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万見
- EMDB-40185: Representative cryo-electron tomogram of pRLB-540 mixed with lipo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40185
タイトルRepresentative cryo-electron tomogram of pRLB-540 mixed with liposomes at pH 8.0
マップデータCryo-electron tomogram of pRLB-540 mixed with Liposomes at pH 8.0
試料
  • 複合体: pRLB-540 mixed with DOPC lipids (pH 8.0)
キーワードpH-activated / lipid / lytic / liposome / LIPID BINDING PROTEIN
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Croft JT / Lee KK
資金援助 米国, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)1762114 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2140004 米国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 139-2018European Union
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2023
タイトル: De novo design of monomeric helical bundles for pH-controlled membrane lysis.
著者: Nicolas Goldbach / Issa Benna / Basile I M Wicky / Jacob T Croft / Lauren Carter / Asim K Bera / Hannah Nguyen / Alex Kang / Banumathi Sankaran / Erin C Yang / Kelly K Lee / David Baker /
要旨: Targeted intracellular delivery via receptor-mediated endocytosis requires the delivered cargo to escape the endosome to prevent lysosomal degradation. This can in principle be achieved by membrane ...Targeted intracellular delivery via receptor-mediated endocytosis requires the delivered cargo to escape the endosome to prevent lysosomal degradation. This can in principle be achieved by membrane lysis tightly restricted to endosomal membranes upon internalization to avoid general membrane insertion and lysis. Here, we describe the design of small monomeric proteins with buried histidine containing pH-responsive hydrogen bond networks and membrane permeating amphipathic helices. Of the 30 designs that were experimentally tested, all expressed in Escherichia coli, 13 were monomeric with the expected secondary structure, and 4 designs disrupted artificial liposomes in a pH-dependent manner. Mutational analysis showed that the buried histidine hydrogen bond networks mediate pH-responsiveness and control lysis of model membranes within a very narrow range of pH (6.0-5.5) with almost no lysis occurring at neutral pH. These tightly controlled lytic monomers could help mediate endosomal escape in designed targeted delivery platforms.
履歴
登録2023年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月13日-
マップ公開2023年9月13日-
更新2023年11月8日-
現状2023年11月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40185.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40185.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 465.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Cryo-electron tomogram of pRLB-540 mixed with Liposomes at pH 8.0
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7728 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)13.775069999999999 (±27.084796999999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin2587593
サイズ18701024255
Spacing10241870255
セルA: 2839.3472 Å / B: 5185.1357 Å / C: 707.06396 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : pRLB-540 mixed with DOPC lipids (pH 8.0)

全体名称: pRLB-540 mixed with DOPC lipids (pH 8.0)
要素
  • 複合体: pRLB-540 mixed with DOPC lipids (pH 8.0)

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超分子 #1: pRLB-540 mixed with DOPC lipids (pH 8.0)

超分子名称: pRLB-540 mixed with DOPC lipids (pH 8.0) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTris-HClTris-HCl
150.0 mMNaClNACl

詳細: TBS pH 8.0
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 0.3 sec. / 平均電子線量: 2.32 e/Å2 / 詳細: Total tomogram dose 95 e-/A^2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.99) / 使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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