDGRRMEE RGPPKRPAGQ KWLPDLSRKS EDPWRDLFLW AVLQNRYEMA TYFWAMGREG VAAALA ACK IIKEMSHLEK EAEVARTMRE AKYEQLALDL FSECYSNSED RAFALLVRRN HSWSRTTCLH LATEADAKAF FAHDGVQ AF LTKIWWGDMA TGTPILRLLG AFTCPALIYT NLISFSEDAP QRMDLEDLQE PDSLDMEKSF LCSHGGQLEK LTEAPRAP G DLGPQAAFLL TRWRKFWGAP VTVFLGNVVM YFAFLFLFSY VLLVDFRPPP QGPSGSEVTL YFWVFTLVLE EIRQGFFTN EDTRLVKKFT LYVEDNWNKC DMVAIFLFIV GVTCRMVPSV FEAGRTVLAI DFMVFTLRLI HIFAIHKQLG PKIIIVERMM KDVFFFLFF LSVWLVAYGV TTQALLHPHD GRLEWIFRRV LYRPYLQIFG QIPLDEIDEA RVNCSLHPLL LDSSASCPNL Y ANWLVILL LVTFLLVTNV LLMNLLIAMF SYTFQVVQGN ADMFWKFQRY HLIVEYHGRP ALAPPFILLS HLSLVLKQVF RK EAQHKQQ HLERDLPDPV DQKIITWETV QKENFLSTME KRRRDSEEEV LRKTAHRVDL IAKYIGGLRE QEKRIKCLES QAN YCMLLL SSMTDTLAPG GTYSSSQNCG RRSQPASARD REYLEAGLPH SDT UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5 |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: CA |
---|---|
分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 296.15 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |