+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40084 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | E. coli clamp loader on primed template DNA | |||||||||
マップデータ | CLC.DNA | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | clamp loader / DNA clamp / AAA+ / ATPase / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA clamp loader activity / DNA polymerase III complex / replisome / DNA polymerase processivity factor activity / 3'-5' exonuclease activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / response to radiation / DNA-templated DNA replication / DNA replication ...DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA clamp loader activity / DNA polymerase III complex / replisome / DNA polymerase processivity factor activity / 3'-5' exonuclease activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / response to radiation / DNA-templated DNA replication / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Oakley AJ / Xu Z-Q / Dixon NE | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural characterisation of the complete cycle of sliding clamp loading in E. coli 著者: Xu Z-Q / Oakley AJ / Dixon NE | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40084.map.gz | 65.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-40084-v30.xml emd-40084.xml | 27.6 KB 27.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40084.png | 62.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40084.cif.gz | 8.2 KB | ||
その他 | emd_40084_half_map_1.map.gz emd_40084_half_map_2.map.gz | 65.5 MB 65.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40084 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40084 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40084_validation.pdf.gz | 939.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_40084_full_validation.pdf.gz | 939.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40084_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40084_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40084 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40084 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40084.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | CLC.DNA | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: CLC.DNA half map 1
ファイル | emd_40084_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | CLC.DNA half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CLC.DNA half map 2
ファイル | emd_40084_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | CLC.DNA half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : E. coli clamp loader on primed template DNA
+超分子 #1: E. coli clamp loader on primed template DNA
+分子 #1: DNA polymerase III subunit delta
+分子 #2: DNA polymerase III subunit tau
+分子 #3: DNA polymerase III subunit delta'
+分子 #4: DNA polymerase III subunit psi
+分子 #5: Primer
+分子 #6: Template
+分子 #7: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #8: MAGNESIUM ION
+分子 #9: TETRAFLUOROALUMINATE ION
+分子 #10: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
詳細: 30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol. | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa 詳細: Used a Zepto Low-pressure plasma systems (PLASMA CLEANER) (Diener Electronic) at 10% power for 120 seconds. | |||||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.. | |||||||||||||||||||||||||||
詳細 | 30 microL of 6.0 microM delta/tau3/delta' complex was mixed with chi/psi complex, beta, and p/t DNA (annealed DNA oligonucleotides) at a molar ratio of 1:1.3 and dialysed at 4 degrees C against 250 mL of 30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / 詳細: unfiltered mode |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2909 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |