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- PDB-3r8i: Crystal Structure of PPARgamma with an achiral ureidofibrate deri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r8i
タイトルCrystal Structure of PPARgamma with an achiral ureidofibrate derivative (RT86)
要素Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / PROTEIN-DNA COMPLEX / BUNDLE OF ALPHA-HELICES / SMALL FOUR-STRANDED BETA-SHEET / ACTIVATOR / DIABETES MELLITUS / OBESITY / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA BINDING / Phosphorylation / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / beige fat cell differentiation / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / beige fat cell differentiation / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / DNA binding domain binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of fatty acid metabolic process / positive regulation of lipid metabolic process / STAT family protein binding / WW domain binding / response to lipid / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / LBD domain binding / positive regulation of lipoprotein transport / negative regulation of SMAD protein signal transduction / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / monocyte differentiation / cell fate commitment / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of mitochondrial fission / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / nuclear retinoid X receptor binding / fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of MAPK cascade / cell maturation / peptide binding / epithelial cell differentiation / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of adipose tissue development / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / brown fat cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / placenta development / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / PPARA activates gene expression / fatty acid metabolic process / regulation of circadian rhythm / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / mRNA transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / regulation of blood pressure / nuclear receptor activity / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / signaling receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XCX / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pochetti, G. / Montanari, R. / Loiodice, F. / Laghezza, A. / Fracchiolla, G. / Lavecchia, A. / Novellino, E. / Crestani, M.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Synthesis, characterization and biological evaluation of ureidofibrate-like derivatives endowed with peroxisome proliferator-activated receptor activity.
著者: Porcelli, L. / Gilardi, F. / Laghezza, A. / Piemontese, L. / Mitro, N. / Azzariti, A. / Altieri, F. / Cervoni, L. / Fracchiolla, G. / Giudici, M. / Guerrini, U. / Lavecchia, A. / Montanari, R. ...著者: Porcelli, L. / Gilardi, F. / Laghezza, A. / Piemontese, L. / Mitro, N. / Azzariti, A. / Altieri, F. / Cervoni, L. / Fracchiolla, G. / Giudici, M. / Guerrini, U. / Lavecchia, A. / Montanari, R. / Di Giovanni, C. / Paradiso, A. / Pochetti, G. / Simone, G.M. / Tortorella, P. / Crestani, M. / Loiodice, F.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Insights into the mechanism of partial agonism: crystal structures of the peroxisome proliferator-activated receptor gamma ligand-binding domain in the complex with two enantiomeric ligands.
著者: Pochetti, G. / Godio, C. / Mitro, N. / Caruso, D. / Galmozzi, A. / Scurati, S. / Loiodice, F. / Fracchiolla, G. / Tortorella, P. / Laghezza, A. / Lavecchia, A. / Novellino, E. / Mazza, F. / Crestani, M.
#2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural insight into peroxisome proliferator-activated receptor gamma binding of two ureidofibrate-like enantiomers by molecular dynamics, cofactor interaction analysis, and site-directed mutagenesis.
著者: Pochetti, G. / Mitro, N. / Lavecchia, A. / Gilardi, F. / Besker, N. / Scotti, E. / Aschi, M. / Re, N. / Fracchiolla, G. / Laghezza, A. / Tortorella, P. / Montanari, R. / Novellino, E. / ...著者: Pochetti, G. / Mitro, N. / Lavecchia, A. / Gilardi, F. / Besker, N. / Scotti, E. / Aschi, M. / Re, N. / Fracchiolla, G. / Laghezza, A. / Tortorella, P. / Montanari, R. / Novellino, E. / Mazza, F. / Crestani, M. / Loiodice, F.
履歴
登録2011年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8263
ポリマ－65,3882
非ポリマー4391
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1322
ポリマ－32,6941
非ポリマー4391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6941
ポリマ－32,6941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.589, 62.398, 118.392
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 32693.824 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 223-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物 ChemComp-XCX / 2-(4-{2-[1,3-benzoxazol-2-yl(heptyl)amino]ethyl}phenoxy)-2-methylpropanoic acid


分子量: 438.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H34N2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: 0.8 M NA Citrate, 0.15 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月11日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 29821 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 48.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I4J

2i4j


解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.285 1458 RANDOM
Rwork0.252 --
obs0.252 29486 -
all-29513 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4330 0 32 145 4507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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