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- PDB-3sp7: Crystal Structure of Bcl-xL bound to BM903 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sp7
タイトルCrystal Structure of Bcl-xL bound to BM903
要素Bcl-2-like protein 1
キーワードAPOPTOSIS REGULATOR/INHIBITOR / Bcl-2-like protein / APOPTOSIS REGULATOR-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ovarian follicle development / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / endocytosis / RAS processing / male gonad development / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / nuclear membrane / in utero embryonic development / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-03B / ACETATE ION / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure-based design of a new class of potent Bcl-2/Bcl-xL inhibitors
著者: Zhou, H. / Chen, J. / Meagher, J.L. / Aguilar, A. / Bai, L. / Liu, L. / Yang, C.Y. / Xin, C. / Stuckey, J.A. / Wang, S.
履歴
登録2011年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0249
ポリマ－19,6771
非ポリマー1,3478
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.627, 54.891, 79.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl-xL / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 19676.582 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Bcl-xL, BCL2L, BCL2L1, BCLX / プラスミド: pHIS-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q07817
#2: 化合物 ChemComp-03B / 5-(4-chlorophenyl)-4-{3-[4-(4-{[(4-{[(2R)-4-(dimethylamino)-1-(phenylsulfanyl)butan-2-yl]amino}-3-nitrophenyl)sulfonyl]amino}phenyl)piperazin-1-yl]phenyl}-1,2-dimethyl-1H-pyrrole-3-carboxylic acid


分子量: 908.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H50ClN7O6S2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FRAGMENT COMPRISES UNP Q07817 ISOFORM BCL-X(L) RESIDUES 1-44 AND 85-209 WITH RESIDUES 45-84 DELETED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 4% PEG3000, 0.6 M zinc acetate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→19.892 Å / Num. all: 34821 / Num. obs: 34821 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.322 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.4-1.4270.45816460.884191.2
1.42-1.4570.37216410.906190.3
1.45-1.4870.31716450.974191.1
1.48-1.516.90.2616430.955191.8
1.51-1.546.80.23816851.003192.1
1.54-1.586.90.216760.971191.9
1.58-1.626.80.17616521.033191.6
1.62-1.666.70.15717051.02193.9
1.66-1.716.80.1416921.108193.9
1.71-1.766.80.11917291.13194.4
1.76-1.836.80.10917431.267194.8
1.83-1.96.80.08917521.293195.9
1.9-1.996.90.07717711.382196.5
1.99-2.0970.06317821.416196.7
2.09-2.227.20.05517811.56197.3
2.22-2.397.30.04917951.602197.1
2.39-2.637.40.04418191.692197.8
2.63-3.027.30.03818471.751198.6
3.02-3.87.10.03118611.843198.2
3.8-506.60.03219142.249194.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MD2データ収集
HKL-2000データ削減
BUSTER2.11.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→19.892 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9513 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9517 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.057 / SU Rfree Blow DPI: 0.057 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1847 1744 5.01 %RANDOM
Rwork0.1641 ---
obs0.1652 34821 95.03 %-
all-36642 --
原子変位パラメータBiso max: 110.58 Å2 / Biso mean: 19.2145 Å2 / Biso min: 8.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9638 Å20 Å20 Å2
2--3.4931 Å20 Å2
3---2.4707 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.144 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.892 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1203 0 79 175 1457
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d623SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes42HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes216HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1391HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion161SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1792SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1391HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1903HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.44
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1892 128 4.44 %
Rwork0.1863 2755 -
all0.1864 2883 -
obs--95.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
100.15730.07990-0.05840-0.00140.00020.0012-0.0013-0.0030.0095-0.0033-0.01370.00440.02340.00650.01460.0050.0228-0.0317-4.596219.9209-23.8862
20.3128-0.2826-0.04210.1389-0.11870.0144-0.00350.0069-0.00170.00230.01310.0151-0.0182-0.0087-0.00960.00350.01140.0319-0.00180.0170.0011-13.230820.356-9.5348
30.4395-0.0359-0.29170.30890.05890.10440.0099-0.0029-0.0111-0.0079-0.03110.0141-0.0133-0.00550.02120.0102-0.00190.00370.00790.0068-0.0257-8.08277.1561-6.3827
40.35850.11980.19540.1860.32120.6803-0.00290.01650.01620.0547-0.0108-0.0292-0.01940.01010.01370.01420.0109-0.0017-0.00920.0046-0.0174.009517.1327-7.2796
50-0.0053-0.15940.0347-0.01490.0270.0004-0.00240.00270.0019-0.0017-0.0042-0.0015-0.00250.00140.0440.03640.0752-0.0186-0.0015-0.0267-6.861226.13650.8046
60.3009-0.077-0.19671.28260.47950.3566-0.00750.0538-0.01230.01920.00640.0086-0.0056-0.02370.00110.00960.00670.011-0.0097-0.0001-0.0193-1.898212.3615-16.8136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|-1 - 7}A-1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2{A|8 - 29}A8 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3{A|83 - 105}A83 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4{A|106 - 151}A106 - 151
5X-RAY DIFFRACTION5{A|152 - 159}A152 - 159
6X-RAY DIFFRACTION6{A|160 - 199}A160 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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