PDB-3rhw: C. elegans glutamate-gated chloride channel (GluCl) in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rhw

タイトル

C. elegans glutamate-gated chloride channel (GluCl) in complex with Fab and ivermectin

要素

(Mouse monoclonal Fab fragment, ...) x 2
Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

キーワード

transport protein/immune system / Membrane protein / transport protein / Cys-loop receptor / ligand-gated ion channel / neurotransmitter receptor / Ivermectin / Picrotoxin / Glycosylation / transport protein-immune system complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.26 Å

データ登録者

Hibbs, R.E. / Gouaux, E.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Principles of activation and permeation in an anion-selective Cys-loop receptor.
著者: Hibbs, R.E. / Gouaux, E.

履歴

登録	2011年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年10月19日	Group: Database references
改定 1.3	2011年11月9日	Group: Refinement description
改定 1.4	2017年8月23日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.5	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.6	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/3rhw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/3rhw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ri5C 3riaC 3rifC 3ehzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ria-d 3ri5-d 3rif-d 4tnw-1 4tnw-2 4tnv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (4)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

B: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

C: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

D: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

E: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

F: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

G: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

H: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

I: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

J: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

K: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

L: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

M: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

N: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

O: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

ヘテロ分子

438 kDa, 15 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.850, 154.850, 574.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 1:340 ) and (not element H)
2	1	1	chain B and (resseq 1:340 ) and (not element H)
3	1	1	chain C and (resseq 1:339 ) and (not element H)
4	1	1	chain D and (resseq 1:340 ) and (not element H)
5	1	1	chain E and (resseq 1:340 ) and (not element H)
1	1	2	chain F and (resseq 1:120 ) and (not element H)
2	1	2	chain G and (resseq 1:120 ) and (not element H)
3	1	2	chain H and (resseq 1:120 ) and (not element H)
4	1	2	chain I and (resseq 1:120 ) and (not element H)
5	1	2	chain J and (resseq 1:120 ) and (not element H)
1	1	3	chain K and (resseq 1:108 ) and (not element H)
2	1	3	chain L and (resseq 1:108 ) and (not element H)
3	1	3	chain M and (resseq 1:108 ) and (not element H)
4	1	3	chain N and (resseq 1:108 ) and (not element H)
5	1	3	chain O and (resseq 1:108 ) and (not element H)
1	1	4	B348
2	1	4	B349
3	1	4	D348
4	1	4	D349
5	1	4	A348

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha 分子量: 39636.629 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: glc-1, F11A5.10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O17793

-
抗体 , 2種, 10分子 FGHIJKLMNO

#2: 抗体	Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain 分子量: 23921.744 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA
#3: 抗体	Mouse monoclonal Fab fragment, light chain 分子量: 22618.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA

-
糖 , 2種, 6分子

#5: 糖

ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 10分子

#4: 化合物	ChemComp-IVM / (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)-butan-2-yl]-20,20b-dihydroxy-5',6,8,19-tetramethyl-17 -oxo-3',4',5',6,6',10,11,14,15,17,17a,20,20a,20b-tetradecahydro-2H,7H-spiro[11,15-methanofuro[4,3,2-pq][2,6]benzodioxacy clooctadecine-13,2'-pyran]-7-yl 2,6-dideoxy-4-O-(2,6-dideoxy-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranosyl)-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranoside / 22,23-DIHYDROAVERMECTIN B1A / IVERMECTIN 分子量: 875.093 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₈H₇₄O₁₄ / コメント: 抗寄生虫剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン分子量: 114.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈
#8: 化合物	ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン分子量: 156.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₄
#9: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 21-23% PEG 400, 50 mM sodium citrate pH 4.5, 70 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月16日詳細: Mirrors: bent cylinders, stripes of Pt, Rh and clear
放射	モノクロメーター: Cryo-cooled double Si(111) crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.26→110 Å / Num. all: 109734 / Num. obs: 109734 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 77.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 3.26→3.34 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 1.183 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 7857 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Homology model derived from PDB entry 3EHZ

3ehz

解像度: 3.26→109.495 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2699	5157	5 %	random
R_work	0.2387	-	-	-
all	0.2402	-	-	-
obs	0.2402	103139	93.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 68.027 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.26→109.495 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28730	0	467	0	29197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	29997
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.746	40955
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.013	10776
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	4800
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	5047

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2716	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2716	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.014
1	3	C	2706	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
1	4	D	2716	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.014
1	5	E	2716	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
2	1	F	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	G	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
2	3	H	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.014
2	4	I	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
2	5	J	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.012
3	1	K	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	L	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.014
3	3	M	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.012
3	4	N	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
3	5	O	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
4	1	A	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
4	3	C	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
4	4	D	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
4	5	E	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
3.26-3.2973	0.4237	145	0.3956	2635	2635	76
3.2973-3.3361	0.4054	146	0.3636	2745	2745	81
3.3361-3.3767	0.3602	151	0.3473	2882	2882	83
3.3767-3.4195	0.4049	157	0.3447	2885	2885	84
3.4195-3.4645	0.3718	164	0.3267	2930	2930	86
3.4645-3.512	0.2931	161	0.3046	3017	3017	88
3.512-3.5621	0.3755	133	0.2979	3031	3031	88
3.5621-3.6153	0.3379	152	0.2876	3105	3105	90
3.6153-3.6718	0.3367	156	0.2767	3149	3149	91
3.6718-3.732	0.2979	169	0.2739	3152	3152	93
3.732-3.7964	0.3256	170	0.2667	3285	3285	94
3.7964-3.8654	0.2595	152	0.2546	3206	3206	93
3.8654-3.9397	0.2577	195	0.2466	3248	3248	95
3.9397-4.0202	0.3038	162	0.2367	3303	3303	95
4.0202-4.1076	0.2729	168	0.2185	3349	3349	96
4.1076-4.2031	0.1968	189	0.2071	3340	3340	97
4.2031-4.3082	0.2197	167	0.2047	3387	3387	98
4.3082-4.4247	0.2405	178	0.1918	3403	3403	98
4.4247-4.5549	0.2245	178	0.1851	3419	3419	98
4.5549-4.702	0.2217	181	0.1773	3407	3407	99
4.702-4.87	0.2092	176	0.1678	3430	3430	98
4.87-5.065	0.2054	200	0.1694	3394	3394	98
5.065-5.2955	0.2058	181	0.1904	3458	3458	99
5.2955-5.5747	0.2437	167	0.2062	3481	3481	98
5.5747-5.9239	0.2946	177	0.2236	3465	3465	98
5.9239-6.3813	0.2679	192	0.2336	3466	3466	98
6.3813-7.0234	0.308	184	0.2245	3524	3524	99
7.0234-8.0394	0.2404	183	0.2149	3570	3570	100
8.0394-10.1277	0.2072	196	0.2068	3630	3630	100
10.1277-109.5572	0.3353	227	0.338	3686	3686	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0604	-0.0185	0.029	0.9224	-0.2864	0.0637	-0.0078	0.0521	0.0431	0.0908	0.1281	0.1551	-0.0225	-0.0304	-0.1071	0.1872	-0.0267	0.0122	0.2268	0.0803	0.256	-2.1593	74.0954	38.5376
2	0.277	-0.0762	-0.2025	0.5083	-0.2064	0.0328	0.0512	0.1034	0.0779	-0.0639	0.0563	-0.0149	0.0634	0.1422	-0.1037	0.3158	-0.033	-0.0348	0.3876	-0.0149	0.3054	23.017	71.4861	35.1664
3	0.1656	-0.1686	0.0898	0.1924	-0.1005	0.0324	-0.0665	-0.091	0.0944	0.046	0.109	-0.2419	0.0098	0.1738	-0.0424	0.3511	-0.0072	-0.0109	0.3992	-0.0981	0.4448	34.5374	80.9192	55.7957
4	0.2527	0.3587	-0.0286	0.4591	-0.4643	0.2571	0.1097	-0.1096	0.076	0.0804	0.0441	0.0949	-0.0535	0.0177	-0.1714	0.4387	0.0141	0.017	0.2973	-0.0898	0.3413	16.622	89.4005	71.7684
5	0.2031	0.1454	0.0035	0.5322	-0.0836	0.0602	0.0124	-0.0838	0.1597	0.0868	-0.0062	0.0527	-0.0632	-0.0253	-0.0017	0.3575	0.0631	0.0888	0.2992	0.0063	0.3945	-6.2201	85.1528	61.1804
6	0.0638	0.0066	0.008	0.0148	-0.0111	0.0096	0.1186	-0.0026	0.2014	-0.006	-0.0324	0.0551	0.0022	0.0643	-0.0784	0.4236	-0.0695	0.0909	0.559	0.0233	0.5633	11.1267	92.0047	21.4362
7	0.025	0.0135	-0.0339	0.1812	0.0081	0.0695	0.0336	-0.0432	0.015	-0.0253	-0.0406	-0.0367	0.0093	-0.0019	0.0097	0.4962	-0.1433	0.0333	0.7821	-0.0072	0.7519	34.8857	96.8513	33.454
8	0.1028	0.0946	0.0031	0.1449	0.0059	-0.0003	0.0377	0.0217	0.0337	0.0036	-0.0801	-0.0233	-0.0132	0.0104	0.0263	0.8941	-0.0014	-0.0406	0.4783	-0.0569	0.5681	29.7981	108.6446	57.3221
9	0.0551	0.0182	-0.0042	0.2258	0.0726	0.1307	-0.0668	-0.0151	0.1053	0.0448	-0.1763	-0.0281	-0.0149	0.0177	0.2207	0.6748	-0.0319	0.1424	0.4657	-0.0255	0.7286	2.9265	111.0533	60.1049
10	0.0466	0.0419	-0.0876	0.0527	-0.0676	0.1731	0.1159	-0.0252	-0.0317	-0.0087	0.0728	0.0737	-0.0195	-0.0456	-0.1626	0.5593	-0.0023	-0.0249	0.7575	0.11	0.6682	-8.6518	100.7471	37.8683
11	0.349	0.0125	-0.5812	0.5067	0.1305	0.8852	0.0155	0.4546	-0.1577	-0.0103	-0.0163	-0.3179	-0.0011	0.1081	-0.0221	0.3727	0.0263	-0.0063	0.667	-0.1998	0.6496	52.9138	46.8182	33.1915
12	0.3927	-0.047	-0.6218	0.602	0.1882	0.9795	-0.2922	0.2681	-0.0984	-0.0071	-0.1113	-0.0031	0.0172	-0.5283	0.5138	0.7715	-0.0665	0.0405	0.9879	-0.0417	1.0232	83.0449	36.7442	23.4876
13	0.4148	0.2973	0.6719	0.4963	0.4598	1.1688	-0.1637	0.2202	-0.1893	-0.0301	0.3252	-0.0913	-0.1028	0.462	-0.1359	0.4339	0.1613	-0.1272	0.7315	-0.2616	0.5072	54.6561	73.5066	87.5068
14	1.6422	0.5326	-0.4039	0.1605	-0.3121	1.4669	-0.1634	-0.2074	-0.6012	0.029	-0.1084	-0.3723	-0.0205	0.0469	0.2746	0.7454	0.0322	-0.1704	0.4769	-0.0592	0.729	76.5164	71.5759	110.5711
15	0.9789	0.5223	0.3699	0.682	0.5977	1.4492	0.0969	0.2008	-0.2357	-0.059	-0.1379	-0.0329	-0.1351	-0.0183	0.015	0.3098	0.0048	-0.0621	0.3972	-0.0323	0.3924	-5.0424	41.8554	17.6646
16	0.801	0.4573	0.0003	0.5922	-0.0938	0.1216	0.0105	0.3541	-0.2818	0.0251	0.1103	-0.0388	0.1108	-0.1906	-0.0685	0.4886	-0.0532	-0.1074	0.6361	-0.2155	0.673	-13.0919	20.4447	-7.3653
17	0.5284	0.0349	0.2112	0.4375	0.7179	1.1596	0.3091	-0.3169	0.1562	0.1221	-0.1993	0.0235	0.2141	0.0464	-0.1205	0.6462	-0.1766	0.1691	0.74	-0.2027	0.4734	-1.2351	84.013	105.6171
18	1.3282	0.1629	-1.1748	0.4308	-0.1349	1.0071	-0.1769	-0.2931	-0.0258	-0.0225	0.368	-0.0415	-0.2742	0.3494	-0.2746	1.1168	-0.3399	0.2222	1.3487	-0.1451	0.7712	-10.6662	84.7093	138.6892
19	0.7185	0.1724	0.3495	0.1359	0.207	0.3341	0.0046	0.0521	0.2095	0.0091	-0.0073	0.1603	-0.0064	0.078	0.0304	0.3555	-0.0131	0.1331	0.3538	0.0738	0.4995	-38.7979	63.9626	62.0546
20	-0.0001	-0.0787	-0.0516	1.6065	1.056	1.6795	-0.0518	-0.0072	0.0255	0.0494	-0.2172	0.7315	0.1345	-0.2106	0.2997	0.466	0.0915	0.1061	0.542	0.0836	0.8667	-68.476	49.797	65.6056

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:340 )	A	1 - 340
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 1:340 OR RESID 400:400 ) )	B	1 - 340
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 1:340 OR RESID 400:400 ) )	B	400
4	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 1:339 OR RESID 400:400 ) )	C	1 - 339
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 1:339 OR RESID 400:400 ) )	C	400
6	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 1:340 )	D	1 - 340
7	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND ( RESID 1:340 OR RESID 400:400 ) )	E	1 - 340
8	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND ( RESID 1:340 OR RESID 400:400 ) )	E	400
9	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 348:348 )	B	348
10	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 349:349 )	B	349
11	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 348:348 )	D	348
12	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN D AND RESID 349:349 )	D	349
13	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 348:348 )	A	348
14	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN N AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1:120 )	N	1 - 108
15	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN N AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1:120 )	F	1 - 120
16	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN N AND RESID 113:185 ) OR ( CHAIN F AND RESID 126:221 )	N	113 - 185
17	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN N AND RESID 113:185 ) OR ( CHAIN F AND RESID 126:221 )	F	126 - 221
18	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN K AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN G AND RESID 1:120 )	K	1 - 108
19	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN K AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN G AND RESID 1:120 )	G	1 - 120
20	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN K AND RESID 113:210 ) OR ( CHAIN G AND RESID 126:221 )	K	113 - 210
21	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN K AND RESID 113:210 ) OR ( CHAIN G AND RESID 126:221 )	G	126 - 221
22	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN H AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:108 )	H	1 - 120
23	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN H AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:108 )	L	1 - 108
24	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN H AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN L AND RESID 113:210 )	H	126 - 221
25	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN H AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN L AND RESID 113:210 )	L	113 - 210
26	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN I AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN O AND RESID 1:108 )	I	1 - 120
27	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN I AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN O AND RESID 1:108 )	O	1 - 108
28	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN I AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN O AND RESID 113:208 )	I	126 - 221
29	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN I AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN O AND RESID 113:208 )	O	113 - 208
30	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN J AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN M AND RESID 1:108 )	J	1 - 120
31	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN J AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN M AND RESID 1:108 )	M	1 - 108
32	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN J AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN M AND RESID 113:210 )	J	126 - 221
33	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN J AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN M AND RESID 113:210 )	M	113 - 210

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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