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- PDB-3jcr: 3D structure determination of the human*U4/U6.U5* tri-snRNP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jcr
タイトル3D structure determination of the human*U4/U6.U5* tri-snRNP complex
要素
  • LSm2
  • LSm3
  • LSm4
  • LSm5
  • LSm6
  • LSm7
  • LSm8
  • SmB
  • SmD1
  • SmD2
  • SmD3
  • SmE
  • SmF
  • SmG
  • U4 snRNA
  • U5 snRNA
  • U5-40K
  • U6 snRNA
  • hBrr2
  • hDim1
  • hPrp28
  • hPrp3
  • hPrp31
  • hPrp4
  • hPrp6
  • hPrp8
  • hSad1
  • hSnu114
  • hSnu13
キーワードSPLICING / snRNP / spliceosome / human
機能・相同性
機能・相同性情報


Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / RNA localization / U4atac snRNA binding / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / R-loop processing ...Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / RNA localization / U4atac snRNA binding / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / R-loop processing / U6 snRNP / box C/D sno(s)RNA binding / PH domain binding / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / dense fibrillar component / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4/U6 snRNP / protein methylation / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U12-type spliceosomal complex / U1 snRNP binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / methylosome / pICln-Sm protein complex / RNA splicing, via transesterification reactions / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / snRNP binding / commitment complex / U2-type precatalytic spliceosome / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type spliceosomal complex / U4 snRNA binding / box C/D snoRNP assembly / U1 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2 snRNP / P-body assembly / U4 snRNP / tRNA processing / U2-type prespliceosome / U3 snoRNA binding / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / rRNA modification in the nucleus and cytosol / mRNA catabolic process / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal complex assembly / MLL1 complex / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNP / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U5 snRNA binding / protein deubiquitination / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / U6 snRNA binding / U2 snRNA binding / single fertilization / ribonucleoprotein complex binding / Cajal body / U1 snRNA binding / RNA processing / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / helicase activity / response to bacterium / spliceosomal complex / response to cocaine / maturation of SSU-rRNA / P-body / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / small GTPase binding / mRNA processing / osteoblast differentiation / ATPase binding / cellular response to lipopolysaccharide / ribosomal small subunit biogenesis / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery
類似検索 - 分子機能
USP39 / : / DDX23-like domain / PRP4-like superfamily / pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like / Sm-like protein Lsm8 / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like ...USP39 / : / DDX23-like domain / PRP4-like superfamily / pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like / Sm-like protein Lsm8 / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Sm-like protein Lsm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / Dim1 family / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal / : / : / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / : / Winged Helix-turn-helix domain / Sec63 Brl domain / NOSIC / : / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Tetratricopeptide repeat / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / Tetratricopeptide repeat / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / : / Sm domain profile. / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / LSM domain superfamily / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Tetratricopeptide repeat / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-processing factor 6 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / NHP2-like protein 1 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-processing factor 6 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / NHP2-like protein 1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Thioredoxin-like protein 4A / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å
データ登録者Agafonov, D.E. / Kastner, B. / Dybkov, O. / Hofele, R.V. / Liu, W.T. / Urlaub, H. / Luhrmann, R. / Stark, H.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Molecular architecture of the human U4/U6.U5 tri-snRNP.
著者: Dmitry E Agafonov / Berthold Kastner / Olexandr Dybkov / Romina V Hofele / Wen-Ti Liu / Henning Urlaub / Reinhard Lührmann / Holger Stark /
要旨: The U4/U6.U5 triple small nuclear ribonucleoprotein (tri-snRNP) is a major spliceosome building block. We obtained a three-dimensional structure of the 1.8-megadalton human tri-snRNP at a resolution ...The U4/U6.U5 triple small nuclear ribonucleoprotein (tri-snRNP) is a major spliceosome building block. We obtained a three-dimensional structure of the 1.8-megadalton human tri-snRNP at a resolution of 7 angstroms using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We fit all known high-resolution structures of tri-snRNP components into the EM density map and validated them by protein cross-linking. Our model reveals how the spatial organization of Brr2 RNA helicase prevents premature U4/U6 RNA unwinding in isolated human tri-snRNPs and how the ubiquitin C-terminal hydrolase-like protein Sad1 likely tethers the helicase Brr2 to its preactivation position. Comparison of our model with cryo-EM three-dimensional structures of the Saccharomyces cerevisiae tri-snRNP and Schizosaccharomyces pombe spliceosome indicates that Brr2 undergoes a marked conformational change during spliceosome activation, and that the scaffolding protein Prp8 is also rearranged to accommodate the spliceosome's catalytic RNA network.
履歴
登録2016年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Structure summary
改定 1.22016年4月6日Group: Database references
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6581
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: hPrp6
D: U5-40K
C: hBrr2
E: hDim1
A: hPrp8
F: hPrp28
B: hSnu114
O: SmB
P: SmD1
Q: SmD2
R: SmD3
S: SmE
T: SmF
U: SmG
8: LSm8
6: LSm6
5: LSm5
4: LSm4
3: LSm3
2: LSm2
7: LSm7
K: hPrp3
L: hPrp4
J: hPrp31
I: hSnu13
o: SmB
p: SmD1
q: SmD2
r: SmD3
s: SmE
t: SmF
u: SmG
V: hSad1
M: U4 snRNA
N: U6 snRNA
H: U5 snRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,544,41336
ポリマ－1,544,41336
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
タンパク質 , 26種, 33分子 GDCEAFBOoPpQqRrSsTtUu8654327KL...

#1: タンパク質 hPrp6 / Pre-mRNA-processing factor 6 / Androgen receptor N-terminal domain-transactivating protein 1 / ANT- ...Pre-mRNA-processing factor 6 / Androgen receptor N-terminal domain-transactivating protein 1 / ANT-1 / PRP6 homolog / U5 snRNP-associated 102 kDa protein / U5-102 kDa protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 107092.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O94906
#2: タンパク質 U5-40K / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / U5 snRNP 40 kDa protein / U5-40K / 38 kDa- ...U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / U5 snRNP 40 kDa protein / U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein / WD repeat-containing protein 57 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 39359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DI7
#3: タンパク質 hBrr2 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Activating signal cointegrator 1 complex ...U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 kDa protein / U5-200KD / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 244823.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75643, RNA helicase
#4: タンパク質 hDim1 / Thioredoxin-like protein 4A / DIM1 protein homolog / Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein ...Thioredoxin-like protein 4A / DIM1 protein homolog / Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein / Thioredoxin-like U5 snRNP protein U5-15kD / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16807.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83876
#5: タンパク質 hPrp8 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing ...Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#6: タンパク質 hPrp28 / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 / 100 kDa U5 snRNP-specific protein / DEAD box protein 23 ...Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 / 100 kDa U5 snRNP-specific protein / DEAD box protein 23 / PRP28 homolog / U5-100kD / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 95785.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BUQ8, RNA helicase
#7: タンパク質 hSnu114 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Elongation factor Tu GTP-binding domain- ...116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP-specific protein / 116 kDa / U5-116 kDa / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029
#8: タンパク質 SmB / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / snRNP-B / Sm protein B/B' / Sm-B/B' / SmB/B' / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 24642.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678
#9: タンパク質 SmD1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13310.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314
#10: タンパク質 SmD2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316
#11: タンパク質 SmD3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13940.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318
#12: タンパク質 SmE / Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / Sm-E / SmE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304
#13: タンパク質 SmF / Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / Sm-F / SmF / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9734.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306
#14: タンパク質 SmG / Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / Sm-G / SmG / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308
#15: タンパク質 LSm8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10410.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95777
#16: タンパク質 LSm6 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9139.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62312
#17: タンパク質 LSm5 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9945.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y4Y9
#18: タンパク質 LSm4 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / Glycine-rich protein / GRP / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15375.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y4Z0
#19: タンパク質 LSm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11859.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62310
#20: タンパク質 LSm2 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Protein G7b / Small nuclear ribonuclear protein D ...U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Protein G7b / Small nuclear ribonuclear protein D homolog / snRNP core Sm-like protein Sm-x5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10847.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y333
#21: タンパク質 LSm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11617.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UK45
#22: タンパク質 hPrp3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / hPrp3 / U4/U6 snRNP 90 kDa protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 77669.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43395
#23: タンパク質 hPrp4 / 60 kDa U4/U6 snRNP-specific spliceosomal protein / PRP4 pre-mRNA processing factor 4 homolog (Yeast) ...60 kDa U4/U6 snRNP-specific spliceosomal protein / PRP4 pre-mRNA processing factor 4 homolog (Yeast) / isoform CRA_b / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 58407.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T1M7, UniProt: O43172*PLUS
#24: タンパク質 hPrp31 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Pre-mRNA-processing factor 31 / Serologically defined ...U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Pre-mRNA-processing factor 31 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-99 / U4/U6 snRNP 61 kDa protein / Protein 61K / hPrp31 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 55528.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WWY3
#25: タンパク質 hSnu13 / NHP2-like protein 1 / High mobility group-like nuclear protein 2 homolog 1 / OTK27 / SNU13 homolog ...NHP2-like protein 1 / High mobility group-like nuclear protein 2 homolog 1 / OTK27 / SNU13 homolog / hSNU13 / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein SNU13 / U4/U6.U5 tri-snRNP 15.5 kDa protein / NHP2-like protein 1 / N-terminally processed / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14191.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55769
#26: タンパク質 hSad1 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2 / Inactive ubiquitin-specific peptidase 39 / SAD1 homolog / ...U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2 / Inactive ubiquitin-specific peptidase 39 / SAD1 homolog / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated 65 kDa protein / 65K / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 65481.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q53GS9

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 MNH

#27: RNA鎖 U4 snRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 46536.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#28: RNA鎖 U6 snRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#29: RNA鎖 U5 snRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 36891.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1human U4/U6.U5 tri-snRNPCOMPLEXmonomer0
2human U4/U6.U5 tri-snRNP1
分子量値: 1.8 MDa / 実験値: YES
緩衝液名称: 20 mM HEPES, pH 7.9, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA
pH: 7.9
詳細: 20 mM HEPES, pH 7.9, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 200 mesh copper grid with carbon support film
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年9月10日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 74000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5350 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 0.0001 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 4688

-
解析

EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: ３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 141109 / ピクセルサイズ（公称値）: 2 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: C1) / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9200 203 0 0 9403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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