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万見
- PDB-3lue: Model of alpha-actinin CH1 bound to F-actin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lue
タイトルModel of alpha-actinin CH1 bound to F-actin
要素
  • Actin, cytoplasmic 1
  • Alpha-actinin-3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / calponin homology domains / Acetylation / ATP-binding / Cytoplasm / Cytoskeleton / Methylation / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Actin-binding / Calcium / Polymorphism / Deafness / Disease mutation / Dystonia
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / negative regulation of relaxation of muscle / skeletal muscle atrophy / regulation of the force of skeletal muscle contraction / positive regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / response to denervation involved in regulation of muscle adaptation / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / positive regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation ...positive regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / negative regulation of relaxation of muscle / skeletal muscle atrophy / regulation of the force of skeletal muscle contraction / positive regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / response to denervation involved in regulation of muscle adaptation / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / positive regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / bBAF complex / cellular response to cytochalasin B / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / regulation of transepithelial transport / Formation of annular gap junctions / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / morphogenesis of a polarized epithelium / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / Gap junction degradation / GBAF complex / focal adhesion assembly / Folding of actin by CCT/TriC / regulation of G0 to G1 transition / protein localization to adherens junction / Cell-extracellular matrix interactions / transition between fast and slow fiber / dense body / Tat protein binding / muscle cell development / postsynaptic actin cytoskeleton / negative regulation of oxidative phosphorylation / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / RSC-type complex / Striated Muscle Contraction / bone morphogenesis / regulation of double-strand break repair / regulation of nucleotide-excision repair / negative regulation of glycolytic process / Adherens junctions interactions / Nephrin family interactions / RHOF GTPase cycle / adherens junction assembly / apical protein localization / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Interaction between L1 and Ankyrins / tight junction / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of cold-induced thermogenesis / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / structural constituent of muscle / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / regulation of aerobic respiration / positive regulation of T cell differentiation / apical junction complex / cortical actin cytoskeleton / positive regulation of double-strand break repair / maintenance of blood-brain barrier / regulation of norepinephrine uptake / nitric-oxide synthase binding / transporter regulator activity / cortical cytoskeleton / establishment or maintenance of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of stem cell population maintenance / pseudopodium / Recycling pathway of L1 / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / brush border / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of cell differentiation / kinesin binding / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of myoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / EPHB-mediated forward signaling / cytoskeleton organization / substantia nigra development / axonogenesis / calyx of Held / nitric-oxide synthase regulator activity / cell projection / FCGR3A-mediated phagocytosis / actin filament / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / adherens junction / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / positive regulation of cell differentiation / cell motility / RHO GTPases Activate Formins / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / DNA Damage Recognition in GG-NER
類似検索 - 分子機能
EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats ...EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / EF-hand, calcium binding motif / ATPase, nucleotide binding domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin, cytoplasmic 1 / Alpha-actinin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15 Å
データ登録者Galkin, V.E. / Orlova, A. / Salmazo, A. / Djinovic-Carugo, K. / Egelman, E.H.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Opening of tandem calponin homology domains regulates their affinity for F-actin.
著者: Vitold E Galkin / Albina Orlova / Anita Salmazo / Kristina Djinovic-Carugo / Edward H Egelman /
要旨: Many actin-binding proteins contain calponin homology (CH) domains, but the manner in which these domains interact with F-actin has been controversial. Crystal structures have shown the tandem CH ...Many actin-binding proteins contain calponin homology (CH) domains, but the manner in which these domains interact with F-actin has been controversial. Crystal structures have shown the tandem CH domains of alpha-actinin to be in a compact, closed conformation, but the interpretations of complexes of such tandem CH domains with F-actin have been ambiguous. We show that the tandem CH domains of alpha-actinin bind F-actin in an open conformation, explaining mutations that cause human diseases and suggesting that the opening of these domains may be one of the main regulatory mechanisms for proteins with tandem CH domains.
履歴
登録2010年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_single_particle_entity / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5170
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, cytoplasmic 1
B: Actin, cytoplasmic 1
C: Actin, cytoplasmic 1
D: Actin, cytoplasmic 1
E: Actin, cytoplasmic 1
F: Actin, cytoplasmic 1
G: Actin, cytoplasmic 1
H: Actin, cytoplasmic 1
I: Actin, cytoplasmic 1
J: Actin, cytoplasmic 1
K: Alpha-actinin-3
M: Alpha-actinin-3
L: Alpha-actinin-3
O: Alpha-actinin-3
N: Alpha-actinin-3
Q: Alpha-actinin-3
P: Alpha-actinin-3
S: Alpha-actinin-3
R: Alpha-actinin-3
T: Alpha-actinin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,23220
ポリマ－541,23220
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
詳細Authors state that the model is from a continuous helix where the rotation per subunit is -167.2 degrees and the rise per subunit is 26.6 Angstroms.

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要素

#1: タンパク質
Actin, cytoplasmic 1 / Beta-actin / Actin / cytoplasmic 1 / N-terminally processed


分子量: 41651.465 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60709
#2: タンパク質
Alpha-actinin-3 / Alpha-actinin skeletal muscle isoform 3 / F-actin cross-linking protein


分子量: 12471.712 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTN3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08043

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID別称
1F-actin decorated with alpha-actinin ABD (containing CH1 and CH2)COMPLEXone to one binding0
2F-actinhelical polymer1F-actin
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 資料ホルダタイプ: gatan 626 / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンサンプリングサイズ: 12.7 µm / Scanner model: NIKON COOLSCAN

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3IHRSR３次元再構成
CTF補正詳細: Weiner filter
らせん対称回転角度/サブユニット: 166.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.7 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成手法: back projection / 解像度: 15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ピクセルサイズ（公称値）: 2.38 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.38 Å
詳細: AUTHORS STATE THAT THE STRANGE C-N BONDS WERE THE RESULT OF BREAKING THE CHAINS AT THESE POINTS TO DO RIGID BODY FITTING OF THE SUBDOMAINS.
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: METHOD--both manually and with Chimera DETAILS--AUTHORS STATE THAT THE STRANGE C-N BONDS WERE THE RESULT OF BREAKING THE CHAINS AT THESE POINTS TO DO RIGID BODY FITTING OF THE SUBDOMAINS.
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37910 0 0 0 37910

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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