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- PDB-3qin: Crystal Structure of HIV-1 RNase H p15 with engineered E. coli lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qin
タイトルCrystal Structure of HIV-1 RNase H p15 with engineered E. coli loop and pyrimidinol carboxylic acid inhibitor
要素Fusion protein of HIV-1 RNase H p15 with engineered E. coli loop
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE/INHIBITOR / RNase H / HIV-1 / inhibitor / nuclease / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / ribonuclease H / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs ...DNA replication, removal of RNA primer / integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / ribonuclease H / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / endonuclease activity / DNA recombination / nucleic acid binding / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease HI / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain ...Ribonuclease HI / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-P1Y / Gag-Pol polyprotein / Ribonuclease HI
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6967 Å
データ登録者Lansdon, E.B. / Kirschberg, T.A.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2011
タイトル: Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
著者: Lansdon, E.B. / Liu, Q. / Leavitt, S.A. / Balakrishnan, M. / Perry, J.K. / Lancaster-Moyer, C. / Kutty, N. / Liu, X. / Squires, N.H. / Watkins, W.J. / Kirschberg, T.A.
履歴
登録2011年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年5月31日Group: Database references
改定 1.32021年1月13日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年11月17日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / entity
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein of HIV-1 RNase H p15 with engineered E. coli loop
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4835
ポリマ－16,9211
非ポリマー5614
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.841, 90.370, 111.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-5-

HOH

21A-58-

HOH

31A-62-

HOH

41A-152-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fusion protein of HIV-1 RNase H p15 with engineered E. coli loop / Pr160Gag-Pol / RNase HI / Ribonuclease H / RNase H


分子量: 16921.463 Da / 分子数: 1 / 断片: HIV-1 RNase H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Human ...由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate HXB2, K12
遺伝子: gag-pol, rnhA, dasF, herA, rnh, sdrA, b0214, JW0204
プラスミド: pET 30B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P04585, UniProt: P0A7Y4, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; ...参照: UniProt: P04585, UniProt: P0A7Y4, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, ribonuclease H
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-P1Y / 2-(3-bromo-4-methoxybenzyl)-5,6-dihydroxypyrimidine-4-carboxylic acid


分子量: 355.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11BrN2O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.8M (NH4)2SO4, 100mM HEPES pH 7.5, and 3% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月6日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6967→50 Å / Num. obs: 21540 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.6967→1.73 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HRH

1hrh


解像度: 1.6967→23.118 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1932 9.26 %random
Rwork0.2203 ---
obs0.2233 20866 93.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.68 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.2293 Å2-0 Å20 Å2
2---8.2099 Å20 Å2
3----5.0194 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6967→23.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1082 0 28 153 1263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081124
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1371523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.902416
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005190
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6967-1.73910.33511180.32871155X-RAY DIFFRACTION82
1.7391-1.78610.34421270.29441249X-RAY DIFFRACTION88
1.7861-1.83860.28631280.25751277X-RAY DIFFRACTION90
1.8386-1.89790.23691330.21371313X-RAY DIFFRACTION92
1.8979-1.96570.23621330.20111356X-RAY DIFFRACTION94
1.9657-2.04440.23011410.20491345X-RAY DIFFRACTION94
2.0444-2.13740.25021410.21131365X-RAY DIFFRACTION96
2.1374-2.250.27551430.21711383X-RAY DIFFRACTION97
2.25-2.39080.24741410.21811375X-RAY DIFFRACTION96
2.3908-2.57520.21421460.2051417X-RAY DIFFRACTION97
2.5752-2.83390.2911430.19881398X-RAY DIFFRACTION98
2.8339-3.2430.23231450.21681426X-RAY DIFFRACTION97
3.243-4.08220.2131450.19891427X-RAY DIFFRACTION97
4.0822-23.12010.29081480.24791448X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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