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万見
- PDB-3r5t: Crystal structure of holo-ViuP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r5t
タイトルCrystal structure of holo-ViuP
要素Ferric vibriobactin ABC transporter, periplasmic ferric vibriobactin-binding protein
キーワードMETAL TRANSPORT / Iron-vibriobactin transport protein / Periplasmic transport protein / Iron-siderophore binding
機能・相同性
機能・相同性情報


iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / : / METHANOL / Chem-VBN / Fe2+-enterobactin ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Li, N. / Zhang, C. / Li, B. / Liu, X. / Huang, Y. / Xu, S. / Gu, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Unique iron coordination in iron-chelating molecule vibriobactin helps Vibrio cholerae evade mammalian siderocalin-mediated immune response.
著者: Li, N. / Zhang, C. / Li, B. / Liu, X. / Huang, Y. / Xu, S. / Gu, L.
履歴
登録2011年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferric vibriobactin ABC transporter, periplasmic ferric vibriobactin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0266
ポリマ－34,1111
非ポリマー9165
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.496, 55.545, 69.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-548-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ferric vibriobactin ABC transporter, periplasmic ferric vibriobactin-binding protein / Periplasmic binding protein


分子量: 34110.531 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 29-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: viuP, VC_0776 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RCF6

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非ポリマー , 6種, 382分子

#2: 化合物 ChemComp-VBN / (4S,5R)-N-{3-[(2,3-dihydroxybenzoyl)amino]propyl}-2-(2,3-dihydroxyphenyl)-N-[3-({[(4S,5R)-2-(2,3-dihydroxyphenyl)-5-met hyl-4,5-dihydro-1,3-oxazol-4-yl]carbonyl}amino)propyl]-5-methyl-4,5-dihydro-1,3-oxazole-4-carboxamide / vibriobactin / ビブリオバクチン


分子量: 705.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H39N5O11
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月20日
放射モノクロメーター: SAGITTALLY FOCUSED SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 48330 / Num. obs: 48330 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 17.99
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.45-1.52.50.2833.1643480.28388
3.12-503.40.04720.847560.04793.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→24.601 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.08 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2086 1927 4.14 %Random
Rwork0.1819 ---
all0.183 46569 --
obs0.183 46569 93.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.011 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.2702 Å20 Å2-1.8048 Å2
2---0.9626 Å20 Å2
3----4.1766 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→24.601 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2321 0 62 377 2760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072529
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1813478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.865971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008448
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4498-1.4860.23541030.2414241271
1.486-1.52620.25041230.2349290086
1.5262-1.57110.23261320.2083310092
1.5711-1.62180.19711400.1861319895
1.6218-1.67980.21831420.1846325295
1.6798-1.7470.20271440.1866326997
1.747-1.82650.21241390.1809327496
1.8265-1.92280.20171410.1821331097
1.9228-2.04320.18381470.1858335498
2.0432-2.20080.20461440.1771333598
2.2008-2.42210.20381470.1807335998
2.4221-2.77220.22131430.1802335598
2.7722-3.49110.22181400.1791325095
3.4911-24.60440.19331420.1681327494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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