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- PDB-3vap: Synthesis and SAR Studies of imidazo-[1,2-a]-pyrazine Aurora kina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vap
タイトルSynthesis and SAR Studies of imidazo-[1,2-a]-pyrazine Aurora kinase inhibitors with improved off target kinase selectivity
要素Aurora kinase A
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / cell cycle / inhibitor / transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / cilium disassembly / spindle pole centrosome / mitotic centrosome separation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / cilium disassembly / spindle pole centrosome / mitotic centrosome separation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / germinal vesicle / meiotic spindle organization / meiotic spindle / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / spindle midzone / SUMOylation of DNA replication proteins / negative regulation of protein binding / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / centriole / liver regeneration / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / AURKA Activation by TPX2 / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / mitotic spindle organization / regulation of cytokinesis / G2/M transition of mitotic cell cycle / response to wounding / regulation of protein stability / peptidyl-serine phosphorylation / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / spindle / kinetochore / spindle pole / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / protein autophosphorylation / mitotic cell cycle / ciliary basal body / midbody / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / basolateral plasma membrane / microtubule / protein kinase activity / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynaptic density / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / cell division / ubiquitin protein ligase binding / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aurora kinase A / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Aurora kinase A / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0FY / Aurora kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Voss, M.E. / Rainka, M.P. / Fleming, M. / Peterson, L.H. / Belanger, D.B. / Siddiqui, M.A. / Hruza, A. / Voigt, J. / Basso, A.D. / Gray, K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Synthesis and SAR studies of imidazo-[1,2-a]-pyrazine Aurora kinase inhibitors with improved off-target kinase selectivity.
著者: Voss, M.E. / Rainka, M.P. / Fleming, M. / Peterson, L.H. / Belanger, D.B. / Siddiqui, M.A. / Hruza, A. / Voigt, J. / Gray, K. / Basso, A.D.
履歴
登録2011年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aurora kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0042
ポリマ－31,4401
非ポリマー5641
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.329, 83.329, 157.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Aurora kinase A / Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / ARK-1 / Aurora-related kinase 1 / hARK1 / Breast tumor- ...Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / ARK-1 / Aurora-related kinase 1 / hARK1 / Breast tumor-amplified kinase / Serine/threonine-protein kinase 15 / Serine/threonine-protein kinase 6 / Serine/threonine-protein kinase aurora-A


分子量: 31440.150 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 125-391 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6
プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-0FY / 3-(1-{2-[(3-fluoropyridinium-4-yl)amino]-2-oxoethyl}-1H-pyrazol-4-yl)-6-methyl-8-[(3-{[(1R,3R)-3-methylpiperidinium-1-yl]methyl}-1,2-thiazol-5-yl)amino]imidazo[1,2-a]pyrazin-1-ium


分子量: 563.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H32FN10OS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.1M TRIS, 0.2M LISO4, 33% PEG 400, 0.001M COMPOUND, 1% DMSO, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月18日 / 詳細: OSMIC
放射モノクロメーター: OSMIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.54181
反射解像度: 2.659→28.9 Å / Num. obs: 9765 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 76.72 Å2 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル解像度: 2.659→2.668 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.615 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
BUSTER2.11.2精密化
autoPROCデータスケーリング
XDS(VERSION December 6データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.66→28.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9338 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Afitt used to fit compound in difference density
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 499 5.12 %RANDOM
Rwork0.2022 ---
obs0.2046 9754 98.73 %-
原子変位パラメータBiso mean: 84.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3534 Å20 Å20 Å2
2---5.3534 Å20 Å2
3---10.7068 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.499 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→28.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2051 0 40 0 2091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014231HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.097636HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d916SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes49HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes602HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4231HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.07
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion259SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4488SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.97 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3038 125 4.57 %
Rwork0.2266 2608 -
all0.2299 2733 -
obs-2733 98.73 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.5772 Å / Origin y: 32.9481 Å / Origin z: 7.8563 Å
111213212223313233
T-0.1268 Å20.1814 Å20.0263 Å2-0.1661 Å20.1204 Å2---0.3407 Å2
L4.6677 °2-0.093 °2-0.9834 °2-2.2051 °2-1.183 °2--1.7959 °2
S-0.2012 Å °-0.6122 Å °-0.0024 Å °-0.2878 Å °0.0801 Å °-0.118 Å °0.3218 Å °0.1402 Å °0.1211 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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