PDB-3raw: Crystal Structure of human CDC-like kinase 3 isoform in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3raw

タイトル

Crystal Structure of human CDC-like kinase 3 isoform in complex with leucettine L41

要素

Dual specificity protein kinase CLK3

キーワード

TRANSFERASE / KINASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

dual-specificity kinase / intermediate filament cytoskeleton / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / protein tyrosine kinase activity / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Fedorov, O. / King, O. / Debdab, M. / Carreaux, F. / Renault, S. / Bullock, A. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of human CDC-like kinase 3 isoform with a benzo-dioxol ligand
著者: Filippakopoulos, P. / Fedorov, O. / King, O. / Bullock, A. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2011年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3raw.cif.gz	302.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3raw.ent.gz	244.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3raw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3raw_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3raw_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3raw_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	3raw_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3raw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3raw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z57S 2eu9S 2exeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wu6-d 2wu7-d 6z51-d 6i5l-2 6q8p-3 5j1v-2 6ft9-2 5unp-1 6ytd-d 6i5k-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dual specificity protein kinase CLK3

B: Dual specificity protein kinase CLK3

ヘテロ分子

90.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dual specificity protein kinase CLK3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dual specificity protein kinase CLK3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.670, 122.420, 69.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	GLU	GLU	A	A	136 - 237	33 - 134
2	1	1	VAL	VAL	GLU	GLU	B	B	136 - 237	33 - 134
1	1	2	LEU	LEU	PHE	PHE	A	A	239 - 296	136 - 193
2	1	2	LEU	LEU	PHE	PHE	B	B	239 - 296	136 - 193
1	2	2	GLU	GLU	SER	SER	A	A	297 - 310	194 - 207
2	2	2	GLU	GLU	SER	SER	B	B	297 - 310	194 - 207
1	3	2	VAL	VAL	GLY	GLY	A	A	311 - 410	208 - 307
2	3	2	VAL	VAL	GLY	GLY	B	B	311 - 410	208 - 307
1	1	3	ASP	ASP	ARG	ARG	A	A	415 - 480	312 - 377
2	1	3	ASP	ASP	ARG	ARG	B	B	415 - 480	312 - 377

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Dual specificity protein kinase CLK3 / CDC-like kinase 3 分子量: 44790.062 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 275-632 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: P49761, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-3RA / 5-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-2-(phenylamino)-4H-imidazol-4-one 分子量: 307.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₃N₃O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.20M NaNO3 0.1M BTProp pH 7.5 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.97924 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97924 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.9 % / Av σ(I) over netI: 5.4 / 数: 233131 / R_sym value: 0.091 / D res high: 2.09 Å / D res low: 36.263 Å / Num. obs: 59553 / % possible obs: 98.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
6.61	36.26	98.3	1	0.04	0.04	3.8
4.67	6.61	99.3	1	0.062	0.062	3.9
3.82	4.67	99.1	1	0.063	0.063	3.9
3.3	3.82	99.1	1	0.066	0.066	3.9
2.96	3.3	98.8	1	0.089	0.089	3.9
2.7	2.96	98.4	1	0.127	0.127	3.9
2.5	2.7	97.9	1	0.191	0.191	3.9
2.34	2.5	97.8	1	0.299	0.299	3.9
2.2	2.34	97.9	1	0.468	0.468	3.9
2.09	2.2	97.1	1	0.755	0.755	3.9

反射

解像度: 2.09→36.263 Å / Num. all: 60645 / Num. obs: 59553 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 36.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.09-2.2	3.9	0.755	1	33838	8602	0.755	97.1
2.2-2.34	3.9	0.468	1.6	31911	8123	0.468	97.9
2.34-2.5	3.9	0.299	2.5	30386	7719	0.299	97.8
2.5-2.7	3.9	0.191	3.9	28066	7140	0.191	97.9
2.7-2.96	3.9	0.127	5.5	26053	6638	0.127	98.4
2.96-3.3	3.9	0.089	7.4	23595	6023	0.089	98.8
3.3-3.82	3.9	0.066	8.9	20835	5338	0.066	99.1
3.82-4.67	3.9	0.063	8.9	17533	4515	0.063	99.1
4.67-6.61	3.9	0.062	7.9	13574	3516	0.062	99.3
6.61-36.263	3.8	0.04	13.5	7340	1939	0.04	98.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 40.13 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	36.26 Å
Translation	2.5 Å	36.26 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Ensemble of 2EXE, 2EU9, 1Z57

2exe

2eu9

1z57

解像度: 2.09→36.263 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.2287 / WR_factor R_work: 0.1875 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.87 / SU B: 8.663 / SU ML: 0.117 / SU R Cruickshank DPI: 0.1611 / SU R_free: 0.1498 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2193	1988	3.3 %	RANDOM
R_work	0.1809	-	-	-
all	0.1822	60691	-	-
obs	0.1822	59520	98.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.05 Å² / B_iso mean: 45.8424 Å² / B_iso min: 15.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.79 Å²	0 Å²	-0.24 Å²
2-	-	0.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→36.263 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5603	0	46	246	5895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	5837
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3945
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.508	1.945	7908
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.923	3.001	9517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.021	5	698
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.719	23.299	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.863	15	962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.736	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	847
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6517
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.4	3	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.452	3	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.908	5	5610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.791	8	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.579	11	2298

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1267	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
1	1267	MEDIUM THERMAL	0.9	2
2	2361	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
2	2361	MEDIUM THERMAL	1.32	2
3	919	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
3	919	MEDIUM THERMAL	1.34	2

LS精密化シェル

解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	141	-
R_work	0.292	4212	-
all	-	4353	-
obs	-	-	97.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5626	-0.7388	-0.4475	7.0304	-3.1728	3.8988	-0.1248	-0.1258	-0.6616	-0.3741	-0.3192	-0.8259	0.6504	0.3885	0.444	0.3291	0.0421	0.0732	0.1677	-0.0419	0.4288	87.6816	16.4442	14.9844
2	3.1044	0.1213	-1.236	1.6589	0.3556	3.9085	-0.0264	-0.1861	0.1256	-0.0815	-0.1322	-0.0695	0.0951	0.2823	0.1587	0.0164	0.0251	-0.0184	0.0926	-0.0281	0.1141	86.32	40.477	20.3863
3	1.9578	0.4679	1.0728	0.9107	0.8021	4.248	-0.0832	0.0594	0.5685	-0.1947	-0.0168	0.048	-0.3325	0.1969	0.1	0.0827	0.0343	-0.0296	0.0965	-0.0269	0.2842	85.9147	50.6628	18.4345
4	6.4506	0.064	0.1039	6.8418	-2.003	3.2274	-0.083	0.1975	0.7946	0.3785	-0.1691	-0.8719	-0.4259	0.1945	0.2521	0.335	0.0302	-0.0626	0.1175	0.0031	0.4048	56.7084	72.2317	54.0112
5	3.5442	-0.3163	0.4493	1.8812	0.4037	2.6986	-0.0473	0.3279	-0.2448	0.2129	-0.0903	0.0889	-0.0608	-0.0479	0.1376	0.0299	-0.0144	0.0067	0.0763	-0.0157	0.0681	55.5851	48.6127	47.1668
6	2.605	-0.6958	-1.6437	2.0601	0.8968	4.0532	-0.204	-0.1812	-0.6875	0.6119	-0.0415	0.2741	0.5399	0.1092	0.2455	0.2373	-0.0582	0.0562	0.1121	0.0016	0.3203	55.4222	38.176	49.9443

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	134 - 238
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	239 - 410
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	411 - 484
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	136 - 237
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	238 - 414
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	415 - 484

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)