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- PDB-3umx: Crystal structure of Pim1 kinase in complex with inhibitor (Z)-2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3umx
タイトルCrystal structure of Pim1 kinase in complex with inhibitor (Z)-2-[(1H-indol-3-yl)methylene]-7-(azepan-1-ylmethyl)-6-hydroxybenzofuran-3(2H)-one
要素Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase pim-1
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Pim-1 / kinase / P-loop / kinase inhibitor / rational drug design / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / cellular detoxification / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling ...positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / cellular detoxification / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / negative regulation of innate immune response / positive regulation of brown fat cell differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to type II interferon / manganese ion binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q18 / Serine/threonine-protein kinase pim-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Parker, L.J. / Handa, N. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Flexibility of the P-loop of Pim-1 kinase: observation of a novel conformation induced by interaction with an inhibitor
著者: Parker, L.J. / Watanabe, H. / Tsuganezawa, K. / Tomabechi, Y. / Handa, N. / Shirouzu, M. / Yuki, H. / Honma, T. / Ogawa, N. / Nagano, T. / Yokoyama, S. / Tanaka, A.
履歴
登録2011年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase pim-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6723
ポリマ－34,1881
非ポリマー4852
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.214, 98.214, 80.881
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase pim-1


分子量: 34187.727 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN (UNP RESIDUES 120-404) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: pim1 / プラスミド: pCR2.1-TOPO / 発現宿主: cell-free protein synthesis (unknown)
参照: UniProt: P11309, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-Q18 / (2Z)-7-(azepan-1-ylmethyl)-6-hydroxy-2-(1H-indol-3-ylmethylidene)-1-benzofuran-3(2H)-one


分子量: 388.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24N2O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100mM Citrate buffer pH 5.5, 200mM NaCl, 1M NH4HPO4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→85.13 Å / Num. all: 14489 / Num. obs: 14489 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 54.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.55-2.695.80.4450.4041.91215620990.1840.4450.4044.698.9
2.69-2.855.80.2950.2682.81146219750.1220.2950.2686.699.3
2.85-3.055.80.1970.184.21087918760.0820.1970.189.399.2
3.05-3.295.80.1230.1126.51009817430.0510.1230.11213.299.3
3.29-3.615.80.0830.0759.1929116030.0340.0830.0751899.6
3.61-4.035.80.0650.05910.1843614600.0270.0650.05922.699.7
4.03-4.665.80.0510.04713.1747012910.0210.0510.04725.799.7
4.66-5.75.70.0470.04213.6635311080.0190.0470.04227.599.9
5.7-8.065.70.0470.04313.848428500.0190.0470.04329.499.9
8.06-85.1265.40.0430.03914.426354840.0180.0430.03931.899.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A99

3a99


解像度: 2.55→85.126 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.2329 / WRfactor Rwork: 0.1835 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.851 / SU B: 7.583 / SU ML: 0.169 / SU R Cruickshank DPI: 0.32 / SU Rfree: 0.2413 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 714 4.9 %RANDOM
Rwork0.1773 ---
obs0.1798 14485 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.8 Å2 / Biso mean: 38.2663 Å2 / Biso min: 13.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20.46 Å2-0 Å2
2--0.92 Å2-0 Å2
3----1.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→85.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2099 0 34 112 2245
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0212217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9931.9653016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4325264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.03623.028109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.97515357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0791519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.071.51308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.07322111
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0323909
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0664.5903
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 51 -
Rwork0.24 1018 -
all-1069 -
obs-1018 98.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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