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万見
- PDB-3wdk: Crystal structure of 4-phosphopantoate-beta-alanine ligase comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wdk
タイトルCrystal structure of 4-phosphopantoate-beta-alanine ligase complexed with reaction intermediate
要素4-phosphopantoate--beta-alanine ligase
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-phosphopantoate-beta-alanine ligase / acid-amino acid ligase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phosphopantoate/pantothenate synthetase / Phosphopantoate/pantothenate synthetase / Phosphopantoate/pantothenate synthetase superfamily / Phosphopantothenate/pantothenate synthetase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Chem-PTJ / 4-phosphopantoate--beta-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kishimoto, A. / Kita, A. / Ishibashi, T. / Tomita, H. / Yokooji, Y. / Imanaka, T. / Atomi, H. / Miki, K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of phosphopantothenate synthetase from Thermococcus kodakarensis
著者: Kishimoto, A. / Kita, A. / Ishibashi, T. / Tomita, H. / Yokooji, Y. / Imanaka, T. / Atomi, H. / Miki, K.
履歴
登録2013年6月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-phosphopantoate--beta-alanine ligase
B: 4-phosphopantoate--beta-alanine ligase
C: 4-phosphopantoate--beta-alanine ligase
D: 4-phosphopantoate--beta-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,36311
ポリマ－119,5664
非ポリマー2,7977
水4,594255
1
A: 4-phosphopantoate--beta-alanine ligase
B: 4-phosphopantoate--beta-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0875
ポリマ－59,7832
非ポリマー1,3043
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20430 Å2
手法PISA
2
C: 4-phosphopantoate--beta-alanine ligase
D: 4-phosphopantoate--beta-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2766
ポリマ－59,7832
非ポリマー1,4934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.609, 123.609, 187.961
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
4-phosphopantoate--beta-alanine ligase / Phosphopantothenate synthetase / PPS


分子量: 29891.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: TK1686 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5JIZ8, 4-phosphopantoate-beta-alanine ligase
#2: 化合物
ChemComp-PTJ / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]oxy}phosphoryl]adenosine


分子量: 557.343 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O13P2
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 50% Tacsimate, 1% PEG 3350, 100mM sodium acetate trihydrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月21日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 64483 / Num. obs: 64483 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→29.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 4635031.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3043 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 60876 93.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.676 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4 Å20 Å20 Å2
2--2.4 Å20 Å2
3----4.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7808 0 183 255 8246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.242.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 365 5 %
Rwork0.249 6898 -
obs--67.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ligand4.paramligand.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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