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- PDB-3phe: HCV NS5B with a bound quinolone inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3phe
タイトルHCV NS5B with a bound quinolone inhibitor
要素HCV encoded nonstructural 5B protein
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Transferase / Polymerase / RNA / Mitochondrial membrane / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type peptidase activity / helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / ATP hydrolysis activity / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C9A / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Somoza, J.R. / To, N. / Lehoux, I.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Quinolones as HCV NS5B polymerase inhibitors.
著者: Kumar, D.V. / Rai, R. / Brameld, K.A. / Somoza, J.R. / Rajagopalan, R. / Janc, J.W. / Xia, Y.M. / Ton, T.L. / Shaghafi, M.B. / Hu, H. / Lehoux, I. / To, N. / Young, W.B. / Green, M.J.
履歴
登録2010年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HCV encoded nonstructural 5B protein
B: HCV encoded nonstructural 5B protein
C: HCV encoded nonstructural 5B protein
D: HCV encoded nonstructural 5B protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,8068
ポリマ－256,4144
非ポリマー2,3924
水8,845491
1
A: HCV encoded nonstructural 5B protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7022
ポリマ－64,1031
非ポリマー5981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HCV encoded nonstructural 5B protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7022
ポリマ－64,1031
非ポリマー5981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: HCV encoded nonstructural 5B protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7022
ポリマ－64,1031
非ポリマー5981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: HCV encoded nonstructural 5B protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7022
ポリマ－64,1031
非ポリマー5981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.751, 101.972, 251.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
HCV encoded nonstructural 5B protein


分子量: 64103.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0PY27
#2: 化合物
ChemComp-C9A / 4-chlorobenzyl 6-fluoro-7-(4-methylpiperazin-1-yl)-1-[4-(methylsulfonyl)benzyl]-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylate


分子量: 598.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H29ClFN3O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.1
詳細: 16% PEG 4K, 10% glycerol, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.3 M NaCl, 0.1 M NaAcetate, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月7日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 129621 / Num. obs: 129621 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / % possible all: 86.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
EPMR位相決定
CNX2005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.264 11761 Random
Rwork0.219 --
all0.223 117975 -
obs0.223 117975 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17360 0 164 491 18015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.743

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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