ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB SCALEPACKデータスケーリング Show REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show SBC-Collectデータ収集 DENZOデータ削減 MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.87→20 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.961 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.944 / WRfactor Rfree : 0.2296 / WRfactor Rwork : 0.1813 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.5 / FOM work R set : 0.847 / SU B : 7.944 / SU ML : 0.105 / SU R Cruickshank DPI : 0.1536 / SU Rfree : 0.1441 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R Free : 0.144 / 立体化学のターゲット値 : Engh & Huber / 詳細 : U VALUES : RESIDUAL ONLYRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2288 2167 5 % RANDOM, 5% Rwork 0.1831 - - - all 0.1854 43420 - - obs 0.1854 43117 99.3 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso max : 55.55 Å2 / Biso mean : 36.225 Å2 / Biso min : 13.41 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.11 Å2 0 Å2 -1.83 Å2 2- - -0.66 Å2 0 Å2 3- - - 0.62 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.87→20 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4172 0 62 226 4460
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.013 0.022 4354 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.627 1.951 5876 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.166 5 506 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg35.408 25.225 222 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg15.333 15 786 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg17.301 15 10 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.118 0.2 586 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.01 0.02 3346 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.684 1.5 2508 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.275 2 4034 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.173 3 1846 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it3.41 4.5 1840
LS精密化 シェル 解像度 : 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.271 151 - Rwork 0.234 2905 - all - 3056 - obs - - 96.86 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 2.418 -0.0592 0.7096 2.1607 0.0704 1.8976 0.03 -0.0241 0.0807 0.0638 -0.015 0.0491 -0.0214 -0.0328 -0.0149 0.0208 0 0.0171 0.0229 -0.0047 0.0164 -5.888 -0.533 23.378 2 1.383 -0.0035 0.3049 2.1636 -0.5838 3.059 -0.0163 0.0767 -0.1251 -0.0753 -0.0905 -0.0217 0.1235 0.1617 0.1067 0.066 0.0069 0.0049 0.0647 0.0069 0.0629 -17.542 -24.688 -1.317
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A332 - 583 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B332 - 583