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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ixw | ||||||
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タイトル | Scorpion Hemocyanin activated state pseudo atomic model built based on cryo-EM density map | ||||||
![]() | Hemocyanin AA6 chain | ||||||
![]() | OXYGEN BINDING / Hemocyanin / Hc / Phenolxoidase activity / Tyrosinase (Ty) / Catecholoxidase (CO) / Enzyme / SDS / cryo-EM / single particle analysis / Copper / Metal-binding / Oxygen transport / Phosphoprotein / Secreted / Transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() chloride ion binding / oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / copper ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å | ||||||
![]() | Cong, Y. / Zhang, Q. / Woolford, D. / Schweikardt, T. / Khant, H. / Ludtke, S. / Chiu, W. / Decker, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural mechanism of SDS-induced enzyme activity of scorpion hemocyanin revealed by electron cryomicroscopy. 著者: Yao Cong / Qinfen Zhang / David Woolford / Thorsten Schweikardt / Htet Khant / Matthew Dougherty / Steven J Ludtke / Wah Chiu / Heinz Decker / ![]() 要旨: Phenoloxidases (POs) occur in all organisms and are involved in skin and hair coloring in mammals, and initiating melanization in wound healing. Mutation or overexpression of PO can cause albinism or ...Phenoloxidases (POs) occur in all organisms and are involved in skin and hair coloring in mammals, and initiating melanization in wound healing. Mutation or overexpression of PO can cause albinism or melanoma, respectively. SDS can convert inactive PO and the oxygen carrier hemocyanin (Hc) into enzymatically active PO. Here we present single-particle cryo-EM maps at subnanometer resolution and pseudoatomic models of the 24-oligomeric Hc from scorpion Pandinus imperator in resting and SDS-activated states. Our structural analyses led to a plausible mechanism of Hc enzyme PO activation: upon SDS activation, the intrinsically flexible Hc domain I twists away from domains II and III in each subunit, exposing the entrance to the active site; this movement is stabilized by enhanced interhexamer and interdodecamer interactions, particularly in the central linker subunits. This mechanism could be applicable to other type 3 copper proteins, as the active site is highly conserved. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 955.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 222.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 325 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71883.695 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Hemocyanin from scorpion Pandinus imperator / タイプ: COMPLEX / 詳細: 24mer. treated by 2mM SDS to activate Hc |
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分子量 | 値: 1.7 MDa / 実験値: YES |
緩衝液 | pH: 7.8 詳細: 100 mM TRIS/HCL at pH 7.8, 10 mM CaCl2 and 10 mM MgCl2 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: 100 mM TRIS/HCL at pH 7.8, 10 mM CaCl2 and 10 mM MgCl2 |
試料支持 | 詳細: 400-mesh Quantifoil holy grid with 1.2x1.3μM hole size |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / Temp: 101 K / 湿度: 95 % / 手法: two side bloting for 1 seconds before plunging |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC / 日付: 2007年5月31日 / 詳細: JEOL 3200FSC MDS low dose method |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 4.1 mm / 非点収差: objective lens astigmatism correction / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / 資料ホルダタイプ: Side Entry / 温度: 101 K / 最高温度: 101.2 K / 最低温度: 101 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 18 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: each micrograph | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: reference-based refinement using 2D matching / 解像度: 8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 13400 / ピクセルサイズ(実測値): 1.8 Å 詳細: Final refinement using FRM2D (Fast Rotational Matching) image alignment method 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: METHOD--rigid body fitting, flexible fitting DETAILS--rigid body fitting followed by flexible fitting using Situs and X-plor | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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