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万見
- PDB-3w79: Crystal Structure of azoreductase AzrC in complex with sulfone-mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w79
タイトルCrystal Structure of azoreductase AzrC in complex with sulfone-modified azo dye Orange I
要素FMN-dependent NADH-azoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / azoreductase / azo bond cleavage / FMN-binding / azoreductase-azoreductase substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / FMN-dependent NADH-azoreductase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-ORI / FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ogata, D. / Yu, J. / Ooi, T. / Yao, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structures of AzrA and of AzrC complexed with substrate or inhibitor: insight into substrate specificity and catalytic mechanism.
著者: Yu, J. / Ogata, D. / Gai, Z. / Taguchi, S. / Tanaka, I. / Ooi, T. / Yao, M.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN-dependent NADH-azoreductase
B: FMN-dependent NADH-azoreductase
C: FMN-dependent NADH-azoreductase
D: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,94212
ポリマ－91,8034
非ポリマー3,1398
水70339
1
A: FMN-dependent NADH-azoreductase
B: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4716
ポリマ－45,9022
非ポリマー1,5694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18400 Å2
手法PISA
2
C: FMN-dependent NADH-azoreductase
D: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4716
ポリマ－45,9022
非ポリマー1,5694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.144, 56.567, 105.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 211 / Label seq-ID: 2 - 211

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
FMN-dependent NADH-azoreductase / Azo-dye reductase / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase


分子量: 22950.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus (バクテリア) / 株: B29 / 遺伝子: azrC, azoR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C0STY1, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-ORI / 4-[(E)-(4-hydroxynaphthalen-1-yl)diazenyl]benzenesulfonic acid / Orange I / 4-(4-ヒドロキシ-1-ナフチルアゾ)ベンゼンスルホン酸


分子量: 328.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12N2O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 600, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 39733 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.495.10.495198.6
2.49-2.595.40.427199
2.59-2.75.50.354199.4
2.7-2.855.50.292199.5
2.85-3.025.60.218199.8
3.02-3.265.60.159199.8
3.26-3.585.70.114199.9
3.58-4.15.70.087199.9
4.1-5.175.60.071199.9
5.17-505.50.068199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W77

3w77


解像度: 2.4→36.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 16.098 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24288 1988 5 %RANDOM
Rwork0.21358 ---
obs0.21503 37655 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.541 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.34 Å20 Å2-0.45 Å2
2--4.43 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6440 0 216 39 6695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5161.9749288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.448314384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3325836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.9725.513312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.53151020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7341516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A113880.13
12B113880.13
21A117470.11
22C117470.11
31A113780.13
32D113780.13
41B113190.13
42C113190.13
51B113460.13
52D113460.13
61C114000.12
62D114000.12
LS精密化 シェル解像度: 2.399→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 157 -
Rwork0.28 2600 -
obs--93.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72040.0969-0.36270.3247-0.31491.16530.00170.0797-0.01080.0477-0.0014-0.0371-0.06030.0043-0.00030.1117-0.01030.00790.0114-0.00270.048737.7522-28.375230.6377
21.24720.4932-0.06980.45160.10940.24740.04210.1360.02180.0526-0.0544-0.0297-0.0148-0.04270.01230.0945-0.01250.00960.0640.02070.02755.6142-27.812913.7946
30.51160.20910.31160.41520.35091.07580.00940.0724-0.0030.0238-0.01120.02160.01620.01730.00180.11140.00240.00950.0154-0.00280.058812.53280.666729.8613
41.33250.41850.19550.4431-0.11980.32310.00530.16370.00870.0419-0.01380.03760.01110.05710.00850.0899-0.00770.02090.04780.00590.0212-5.3501-0.053413.1249
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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