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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j9g | ||||||
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タイトル | Atomic model of the VipA/VipB, the type six secretion system contractile sheath of Vibrio cholerae from cryo-EM | ||||||
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![]() | CONTRACTILE PROTEIN / t6ss / bacterial secretion / phage / contraction | ||||||
機能・相同性 | Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Type VI secretion system contractile sheath large subunit / Type VI secretion system contractile sheath small subunit![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
![]() | Kudryashev, M. / Wang, R.Y.-R. / Brackmann, M. / Scherer, S. / Maier, T. / Baker, D. / DiMaio, F. / Stahlberg, H. / Egelman, E.H. / Basler, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the type VI secretion system contractile sheath. 著者: Mikhail Kudryashev / Ray Yu-Ruei Wang / Maximilian Brackmann / Sebastian Scherer / Timm Maier / David Baker / Frank DiMaio / Henning Stahlberg / Edward H Egelman / Marek Basler / ![]() ![]() 要旨: Bacteria use rapid contraction of a long sheath of the type VI secretion system (T6SS) to deliver effectors into a target cell. Here, we present an atomic-resolution structure of a native contracted ...Bacteria use rapid contraction of a long sheath of the type VI secretion system (T6SS) to deliver effectors into a target cell. Here, we present an atomic-resolution structure of a native contracted Vibrio cholerae sheath determined by cryo-electron microscopy. The sheath subunits, composed of tightly interacting proteins VipA and VipB, assemble into a six-start helix. The helix is stabilized by a core domain assembled from four β strands donated by one VipA and two VipB molecules. The fold of inner and middle layers is conserved between T6SS and phage sheaths. However, the structure of the outer layer is distinct and suggests a mechanism of interaction of the bacterial sheath with an accessory ATPase, ClpV, that facilitates multiple rounds of effector delivery. Our results provide a mechanistic insight into assembly of contractile nanomachines that bacteria and phages use to translocate macromolecules across membranes. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 355.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 556.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2699MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 4.1 Data #1: Frame-averaged micrographs [micrographs - single frame]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 6 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 5 / Rise per n subunits: 21.8 Å / Rotation per n subunits: 29.4 °) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13716.561 Da / 分子数: 30 / 断片: UNP residues 2-126 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: VC_A0107 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 49167.539 Da / 分子数: 30 / 断片: UNP residues 61-492 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: VC_A0108 / 発現宿主: ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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緩衝液 | 名称: PBS / pH: 7.4 / 詳細: PBS | ||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: holey carbon grids, Quantifoil 1.2/1.3, imaged over the holes | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 77 K / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) / 手法: plunge freezing |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年11月15日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 温度: 63 K / 傾斜角・最大: 5 ° / 傾斜角・最小: -5 ° |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 詳細: Operated in counting non-superresolution mode |
画像スキャン | デジタル画像の数: 72 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Phase Flip, CTF detection by CTFFIND | |||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 29.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 21.8 Å / らせん対称軸の対称性: C6 | |||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Iterative Real Space Helical Reconstruction / 解像度: 3.5 Å / 粒子像の数: 96000 / ピクセルサイズ(公称値): 0.5 Å / ピクセルサイズ(実測値): 0.5 Å 倍率補正: Magnification was calibrated in the microscope using a gold lattice. クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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