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万見
- PDB-3wfu: Crystal structure of horse heart myoglobin reconstituted with cob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wfu
タイトルCrystal structure of horse heart myoglobin reconstituted with cobalt(I) tetradehydrocorrin
要素Myoglobinミオグロビン
キーワードOXYGEN TRANSPORT (血液) / globin fold (グロビン) / muscles (骨格筋)
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 血液 / 筋形質 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding ...nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 血液 / 筋形質 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ミオグロビン / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(1R,19R) cobalt tetradehydrocorrin / (1S,19S) cobalt tetradehydrocorrin / ミオグロビン
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Mizohata, E. / Morita, Y. / Oohora, K. / Hirata, K. / Ohbayashi, J. / Inoue, T. / Hisaeda, Y. / Hayashi, T.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2014
タイトル: Co(II)/Co(I) reduction-induced axial histidine-flipping in myoglobin reconstituted with a cobalt tetradehydrocorrin as a methionine synthase model.
著者: Hayashi, T. / Morita, Y. / Mizohata, E. / Oohora, K. / Ohbayashi, J. / Inoue, T. / Hisaeda, Y.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4015
ポリマ－16,9841
非ポリマー1,4174
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.836, 28.720, 63.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin / ミオグロビン


分子量: 16983.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P68082
#2: 化合物 ChemComp-J1R / (1R,19R) cobalt tetradehydrocorrin


分子量: 612.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37CoN4O4
#3: 化合物 ChemComp-J1S / (1S,19S) cobalt tetradehydrocorrin


分子量: 612.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37CoN4O4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE COBALT COMPLEX J1R, J1S ARE CHARACTERIZED BY TETRA-COORDINATE CO IN 1+ OXIDATION STATE, AS ...THE COBALT COMPLEX J1R, J1S ARE CHARACTERIZED BY TETRA-COORDINATE CO IN 1+ OXIDATION STATE, AS CONFIRMED BY UV-VIS AND EPR SPECTROSCOPY. J1R AND J1S ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1M Tris-HCl, 3.4M ammonium sulfate, 10% treharose, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 25415 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.426 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1966 1279 5.1 %RANDOM
Rwork0.14292 ---
obs0.14575 24026 94.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20 Å2-0.17 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 94 130 1418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0211336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg32.0561837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2225153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.4825.09453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.01815230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.346152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.02993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8241.5752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.05321198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9433584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.9094.5638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.23731336
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.354→1.389 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 86 -
Rwork0.182 1679 -
obs--90.89 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.9304 Å / Origin y: -4.7141 Å / Origin z: 15.1023 Å
111213212223313233
T0.0051 Å2-0.0001 Å20.0027 Å2-0.0131 Å20.0002 Å2--0.0151 Å2
L0.1107 °2-0.0137 °2-0.0083 °2-0.0086 °20.0166 °2--0.0941 °2
S0.0004 Å °0.0036 Å °0.0087 Å °-0.0033 Å °-0.0015 Å °-0.0007 Å °-0.0033 Å °-0.0035 Å °0.0011 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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