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- PDB-3vyp: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis L,D-transpeptidas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vyp
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis L,D-transpeptidase LdtMt2-N140 adduct with meropenem
要素Probable conserved lipoprotein LPPS
キーワードTRANSFERASE / BETA BARREL / YkuD domain / L / D-transpeptidase / beta-lactam binding
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region ...peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3710 / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Immunoglobulin-like - #3710 / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MXR / L,D-transpeptidase 2 / L,D-transpeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Li, W.J. / Li, D.F. / Bi, L.J. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of L,D-transpeptidase LdtMt2 in complex with meropenem reveals the mechanism of carbapenem against Mycobacterium tuberculosis
著者: Li, W.J. / Li, D.F. / Hu, Y.L. / Zhang, X.E. / Bi, L.J. / Wang, D.C.
履歴
登録2012年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable conserved lipoprotein LPPS
B: Probable conserved lipoprotein LPPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5166
ポリマ－58,5612
非ポリマー9554
水14,808822
1
A: Probable conserved lipoprotein LPPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7583
ポリマ－29,2801
非ポリマー4782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable conserved lipoprotein LPPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7583
ポリマ－29,2801
非ポリマー4782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.610, 73.280, 103.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable conserved lipoprotein LPPS / L / D-transpeptidase


分子量: 29280.438 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, residues 140-408 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv2518c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O53223, UniProt: I6Y9J2*PLUS, EC: 2.3.2.12
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MXR / (2S,3R,4S)-4-{[(3S,5R)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-2-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid / meropenem bound form (tautomerism)


分子量: 385.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 822 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→36.42 Å / Num. all: 101851 / Num. obs: 101442 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 14388 / Rsym value: 0.535 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VYO

3vyo


解像度: 1.4→35.864 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / FOM work R set: 0.8724 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1983 5120 5.05 %RANDOM
Rwork0.1634 ---
obs0.1652 101346 99.46 %-
all-101851 --
溶媒の処理減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 84.246 Å2 / ksol: 0.423 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 238.25 Å2 / Biso mean: 23.9095 Å2 / Biso min: 8.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.2466 Å20 Å2
3----0.2535 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→35.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4086 0 64 822 4972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9726052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004788
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3391548
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3998-1.41570.32411430.29662902304591
1.4157-1.43240.31331820.28153133331598
1.4324-1.44980.27331570.25053162331999
1.4498-1.46820.26131620.229832133375100
1.4682-1.48750.26371630.217331763339100
1.4875-1.50790.26781620.207332243386100
1.5079-1.52940.23751800.189131783358100
1.5294-1.55230.23311750.181531443319100
1.5523-1.57650.2431680.166832033371100
1.5765-1.60240.22051840.160431823366100
1.6024-1.630.21931680.152932083376100
1.63-1.65960.171710.1531863357100
1.6596-1.69150.1991890.150832273416100
1.6915-1.72610.18661660.154631763342100
1.7261-1.76360.20821560.152531853341100
1.7636-1.80460.21521660.151832023368100
1.8046-1.84980.19161590.160832343393100
1.8498-1.89980.19721830.151831953378100
1.8998-1.95570.20411750.159732373412100
1.9557-2.01880.19391880.155732003388100
2.0188-2.09090.17641610.152132163377100
2.0909-2.17460.19721860.148832263412100
2.1746-2.27360.17781590.150632323391100
2.2736-2.39340.17121610.15832633424100
2.3934-2.54340.19311860.161232233409100
2.5434-2.73970.2061620.171132623424100
2.7397-3.01520.1871790.167232643443100
3.0152-3.45120.18351770.151832873464100
3.4512-4.3470.17041880.143233193507100
4.347-35.87610.21071640.17313367353197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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