+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sl0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of P. falciparum arginase complexed with 2-amino-6-borono-2-(difluoromethyl)hexanoic acid | ||||||
要素 | Arginase | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / metallohydrolase / arginase fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Urea cycle / Neutrophil degranulation / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / manganese ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å | ||||||
データ登録者 | Dowling, D.P. / Ilies, M. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011 タイトル: Binding of alpha , alpha-disubstituted amino acids to arginase suggests new avenues for inhibitor design. 著者: Ilies, M. / Di Costanzo, L. / Dowling, D.P. / Thorn, K.J. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sl0.cif.gz | 144.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3sl0.ent.gz | 112 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sl0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3sl0_validation.pdf.gz | 444.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3sl0_full_validation.pdf.gz | 447.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3sl0_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3sl0_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3sl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3sl0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
2 |
| x 6|||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46452.039 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-411 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PFI0320w / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 Codonplustm(de3) Ril / 参照: UniProt: Q8I384, arginase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FB5 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.49 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.2 M Na/K Phosphate (8.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.997→50 Å / Num. all: 38494 / Num. obs: 38494 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 23.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.997→2.07 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3757 / Rsym value: 0.587 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3MMR 解像度: 1.997→37.24 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.78 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.569 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.2 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.997→37.24 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|