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- PDB-3wb2: HcgB from Methanocaldococcus jannaschii in complex with the guany... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wb2
タイトルHcgB from Methanocaldococcus jannaschii in complex with the guanylyl-pyridinol product in a model reaction of [Fe]-hydrogenase cofactor biosynthesis
要素Uncharacterized protein MJ0488
キーワードTRANSFERASE / GTP-binding domain / Guanylyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / Helix hairpin bin / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-YGP / Uncharacterized protein MJ0488
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Identification of the HcgB enzyme in [Fe]-hydrogenase-cofactor biosynthesis.
著者: Fujishiro, T. / Tamura, H. / Schick, M. / Kahnt, J. / Xie, X. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2013年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein MJ0488
B: Uncharacterized protein MJ0488
C: Uncharacterized protein MJ0488
D: Uncharacterized protein MJ0488
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,91411
ポリマ－75,4854
非ポリマー2,4297
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15530 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area23340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.010, 97.370, 63.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-203-

HOH

21B-225-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA2 - 1572 - 157
21SERSERBB2 - 1572 - 157
12SERSERAA2 - 1572 - 157
22SERSERCC2 - 1572 - 157
13HISHISAA2 - 1612 - 161
23HISHISDD2 - 1612 - 161
14ILEILEBB2 - 1582 - 158
24ILEILECC2 - 1582 - 158
15SERSERBB2 - 1572 - 157
25SERSERDD2 - 1572 - 157
16SERSERCC2 - 1572 - 157
26SERSERDD2 - 1572 - 157

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein MJ0488


分子量: 18871.297 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 3-158 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NcoI-XhoI
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: HcgB, MJ0488 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: Q57912
#2: 化合物
ChemComp-YGP / 5'-O-[(R)-[(3,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-4-yl)oxy](hydroxy)phosphoryl]guanosine


分子量: 484.357 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N6O9P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20%(w/v) PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月1日
放射モノクロメーター: A double crystal Si(111) monochrometer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 27204 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 47.414 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.53
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.4-2.50.7490.7792.3915451309229590.86595.7
2.5-2.70.490.5463.729007491649150.599100
2.7-30.2630.2856.5629373515151360.31499.7
3-3.50.1280.13312.4329855514251390.14799.9
3.5-4.30.0440.05325.6323468407740750.058100
4.3-5.90.030.03932.4716763298729800.04399.8
5.9-80.0340.03732.036185117111670.04199.7
8-120.0180.03141.7329335715660.03499.1
120.020.0338.0611502762670.03496.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WB1

3wb1


解像度: 2.44→49.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.2005 / WRfactor Rwork: 0.153 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8311 / SU B: 16.543 / SU ML: 0.192 / SU R Cruickshank DPI: 0.4541 / SU Rfree: 0.2545 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2263 1362 5 %RANDOM
Rwork0.1717 ---
obs0.1745 27164 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.24 Å2 / Biso mean: 43.5211 Å2 / Biso min: 6.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→49.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4986 0 162 136 5284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0195190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9682.0466971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2515630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.09424.388196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.039151110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1381544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5163.2132532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7564.8033158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3293.8182658
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A1750.14
12B1750.14
21A1790.09
22C1790.09
31A1830.17
32D1830.17
41B1750.13
42C1750.13
51B1740.14
52D1740.14
61C1710.13
62D1710.13
LS精密化 シェル解像度: 2.437→2.5 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 111 -
Rwork0.248 1731 -
all-1842 -
obs--93.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29740.1735-0.29850.4651-0.08110.55110.0711-0.06210.06060.0634-0.052-0.0069-0.03980.1095-0.01910.032-0.0166-0.00190.1084-0.02810.076830.7494-27.1046.2851
20.18150.07950.02010.5404-0.16190.29190.046-0.03140.030.0275-0.00710.08250.0262-0.041-0.0390.0169-0.01240.00910.1067-0.01920.090311.5038-35.5985.0888
30.08270.19110.03380.6786-0.12011.384-0.00720.03270.041-0.14520.06330.1108-0.0619-0.2196-0.05610.10370.0127-0.05670.09180.05030.083310.2264-24.9756-20.3775
40.3110.00240.02520.22360.12120.5633-0.02440.0619-0.0264-0.15030.0646-0.0087-0.01820.0664-0.04020.1171-0.03610.01090.0948-0.02980.032730.6727-30.0375-21.9671
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 16
2X-RAY DIFFRACTION1A17 - 36
3X-RAY DIFFRACTION1A37 - 68
4X-RAY DIFFRACTION1A69 - 93
5X-RAY DIFFRACTION1A94 - 138
6X-RAY DIFFRACTION1A139 - 161
7X-RAY DIFFRACTION2B2 - 16
8X-RAY DIFFRACTION2B17 - 36
9X-RAY DIFFRACTION2B37 - 47
10X-RAY DIFFRACTION2B48 - 60
11X-RAY DIFFRACTION2B61 - 93
12X-RAY DIFFRACTION2B94 - 129
13X-RAY DIFFRACTION2B130 - 158
14X-RAY DIFFRACTION3C2 - 16
15X-RAY DIFFRACTION3C17 - 24
16X-RAY DIFFRACTION3C25 - 36
17X-RAY DIFFRACTION3C37 - 72
18X-RAY DIFFRACTION3C73 - 81
19X-RAY DIFFRACTION3C82 - 118
20X-RAY DIFFRACTION3C119 - 138
21X-RAY DIFFRACTION3C139 - 158
22X-RAY DIFFRACTION4D2 - 16
23X-RAY DIFFRACTION4D17 - 24
24X-RAY DIFFRACTION4D25 - 36
25X-RAY DIFFRACTION4D37 - 69
26X-RAY DIFFRACTION4D70 - 93
27X-RAY DIFFRACTION4D94 - 138
28X-RAY DIFFRACTION4D139 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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