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万見
- PDB-3p8h: Crystal structure of L3MBTL1 (MBT repeat) in complex with a nicot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p8h
タイトルCrystal structure of L3MBTL1 (MBT repeat) in complex with a nicotinamide antagonist
要素Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
キーワードTRANSCRIPTION / Lethal(3) malignant brain tumor-like protein / L(3)mbt-like protein / Structural Genomics Consortium / SGC / MBT repeat / transcriptional repression / methylated lysines on histone proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


SAM domain binding / chromatin lock complex / regulation of megakaryocyte differentiation / regulation of mitotic nuclear division / hemopoiesis / nucleosome binding / condensed chromosome / heterochromatin formation / methylated histone binding / Regulation of TP53 Activity through Methylation ...SAM domain binding / chromatin lock complex / regulation of megakaryocyte differentiation / regulation of mitotic nuclear division / hemopoiesis / nucleosome binding / condensed chromosome / heterochromatin formation / methylated histone binding / Regulation of TP53 Activity through Methylation / chromatin organization / histone binding / regulation of cell cycle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / mbt repeat ...: / : / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / mbt repeat / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P8H / Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Lam, R. / Herold, J.M. / Ouyang, H. / Tempel, W. / Gao, C. / Ravichandran, M. / Senisterra, G. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. ...Lam, R. / Herold, J.M. / Ouyang, H. / Tempel, W. / Gao, C. / Ravichandran, M. / Senisterra, G. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Vedadi, M. / Kireev, D. / Frye, S.V. / Brown, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Small-molecule ligands of methyl-lysine binding proteins.
著者: Herold, J.M. / Wigle, T.J. / Norris, J.L. / Lam, R. / Korboukh, V.K. / Gao, C. / Ingerman, L.A. / Kireev, D.B. / Senisterra, G. / Vedadi, M. / Tripathy, A. / Brown, P.J. / Arrowsmith, C.H. / ...著者: Herold, J.M. / Wigle, T.J. / Norris, J.L. / Lam, R. / Korboukh, V.K. / Gao, C. / Ingerman, L.A. / Kireev, D.B. / Senisterra, G. / Vedadi, M. / Tripathy, A. / Brown, P.J. / Arrowsmith, C.H. / Jin, J. / Janzen, W.P. / Frye, S.V.
履歴
登録2010年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,48110
ポリマ－111,3323
非ポリマー1,1497
水68538
1
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7295
ポリマ－37,1111
非ポリマー6184
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5453
ポリマ－37,1111
非ポリマー4342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2072
ポリマ－37,1111
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.264, 106.264, 90.144
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C
12B
22A
13C
23A
14A
24C
15C
25A
16C
26A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASNASNBB357 - 358158 - 159
21METMETASNASNCC357 - 358158 - 159
12GLYGLYTYRTYRBB308 - 309109 - 110
22GLYGLYTYRTYRAA308 - 309109 - 110
13GLYGLYGLYGLYCC308109
23GLYGLYGLYGLYAA308109
14ASPASPASPASPAA420221
24ASPASPASPASPCC420221
15LYSLYSLYSLYSCC405206
25LYSLYSLYSLYSAA405206
16ASPASPASPASPCC372173
26ASPASPASPASPAA372173

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 Lethal(3)malignant brain tumor-like protein / H-l(3)mbt / H-l(3)mbt protein / L(3)mbt-like / L(3)mbt protein homolog / L3MBTL1


分子量: 37110.566 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 200-522 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0681, L3MBT, L3MBTL, L3MBTL1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus RIPL / 参照: UniProt: Q9Y468
#2: 化合物 ChemComp-P8H / 3-bromo-5-[(4-pyrrolidin-1-ylpiperidin-1-yl)carbonyl]pyridine


分子量: 338.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20BrN3O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月22日 / 詳細: Double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 37137 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.55-2.6430.53336771.019100
2.64-2.7530.40737490.971100
2.75-2.8730.3437351.022100
2.87-3.0230.25537171.045100
3.02-3.2130.16836841.031100
3.21-3.4630.11337110.993100
3.46-3.8130.08837050.983100
3.81-4.3630.08437270.999100
4.36-5.493.10.06137001.018100
5.49-503.10.0537321.037100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.68 Å46.01 Å
Translation2.68 Å46.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.6.0081精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxDCデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RJC

2rjc


解像度: 2.55→45.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / WRfactor Rfree: 0.221 / WRfactor Rwork: 0.174 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 10.813 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2424 1854 5 %RANDOM
Rwork0.1913 ---
obs0.194 37108 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.69 Å2 / Biso mean: 43.2464 Å2 / Biso min: 17.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20.39 Å20 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→45.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7568 0 67 38 7673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0217929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1771.9310839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.915930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.00623.866388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.022151148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3631532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0226304
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B8TIGHT POSITIONAL0.020.05
1B8LOOSE POSITIONAL0.045
1B8TIGHT THERMAL5.920.5
1B8LOOSE THERMAL8.9710
2B8TIGHT POSITIONAL0.040.05
2B8LOOSE POSITIONAL0.055
2B8TIGHT THERMAL3.920.5
2B8LOOSE THERMAL5.0710
3C4TIGHT POSITIONAL0.020.05
3C4TIGHT THERMAL7.950.5
4A4TIGHT POSITIONAL0.010.05
4A1LOOSE POSITIONAL0.025
4A4TIGHT THERMAL4.960.5
4A1LOOSE THERMAL12.0610
5C4TIGHT POSITIONAL0.010.05
5C5LOOSE POSITIONAL0.055
5C4TIGHT THERMAL9.70.5
5C5LOOSE THERMAL11.4910
6C4TIGHT POSITIONAL0.010.05
6C4LOOSE POSITIONAL0.065
6C4TIGHT THERMAL3.170.5
6C4LOOSE THERMAL4.3610
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.55-2.6160.3611240.282604272999.963
2.616-2.6880.311300.2522559269299.889
2.688-2.7660.321330.2682454258899.961
2.766-2.8510.2911260.2492395252299.96
2.851-2.9440.3281210.25723162437100
2.944-3.0470.3041070.2282309241799.959
3.047-3.1620.2851300.20621602290100
3.162-3.2910.266990.20320552154100
3.291-3.4370.262970.19520502147100
3.437-3.6050.2311110.17819032014100
3.605-3.7990.231040.17318031907100
3.799-4.0290.2361060.16217061812100
4.029-4.3070.201870.15216121699100
4.307-4.6510.149820.12815191601100
4.651-5.0940.189640.13413891453100
5.094-5.6930.188670.16612421309100
5.693-6.5690.192550.17311271182100
6.569-8.0360.202540.165926980100
8.036-11.3210.194390.162719758100
11.321-92.0270.211180.24340642799.297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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