ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
---|
SAINT | | データスケーリング | | SCALA | | データスケーリング | | REFMAC | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | APEX | | データ収集 | | SAINT | | データ削減 | | MOLREP | | 位相決定 | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→22.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.2403 / WRfactor Rwork: 0.1889 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8366 / SU B: 3.342 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.1555 / SU Rfree: 0.1506 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree | 0.2432 | 2867 | 7.2 % | RANDOM |
---|
Rwork | 0.1897 | - | - | - |
---|
obs | 0.1936 | 39905 | 99.44 % | - |
---|
all | - | 40145 | - | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
---|
原子変位パラメータ | Biso max: 54.67 Å2 / Biso mean: 19.9313 Å2 / Biso min: 4.22 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | 0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
---|
2- | - | 0.01 Å2 | 0 Å2 |
---|
3- | - | - | -0.01 Å2 |
---|
|
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→22.5 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 3284 | 0 | 240 | 426 | 3950 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
---|
X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.024 | 0.022 | 3658 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.955 | 2.106 | 4990 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.391 | 5 | 430 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg42.152 | 26.627 | 166 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg17.027 | 15 | 594 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg13.708 | 15 | 8 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.122 | 0.2 | 511 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.01 | 0.021 | 2792 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it1.142 | 1.5 | 2152 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.937 | 2 | 3431 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it3.462 | 3 | 1506 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it5.209 | 4.5 | 1555 | | | | | | | | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度: 1.84→1.887 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.357 | 237 | - |
---|
Rwork | 0.264 | 2639 | - |
---|
all | - | 2876 | - |
---|
obs | - | - | 98.9 % |
---|
|
---|