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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j7l | ||||||
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タイトル | Full virus map of brome mosaic virus | ||||||
要素 | Capsid protein | ||||||
キーワード | VIRUS / capsid protein / BMV / beta barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=3 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Brome mosaic virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Z. / Hryc, C. / Bammes, B. / Afonine, P.V. / Jakana, J. / Chen, D.H. / Liu, X. / Baker, M.L. / Kao, C. / Ludtke, S.J. ...Wang, Z. / Hryc, C. / Bammes, B. / Afonine, P.V. / Jakana, J. / Chen, D.H. / Liu, X. / Baker, M.L. / Kao, C. / Ludtke, S.J. / Schmid, M.F. / Adams, P.D. / Chiu, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014 タイトル: An atomic model of brome mosaic virus using direct electron detection and real-space optimization. 著者: Zhao Wang / Corey F Hryc / Benjamin Bammes / Pavel V Afonine / Joanita Jakana / Dong-Hua Chen / Xiangan Liu / Matthew L Baker / Cheng Kao / Steven J Ludtke / Michael F Schmid / Paul D Adams / Wah Chiu / 要旨: Advances in electron cryo-microscopy have enabled structure determination of macromolecules at near-atomic resolution. However, structure determination, even using de novo methods, remains ...Advances in electron cryo-microscopy have enabled structure determination of macromolecules at near-atomic resolution. However, structure determination, even using de novo methods, remains susceptible to model bias and overfitting. Here we describe a complete workflow for data acquisition, image processing, all-atom modelling and validation of brome mosaic virus, an RNA virus. Data were collected with a direct electron detector in integrating mode and an exposure beyond the traditional radiation damage limit. The final density map has a resolution of 3.8 Å as assessed by two independent data sets and maps. We used the map to derive an all-atom model with a newly implemented real-space optimization protocol. The validity of the model was verified by its match with the density map and a previous model from X-ray crystallography, as well as the internal consistency of models from independent maps. This study demonstrates a practical approach to obtain a rigorously validated atomic resolution electron cryo-microscopy structure. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j7l.cif.gz | 101.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j7l.ent.gz | 79.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j7l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j7l_validation.pdf.gz | 848.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j7l_full_validation.pdf.gz | 855.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3j7l_validation.xml.gz | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j7l_validation.cif.gz | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/3j7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/3j7l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6000MC 3j7mC 3j7nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10010 (タイトル: Full virus map of Brome Mosaic Virus (micrographs and particle coordinates) Data size: 1.7 TB Data #1: Brome Mosaic Virus micrographs - non gain corrected [micrographs - multiframe] Data #2: Brome Mosaic Virus micrographs - gain corrected [micrographs - multiframe]) EMPIAR-10011 (タイトル: Full virus map of Brome Mosaic Virus (picked particles) Data size: 23.1 Data #1: Brome Mosaic Virus boxed particles [picked particles - single frame - processed]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
4 |
| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20411.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brome mosaic virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P03602 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Brome mosaic virus / タイプ: VIRUS |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: PLANTAE(HIGHER PLANTS) / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Triticum aestivum |
緩衝液 | pH: 5.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV). |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC / 日付: 2013年1月10日 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k) |
-解析
EMソフトウェア |
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対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Single Particle / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30000 / ピクセルサイズ(公称値): 0.93 Å / ピクセルサイズ(実測値): 0.99 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: I) / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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