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- PDB-3txo: PKC eta kinase in complex with a naphthyridine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3txo
タイトルPKC eta kinase in complex with a naphthyridine
要素Protein kinase C eta type
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / phosphotransferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / protein kinase C signaling / protein kinase C / negative regulation of glial cell apoptotic process / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Effects of PIP2 hydrolysis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of keratinocyte differentiation / regulation of bicellular tight junction assembly ...diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / protein kinase C signaling / protein kinase C / negative regulation of glial cell apoptotic process / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Effects of PIP2 hydrolysis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of keratinocyte differentiation / regulation of bicellular tight junction assembly / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of protein localization to plasma membrane / small GTPase binding / G alpha (z) signalling events / cell-cell junction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cell differentiation / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / enzyme binding / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C, eta / Novel protein kinase C eta, catalytic domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Protein kinase C, eta / Novel protein kinase C eta, catalytic domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2 domain / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-07U / Protein kinase C eta type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Stark, W. / Rummel, G. / Cowan-Jacob, S.W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: 2,6-Naphthyridines as potent and selective inhibitors of the novel protein kinase C isozymes.
著者: van Eis, M.J. / Evenou, J.P. / Floersheim, P. / Gaul, C. / Cowan-Jacob, S.W. / Monovich, L. / Rummel, G. / Schuler, W. / Stark, W. / Strauss, A. / Matt, A. / Vangrevelinghe, E. / Wagner, J. / Soldermann, N.
履歴
登録2011年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C eta type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7862
ポリマ－40,4931
非ポリマー2931
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein kinase C eta type
ヘテロ分子

A: Protein kinase C eta type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5734
ポリマ－80,9862
非ポリマー5872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area29920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.533, 56.861, 63.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細dimer in crystal due to domain swapping

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase C eta type / PKC-L / nPKC-eta


分子量: 40493.094 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain, residues 333-683 / 変異: E675S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKCH, PKCL, PRKCL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24723, protein kinase C
#2: 化合物 ChemComp-07U / 2-methyl-N~1~-[3-(pyridin-4-yl)-2,6-naphthyridin-1-yl]propane-1,2-diamine


分子量: 293.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: free interface difusion / pH: 7.8
詳細: 1 uL protein (18mg/ml in 0.25 M NaCl, 0.025 M Tris pH 7.8, 4mM TCEP, 1mM EDTA) with 3-4 uL crystallisation buffer (25 % PEG3350 w/v, 200 mM citrate), FREE INTERFACE DIFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→63.37 Å / Num. obs: 25157 / % possible obs: 99.92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.05→56.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 4.274 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1325 5 %RANDOM
Rwork0.1935 ---
all0.2122 ---
obs0.19582 25157 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.365 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å20 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3---1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→56.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2594 0 22 139 2755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9821.9723630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5565316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95424.088137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.06115461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6111517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3281.51586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.33622563
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.43231098
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3884.51067
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 97 -
Rwork0.261 1834 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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