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万見
- PDB-3qkl: Spirochromane Akt Inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qkl
タイトルSpirochromane Akt Inhibitors
要素
  • Glycogen synthase kinase-3 beta
  • RAC-alpha serine/threonine-protein kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase Domain / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / regulation of tRNA methylation / negative regulation of protein maturation / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / mammalian oogenesis stage / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of lymphocyte migration / negative regulation of protein localization to lysosome / cellular response to decreased oxygen levels ...positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / regulation of tRNA methylation / negative regulation of protein maturation / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / mammalian oogenesis stage / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of lymphocyte migration / negative regulation of protein localization to lysosome / cellular response to decreased oxygen levels / cellular response to rapamycin / maintenance of protein location in mitochondrion / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / Negative regulation of the PI3K/AKT network / regulation of type B pancreatic cell development / maternal placenta development / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / : / potassium channel activator activity / activation-induced cell death of T cells / AKT phosphorylates targets in the nucleus / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / negative regulation of type B pancreatic cell development / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of cilium assembly / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of TORC2 signaling / positive regulation of glucose metabolic process / negative regulation of TORC2 signaling / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / beta-arrestin-dependent dopamine receptor signaling pathway / cellular response to peptide / positive regulation of organ growth / positive regulation of protein localization to centrosome / maintenance of cell polarity / mammary gland epithelial cell differentiation / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of sodium ion transport / fibroblast migration / positive regulation of cilium assembly / MTOR signalling / response to growth factor / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / tau-protein kinase / beta-catenin destruction complex / response to fluid shear stress / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / glycogen biosynthetic process / peripheral nervous system myelin maintenance / cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / regulation of protein export from nucleus / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / positive regulation of protein localization to cell surface / cellular response to interleukin-3 / Maturation of nucleoprotein / complement receptor mediated signaling pathway / phosphorylation / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / regulation of long-term synaptic potentiation / Wnt signalosome / negative regulation of TOR signaling / regulation of microtubule-based process / anoikis / AKT phosphorylates targets in the cytosol / response to growth hormone / regulation of postsynapse organization / sperm glycocalyx / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of protein binding / labyrinthine layer blood vessel development / regulation of axon extension / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / Maturation of nucleoprotein / execution phase of apoptosis / regulation of myelination / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of protein localization to nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein kinase B alpha, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / PH domain / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. ...Protein kinase B alpha, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / PH domain / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SMR / RAC-alpha serine/threonine-protein kinase / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kallan, N.C. / Spencer, K.L. / Blake, J.F. / Xu, R. / Heizer, J. / Bencsik, J.R. / Mitchell, I.S. / Gloor, S.L. / Martinson, M. / Risom, T. ...Kallan, N.C. / Spencer, K.L. / Blake, J.F. / Xu, R. / Heizer, J. / Bencsik, J.R. / Mitchell, I.S. / Gloor, S.L. / Martinson, M. / Risom, T. / Gross, S.D. / Morales, T. / Vigers, G.P.A. / Brandhuber, B.J. / Skelton, N.J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Discovery and SAR of spirochromane Akt inhibitors.
著者: Kallan, N.C. / Spencer, K.L. / Blake, J.F. / Xu, R. / Heizer, J. / Bencsik, J.R. / Mitchell, I.S. / Gloor, S.L. / Martinson, M. / Risom, T. / Gross, S.D. / Morales, T.H. / Wu, W.I. / Vigers, ...著者: Kallan, N.C. / Spencer, K.L. / Blake, J.F. / Xu, R. / Heizer, J. / Bencsik, J.R. / Mitchell, I.S. / Gloor, S.L. / Martinson, M. / Risom, T. / Gross, S.D. / Morales, T.H. / Wu, W.I. / Vigers, G.P. / Brandhuber, B.J. / Skelton, N.J.
履歴
登録2011年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_mod_residue.details / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAC-alpha serine/threonine-protein kinase
C: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1473
ポリマ－40,5902
非ポリマー5571
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area15350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.741, 55.720, 91.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RAC-alpha serine/threonine-protein kinase / Protein kinase B / PKB / Protein kinase B alpha / PKB alpha / Proto-oncogene c-Akt / RAC-PK-alpha


分子量: 39466.969 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 変異: S473D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKT1, PKB, RAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P31749, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 1123.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-SMR / N-{(2S)-3-[(3S)-8',9'-dihydro-1H,3'H-spiro[piperidine-3,7'-pyrano[3,2-e]indazol]-1-yl]-2-hydroxypropyl}-N-(2-ethoxyethyl)-2,6-dimethylbenzenesulfonamide


分子量: 556.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H40N4O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: under oil / pH: 7.8
詳細: 9.7mg/ml protein, 0.6mM GSK-3 beta peptide, 1mM Mg-AMPPNP, 10mM DTT, 22% PEG 4K, 10% Isopropanol, 0.1M Hepes, pH 7.8, Under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 29670 / Num. obs: 29146 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.34 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2257 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→20.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.614 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24299 1479 5.1 %RANDOM
Rwork0.19336 ---
obs0.19594 27656 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.551 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20.37 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2683 0 39 237 2959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222790
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.9853760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2085325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.4423.333135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.42815497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9911520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8011.51629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50122621
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.26331161
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7024.51139
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 29 -
Rwork0.269 704 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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