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- PDB-3r5a: Pseudomonas aeruginosa DapD (PA3666) in complex with D-2-aminopimelate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r5a
タイトルPseudomonas aeruginosa DapD (PA3666) in complex with D-2-aminopimelate
要素Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, gammaproteobacteria / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Trimeric LpxA-like enzymes / Alpha-Beta Plaits - #2010 / Type 2 tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase family / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, middle domain / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, middle domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase middle / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 ...2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, gammaproteobacteria / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Trimeric LpxA-like enzymes / Alpha-Beta Plaits - #2010 / Type 2 tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase family / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, middle domain / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, middle domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase middle / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2-aminoheptanedioic acid / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Sandalova, T. / Schnell, R. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase and dihydrodipicolinate synthase from Pseudomonas aeruginosa: structure analysis and gene deletion.
著者: Schnell, R. / Oehlmann, W. / Sandalova, T. / Braun, Y. / Huck, C. / Maringer, M. / Singh, M. / Schneider, G.
履歴
登録2011年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Structure summary
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
B: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
C: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
D: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
E: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
F: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,96614
ポリマ－217,7306
非ポリマー1,2358
水18,3571019
1
A: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
B: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
C: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,4837
ポリマ－108,8653
非ポリマー6184
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10210 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area33950 Å2
手法PISA
2
D: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
E: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
F: Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,4837
ポリマ－108,8653
非ポリマー6184
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9720 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area34370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.343, 101.931, 135.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12D
22E
32F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 329
2114B1 - 329
3114C1 - 329
1124D1 - 329
2124E1 - 329
3124F1 - 329

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Tetrahydrodipicolinate N-succinyletransferase / Tetrahydrodipicolinate succinylase


分子量: 36288.379 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: dapD, PA3666 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Z9H2, UniProt: G3XD76*PLUS, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-P0A / (2R)-2-aminoheptanedioic acid / (R)-2-アミノヘプタン二酸


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 175.182 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1019 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 19-20% of PEG3350, 0.3-0.4M succinate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月8日
放射モノクロメーター: Bent Si (111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.509
11h,-k,-l20.491
反射解像度: 1.88→22 Å / Num. all: 173938 / Num. obs: 173938 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.88→1.98 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 72.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.89→21.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 2.698 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23532 8767 5 %RANDOM
Rwork0.19557 ---
obs0.19755 165139 96.06 %-
all-165139 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.02 Å20 Å2-0.88 Å2
2---5.27 Å20 Å2
3---11.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→21.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14092 0 84 1019 15195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02214385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.029471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1451.98319507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8743.00123196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.05651896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00824.731539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.064152336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5791570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.22320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02116110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3911.59454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.131.53950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.676215014
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.98934931
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5494.54493
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A3908MEDIUM POSITIONAL0.260.5
12B3908MEDIUM POSITIONAL0.290.5
13C3908MEDIUM POSITIONAL0.280.5
11A3908MEDIUM THERMAL0.392
12B3908MEDIUM THERMAL0.632
13C3908MEDIUM THERMAL0.732
21D3807MEDIUM POSITIONAL0.290.5
22E3807MEDIUM POSITIONAL0.320.5
23F3807MEDIUM POSITIONAL0.290.5
21D3807MEDIUM THERMAL0.432
22E3807MEDIUM THERMAL0.682
23F3807MEDIUM THERMAL0.82
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 573 -
Rwork0.237 9793 -
obs--78.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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