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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j9p | ||||||
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タイトル | Structure of the TRPA1 ion channel determined by electron cryo-microscopy | ||||||
![]() | Maltose-binding periplasmic protein, Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 chimera | ||||||
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機能・相同性 | ![]() temperature-gated cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Paulsen, C.E. / Armache, J.-P. / Gao, Y. / Cheng, Y. / Julius, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the TRPA1 ion channel suggests regulatory mechanisms. 著者: Candice E Paulsen / Jean-Paul Armache / Yuan Gao / Yifan Cheng / David Julius / ![]() 要旨: The TRPA1 ion channel (also known as the wasabi receptor) is a detector of noxious chemical agents encountered in our environment or produced endogenously during tissue injury or drug metabolism. ...The TRPA1 ion channel (also known as the wasabi receptor) is a detector of noxious chemical agents encountered in our environment or produced endogenously during tissue injury or drug metabolism. These include a broad class of electrophiles that activate the channel through covalent protein modification. TRPA1 antagonists hold potential for treating neurogenic inflammatory conditions provoked or exacerbated by irritant exposure. Despite compelling reasons to understand TRPA1 function, structural mechanisms underlying channel regulation remain obscure. Here we use single-particle electron cryo- microscopy to determine the structure of full-length human TRPA1 to ∼4 Å resolution in the presence of pharmacophores, including a potent antagonist. Several unexpected features are revealed, including an extensive coiled-coil assembly domain stabilized by polyphosphate co-factors and a highly integrated nexus that converges on an unpredicted transient receptor potential (TRP)-like allosteric domain. These findings provide new insights into the mechanisms of TRPA1 regulation, and establish a blueprint for structure-based design of analgesic and anti-inflammatory agents. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 466.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 312.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6267MC ![]() 6268C ![]() 6269C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data #1: TRP ion channel dataset [picked particles - single frame - processed]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 172575.562 Da / 分子数: 4 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli, Homo sapiens / 遺伝子: malE, ANKTM1, TRPA1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTi- / 発現宿主: ![]() ![]() 配列の詳細 | PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Recombinant human TRPA1 ion channel / タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM IP6 / pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM IP6 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | 詳細: 400 mesh holey carbon |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / Temp: 120 K / 湿度: 100 % 詳細: Blot for 7 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I). 手法: Blot for 7 seconds before plunging. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2014年7月18日 詳細: Gatan K2 Summit in super-resolution counting mode. Motion correction as described in Li et al. (2013) Nature Methods. |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 温度: 120 K |
撮影 | 電子線照射量: 21 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) 詳細: Gatan K2 Summit in super-resolution counting mode. Motion correction as described in Li et al. (2013) Nature Methods. |
画像スキャン | デジタル画像の数: 1160 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
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CTF補正![]() | 詳細: Each particle | ||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() ![]() | ||||||||||||
3次元再構成![]() | 手法: Maximum likelihood / 解像度: 4.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43585 / ピクセルサイズ(公称値): 1.2156 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.2156 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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