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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j4g | ||||||
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タイトル | Structure of lysozyme solved by MicroED to 2.9 A | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, D. / Nannenga, B.L. / Iadanza, M.G. / Gonen, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2013 タイトル: Three-dimensional electron crystallography of protein microcrystals. 著者: Dan Shi / Brent L Nannenga / Matthew G Iadanza / Tamir Gonen / 要旨: We demonstrate that it is feasible to determine high-resolution protein structures by electron crystallography of three-dimensional crystals in an electron cryo-microscope (CryoEM). Lysozyme ...We demonstrate that it is feasible to determine high-resolution protein structures by electron crystallography of three-dimensional crystals in an electron cryo-microscope (CryoEM). Lysozyme microcrystals were frozen on an electron microscopy grid, and electron diffraction data collected to 1.7 Å resolution. We developed a data collection protocol to collect a full-tilt series in electron diffraction to atomic resolution. A single tilt series contains up to 90 individual diffraction patterns collected from a single crystal with tilt angle increment of 0.1-1° and a total accumulated electron dose less than 10 electrons per angstrom squared. We indexed the data from three crystals and used them for structure determination of lysozyme by molecular replacement followed by crystallographic refinement to 2.9 Å resolution. This proof of principle paves the way for the implementation of a new technique, which we name 'MicroED', that may have wide applicability in structural biology. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.01345.001. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j4g.cif.gz | 33.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j4g.ent.gz | 25.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j4g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j4g_validation.pdf.gz | 851.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j4g_full_validation.pdf.gz | 863.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3j4g_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j4g_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/3j4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/3j4g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-147 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
-試料調製
構成要素 | 名称: lysozyme / タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 50 mM sodium acetate, 3.5 M sodium choride, 15% PEG 5000 pH: 4.5 詳細: 50 mM sodium acetate, 3.5 M sodium choride, 15% PEG 5000 |
試料 | 濃度: 200 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-データ収集
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2013年7月1日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION |
撮影 | 電子線照射量: 0.1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: electron |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.901→54.447 Å / Num. all: 2717 / Num. obs: 2499 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 2.901→19.25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8311 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 22.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.03 Å2 / Biso mean: 26.0779 Å2 / Biso min: 1.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.901→19.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Total num. of bins used: 2
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