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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qch | ||||||
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タイトル | Human receptor protein tyrosine phosphatase gamma, domain 1, in complex with 3-[(3,4-dichlorobenzyl)sulfanyl]-N-(methylsulfonyl)thiophene-2-carboxamide | ||||||
要素 | Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / TYROSINE RECEPTOR PHOSPHATASE / TWISTED MIXED BETA-SHEETS FLANKED BY {ALPHA}-HELICES / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of epithelial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of neuron projection development / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Sheriff, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011 タイトル: Small molecule receptor protein tyrosine phosphatase [gamma](RPTP[gamma]) ligands that inhibit phosphatase activity via perturbation of the tryptophan-proline-aspartate (WPD) loop 著者: Sheriff, S. / Beno, B.R. / Zhai, W. / Kostich, W.A. / McDonnell, P.A. / Kish, K. / Goldfarb, V. / Gao, M. / Kiefer, S.E. / Yanchunas, J. / Huang, Y. / Shi, S. / Zhu, S. / Dzierba, C. / ...著者: Sheriff, S. / Beno, B.R. / Zhai, W. / Kostich, W.A. / McDonnell, P.A. / Kish, K. / Goldfarb, V. / Gao, M. / Kiefer, S.E. / Yanchunas, J. / Huang, Y. / Shi, S. / Zhu, S. / Dzierba, C. / Bronson, J. / Macor, J.E. / Appiah, K.K. / Westphal, R.S. / O'Connell, J. / Gerritz, S.W. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Cloning, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of the catalytic domain of human receptor-like protein Tyrosine Phosphatase g in three different crystal forms 著者: Kish, K. / McDonnell, P.A. / Goldfarb, V. / Gao, M. / Metzler, W.J. / Langley, D.R. / Bryson, J.W. / Kiefer, S.E. / Kostich, W.A. / Carpenter, B. / Westphal, R.S. / Sheriff, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qch.cif.gz | 73.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qch.ent.gz | 53.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qch.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3qch_validation.pdf.gz | 725.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3qch_full_validation.pdf.gz | 730.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3qch_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3qch_validation.cif.gz | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/3qch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/3qch | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3qcbC 3qccC 3qcdSC 3qceC 3qcfC 3qcgC 3qciC 3qcjC 3qckC 3qclC 3qcmC 3qcnC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35707.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPG, PTPRG / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P23470, protein-tyrosine-phosphatase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NX2 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.36 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 7 / 詳細: pH 7.0, vapor diffusion, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月24日 / 詳細: VARIMAX HR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 20534 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 60.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.651 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3QCD 解像度: 2.4→33.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Data cutoff high absF: 1344709 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.54 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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